Từ năm 1980 đến 2008, Sở Thủy sản tỉnh Thừa Thiên Huế có trách nhiệm tham mưu cho UBND Tỉnh quản lý Nhà nước về lĩnh vực thuỷ sản. Sau 01/4/2008, Chi cục Bảo vệ Nguồn lợi thủy sản Thừa Thiên Huế được giao thêm nhiệm vụ quản lý khai thác thủy sản bởi Bộ Thủy sản đã gọp vào Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn, khi đó địa phương không còn tồn tại Sở Thủy sản.
Sau khi tái cơ cấu, thực tiễn hoạt động quản lý Thủy sản Thừa Thiên Huế hiện vẫn chưa nhuần nhuyễn, thể chế Trung ương lại thay đổi về tổ chức. Đầu năm 2010 Tổng Cục Thủy sản được thành lập nên hệ thống quản lý thủy sản địa phương có khả năng lại phải tái cơ cấu một lần nữa.
Hiện tại, việc quản lý hành chính khai thác và bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản do Chi cục Khai thác và Bảo vệ nguồn lợi Thuỷ sản Thừa Thiên Huế đảm nhiệm. Từ năm 2003 đến nay, sau khi "Quy hoạch tổng thể về quản lý nghề cá đầm phá", Chi cục đã định hướng, tổ chức lại và thành lập các cộng đồng ngư dân, các Chi hội Nghề cá trong tỉnh. Nhiệm vụ phát triển tổ chức sản xuất, hợp tác tiết kiệm chi phí, bảo vệ ngư trường, nguồn lợi, môi trường nuôi trồng thuỷ sản được được xem là chức năng hàng đầu của các Chi hội Nghề cá. Cho đến nay đã có chính thức 76 Chi hội Nghề cá với hơn 5.000 hội viên hộ gia đình ngư dân, cùng gánh vác trách nhiệm quản lý tài nguyên, môi trường thuỷ sản với Nhà nước.
Việc thành lập và hoạt động của các hội nghề cá đã giúp công tác quản lý nghề cá tại địa phương tốt hơn. Tuy nhiên còn gặp không ít khó khăn khi kinh nghiệm, chuyên môn, kỹ năng của hội viên còn hạn chế, các chế độ phụ cấp cho cán bộ quản lý, hội viên chưa thực sự đáp ứng.