Kháng nguyên (antigen) là một chất (hay một phân tử) ngoại lai có vai trò trong kích thích đáp ứng miễn dịch ở vật chủ, để chọn lọc tế bào B tăng cường sản xuất các kháng thể và/hoặc tăng cường sản sinh tế bào T phản ứng đặc hiệu với kháng nguyên.
Mặc dù các kháng nguyên mạnh là các phân tử tương đối lớn, nhưng thực tế chỉ một phần giới hạn của phân tử kháng nguyên tham gia vào việc tương tác với thụ thể kháng nguyên trên bề mặt tế bào B, kháng thể và thụ thể tế bào T. Phần giới hạn này được gọi là yếu tố quyết định kháng nguyên (antigen determinant) hoặc epitope [16].
Miễn dịch nguyên (immunogen) là kháng nguyên có khả năng tạo ra một đáp ứng miễn dịch thích ứng. Miễn dịch nguyên có thể gây ra một đáp ứng miễn dịch, trong khi đó, kháng nguyên gắn với các phân tử của hệ thống miễn dịch. Miễn dịch nguyên là các kháng nguyên có kích thước phân tử lớn, thường là protein hoặc các polysaccharide. Thành phần của miễn dịch nguyên có thể bao gồm các phần (vỏ ngoài, capsule, vách tế bào, roi, tua, và độc tố) của vi khuẩn, virus và các sinh vật khác. Như vậy, một miễn dịch nguyên phải là một kháng nguyên, nhưng một kháng nguyên không nhất thiết là một miễn dịch nguyên. Do vậy, muốn tạo một đáp ứng miễn dịch mạnh trong cơ thể vật chủ, các kháng nguyên cần được chủng ngừa dưới dạng là các miễn dịch nguyên bao gồm nhiều kháng nguyên phối hợp với tá chất thích hợp. Mặc dù có sự khác biệt giữa khái niệm “ kháng nguyên” và “ miễn dịch nguyên”, nhưng thuật ngữ “kháng nguyên” thường được sử dụng thay cho “miễn dịch nguyên”. Khả năng
của một miễn dịch nguyên hay kháng nguyên gây ra đáp ứng miễn dịch ở vật chủ được gọi là tính sinh miễn dịch (immunogenicity) của phân tử này [16] [76] [77].