Giang, Thanh Miện, Gia Lộc, Ninh Giang và Tứ Kỳ ở phía nam tỉnh Hải Dương ngày nay), Trần Qúy Khoáng đem quân đến Bình Than, đóng dinh ở đấy. Quân Minh đóng ở cửa thành cố thủ không dám ra đánh.
Vừa khi tổng binh Trương Phụ, với tước Anh quốc công đeo ấn Chinh Di tướng quân sang cứu viện, thế quân Minh lại lên. Cuối năm 1409, Trần Ngỗi liền bỏ thuyền lên bờ, đến trấn Thiên Quan (Ninh Bình), nơi đó có nghĩa quân nằm vùng, mưu sự chống lại địch. Trương Phụ biết được, cố tìm bắt bằng được, chia 24.000 quân làm ba đạo. Trần Ngỗi chạy đến sách Cát Lợi huyện Mỹ Lương (một huyện thuộc tỉnh Sơn Tây cũ, nay không còn) thì bị quân Minh đuổi kịp, phải trốn vào núi. Chúng bủa vây, bắt được Trần Ngỗi cùng Trần Hy Cát, Nguyễn Nhữ Lệ và Nguyễn Yến. Đầu năm 1410, những người này bị giải về kinh đô nhà Minh và bị xử tử 4.
Tháng 8 năm 1409, Trần Qúy Khoáng cầm cự nhau với Trương Phụ của quân nhà Minh ở Bình Than.
Đến năm 1410, nhà Minh tiếp tục chi viện để đánh Đại Việt. Chúng dùng nhiều thủ đoạn để mua chuộc người Việt, và đã có một bộ phận người nhát gan phản bội đất nước, tiếp tay cho giặc đàn áp càng mạnh hơn đối với quân ta. Mặc dù rất nhiều khó khăn đã và đang diễn ra nhưng vua và tôi của Trùng Quang Đế vẫn dũng cảm chiến đấu.
Tháng sáu năm 1412, quân ta bị thua trận ở Thanh Hóa, Diễn Châu, Nghệ An trước quân Minh tàn bạo.
Sau khi bị dồn về phía Nam, đến tháng ba năm 1413 Trùng Quang Đế mới trở lại Nghệ An với một lực lượng đã suy yếu nhiều, nhưng vẫn nuôi hy vọng phục hồi thế trận. Trương Phụ lại đánh vào Nghệ An, vua phải rút về Châu Hóa, sai Nguyễn Biểu làm sứ đi cầu phong, đến Nghệ An bị Trương Phụ bắt giữ.