* Đối vối công tác quản lý thu thuế
Thứ nhất, hệ thống thuế qua nhiều lần cải cách vẫn chưa đáp ứng được yêu cầu; chưa chuyển hướng kịp thời để thích nghi với môi trường kinh tế ngày càng đổi mới; chưa dự báo hết những chuyển biến nhanh chóng của quá trình phát triển KT-XH; chính sách thuế chưa bao quát hết mọi nguồn thu trong nền kinh tế, chưa khuyến khích và bảo hộ có chọn lọc, có thời hạn sản xuất trong nước. Chưa thực sự đảm bảo bình đẳng và công bằng về nghĩa vụ thuế. Ngoài ra chính sách thuế vẫn còn nhiều phức tạp, một số sắc thuế còn nhiều thuế suất, còn lồng ghép nhiều chính sách xã hội, còn nhiều mức miễn, giảm thuế làm hạn chế tính trung lập của thuế, làm cho công tác quản lý thuế tương đối phức tạp, dễ phát sinh tiêu cực.
Thứ hai, trình độ nhận thức của xã hội về thuế còn thấp, đại bộ phận người dân chưa hiểu rõ bản chất tốt đẹp và lợi ích của công tác thuế, chưa thấy được việc thực hiện nghĩa vụ thuế là trách nhiệm của mọi công dân, chưa phê phán mạnh mẽ các trường hợp gian lận về thuế, chưa hỗ trợ tích cực cho cơ quan thuế thu thuế; ý thức chấp hành pháp luật về thuế của các đối tượng nộp thuế còn thấp, tính trạng trốn thuế, gian lận thuế, nợ đọng thuế diễn ra khá phổ biến vừa thất thu thuế vừa không công bằng trong xã hội. Các chế tài về thuế còn hạn chế, chưa đủ sức răn đe việc vi phạm pháp luật về thuế, sự phối hợp giữa các cơ quan bảo vệ pháp luật và cơ quan thuế trong một số trường hợp xử lý vi phạm chưa được chặt chẽ, chưa thể hiện tính nghiêm minh của pháp luật. Một thời gian dài chưa coi trọng đúng mức công tác tuyên truyền giao dục, giải thích chính sách thuế
Thứ ba, nghĩa vụ trách nhiệm pháp luật và quyền lợi của đối tượng nộp thuế, cơ quan thuế, tổ chức và cá nhân có liên quan đến công tác thuế chưa được quy định đầy đủ và thiếu nhất quán giữa các sắc thuế. Do đó chưa đủ cơ sở pháp lý để tổ chức quản lý thuế có hiệu quả. Bên cạnh đó một số quy định còn rườm rà, phức tạp, chưa rõ ràng, minh bạch gây khó khăn, tốn kém cho cả người nộp thuế và cơ quan thuế, dễ phát sinh tiêu cực trong việc chấp hành nghĩa vụ thuế.
Thứ tư, các giải pháp quản lý KT-XH chưa được cải cách đồng bộđể hỗ trợ cho công tác quản lý thuế như: quản lý đất đai, quản lý thanh toán không dùng tiền mặt, quản lý trật tự đô thị, quản lý đăng ký kinh doanh. Hiện nay, hình thức thanh toán bằng tiền mặt còn diễn ra phổ biến trong nền kinh tế do vậy ngành thuế không thể kiểm tra, kiểm soát được quá trình thanh toán, thu nhập của các đối tượng chịu thuế dẫn đến việc tính toán số thuế phải nộp không chính xác, làm thất thu thuế cho ngân sách.
Thứ năm, đội ngũ cán bộ quản lý thu ngân sách còn yếu, một số cán bộ làm công tác quản lý thu NSNN trình độ hiểu biết chuyên môn nghiệp vụ và tinh thần trách nhiệm còn hạn chế, chưa đáp ứng yêu cầu quản lý thu hiện đại và yêu cầu cải cách hành chính trong quản lý thu. Một số trường hợp chưa tận tuỵ, công tâm, khách quan giữa quyền lợi Nhà nước và quyền lợi người nộp thuế nên chưa trở thành người bạn đồng hành đáng tin cậy của các doanh nghiệp trong quá trình thực hiện các Luật thuế.
Thứ sáu, sự lãnh đạo, chỉ đạo của cấp uỷ Đảng, chính quyền địa phương đối với công tác thuế chưa được quan tâm đúng mức, thể hiện:
+ Chưa có quy định cụ thể trách nhiệm của các cấp chính quyền địa phương, các ban ngành có liên quan trong công tác thuế, còn có tư tưởng coi việc thu thuế chỉ là nhiệm vụ của ngành thuế.
+ Sự phối kết hợp giữa các ngành chức năng trên cùng một địa bàn chưa chặt chẻ, thiếu thống nhất, thậm chí có nơi còn hạn chế vì lợi ích cục bộ. Phân công trách nhiệm không rõ ràng, chưa xây dựng được quy chế phối hợp trong công tác chống thất thu thuế, chống buôn lậu và gian lận thương mại trên địa bàn một cách đồng bộ.
+ Chưa phát huy tốt vai trò của UBND các xã, phường và Hội đồng tư vấn thuế của địa phương trong vấn đề công khai thuế, hiệp thương mức thuế, ấn định thuế, dẫn đến số thuế giữa các hộ cùng ngành nghề chưa đảm bảo sự công bằng, công tác báo cáo thống kê còn chậm, số liệu chưa chính xác. Số hộ kinh doanh lập bộ thuế còn thấp so với đơn vịđược cấp mã số nhưng chưa được làm rõ nguyên nhân để xử lý dứt điểm.
Thứ bảy, chưa có biện pháp để bồi dưỡng, mở rộng nguồn thu một cách thỏa đáng. Đây là một vấn đề rất quan trọng vì nếu không quan tâm bồi dưỡng, mở rộng nguồn thu thì dễ dẫn đến tình trạng lạm thu (vì cứ tập trung tăng thu đối với những cơ sở kinh doanh đã quản lý được), mất nguồn thu (vì các hộ kinh doanh cá thể không thể chịu đựng mức thuế liên tục tăng sẽ chuyển sang kinh doanh không ổn định hoặc xin nghỉ kinh doanh nhưng thực tế vẫn kinh doanh lén lút gây thất thu). Ngoài ra do việc chưa quan tâm bồi dưỡng nguồn thu nên phần lớn các cơ sở SXKD không có điều kiện để tái đầu tư, hiện đại hóa công nghệ, mở rộng sản xuất, tạo thêm nhiều sản phẩm cho xã hội, điều đó càng thu hẹp nguồn thu ngân sách.
* Đối với công tác quản lý thu phí, lệ phí
Thứ nhất, UBND tỉnh, Sở Tài chính chưa thường xuyên rà soát, bổ sung danh mục, điều chỉnh mức thu đối với các khoản thu phí trên địa bàn theo định kỳ, thường là khi trung ương có thay đổi hoặc khi có vấn đề nổi cộm xảy ra trên địa bàn thì mới chỉ đạo rà soát, dẫn đến việc sửa đổi bổ sung các văn bản pháp lý về quy định thu phí, lệ phí thuộc thẩm quyền của địa phương chưa kịp thời, nhiều mức thu đã quá lạc hậu hoặc có khi quá cao không phù hợp với thực tiễn chậm được sửa đổi, có nhiều khoản thu không đúng quy định của pháp luật chậm được bãi bỏ.
Thứ hai, các cấp chính quyền địa phương cũng chưa thật sự quan tâm đến công tác thu phí, lệ phí, xem đây là khoản thu nhỏ nên thiếu quan tâm chỉđạo thực hiện.
Thứ ba, các đơn vị được giao nhiệm vụ trực tiếp thu các khoản phí, phí chưa chủ động trong việc rà soát kiến nghị sửa đổi bổ sung những vấn đề chưa hợp lý trong quá trình thực hiện, chưa tận dụng hết những điều kiện thuận lợi của đơn vị mình để tăng cường khai thác nguồn thu…
2.3.3.2. Nguyên nhân của những tồn tại, yếu kém về quản lý chi ngân sách nhà nước