ng d ng RFLP markers nghiên c u b nh o ôn trên lúa ã c Zhihong [142]công b . ánh d u c gen kháng, h ã s d ng trên qu n th dòng NILs t gi ng r t nhi m CO39 và phân tích b ng RFLP cho th y gen kháng
Pi-z(t) liên k t v i marker RG64 trên nhi m s c th s 3, kho ng cách di truy n là 4,2 ± 1,7 cM. Gen kháng b nh c a T Tép,Pi-3, liên k t v i RG869 trên nhi m s c th s 6, kho ng cách là 10,6 ± 3,8 cM.
Các gen kháng b nh o ôn Pi-1(t), Pi-2, Pi-4(t) c l p b n và nh v n l t trên nhi m s c th 11, 6, và 12. GenPi-1(t) liên k t v i 2 marker RZ536 và RZ424 l n l t v i kho ng cách di truy n là 14,0 cM và 19,6 cM trên nhi m s c th
11. Pi-2 liên k t ch t v i marker RG64 trên nhi m s c th s 6 v i kho ng cách di truy n là 2,8 cM. Gen Pi-2 c xem là gen kháng kháng v i ph r ng các nòi gây b nh o ôn ông Nam Á. Pi-4(t) liên k t v i 2 marker RG869 và RZ397 l n t v i kho ng cách di truy n là 15,4 cM và 18,1 cM n m trên nhi m s c th s 12 [140].
Zhu [144] ánh d u b n gen c a b nh o ôn v i gen Pi-zh dùng RAPD marker và phát hi n gen này n m trên nhi m s c th s 8. Sau ó Wang [132] ã thi t l p b n v i 2 genPi-5 trên nhi m s c th s 4 vàPi-7 trên nhi m s c th s 11. Naqvi [101] ã ph i h p 2 ph ng pháp RFLP và RAPD thi t l p b n và
ánh d u gen Pi-10 t ngu n gi ng Tongel (Hàn Qu c) v i 2 marker RRF6 (3,8 + 1,2 cM) và RRH18 (2,9 + 0,9 cM). Hai marker này liên k t v i gen Pi-10 trên nhi m s c th s 5. M t gen khác là Pi-6(t) c nh v trên nhi m s c th s 12 liên k t v i marker RG869 v i kho ng cách di truy n 20 cM. Tuy nhiên v i nh ng gen liên k t v i marker có kho ng cách di truy n l n h n 5 cM thì khó áp d ng trong ch n gi ng b ng marker [1].
i IRRI, ng i ta ã ti n hành nghiên c u b n RFLP nh m m c ích phân tích các QTL u khi n tính kháng o ôn [132]. Nghiên c u này ã tìm hi u di truy n tính kháng b nh o ôn trên gi ng Moroberekan, m t gi ng a ph ng lo i hìnhJavanica, có kh n ng ti p h p r ng và có tính kháng n nh i v i b nh o ôn. Trong ó, có 1 gen th hi n tính kháng hoàn toàn, kí hi u Pi-5(t) và 9 QTL gi nh u khi n tính kháng c xác nh trên b n QTL. K t qu tr c nghi m trên ng ru ng cho th y QTL u khi n tính kháng b nh i v i nòi n m o ôn.
Chúng ki m soát có hi u qu s c ch phát tri n c a n m và làm gi m b nh o ôn trên ng ru ng. Có 3 trong s 9 loci này, k t h p v i tính kháng không hoàn toàn theo nghiên c u trên, l i là nh ng loci c xác nh m t cách rõ ràng có liên k t i gen kháng hoàn toàn theo k t qu nghiên c u tr c ây Trung Qu c [132]. u này t o nên kh n ng là nh ng alen có tính kháng hoàn toàn trong u ki n nào ó có th ho t ng nh nh ng QTL trong u ki n khác [8].
Phát tri n marker trên c s PCR xác nh gen kháng o ôn trong qu n th phân ly ã c th c hi n v i gen Pi-2. Marker RG64 có kích th c trình t nucleotide là 1557 bp liên k t ch t v i gen Pi-2, RG64 c s d ng làm khuôn ADN thi t l p ra các c p primer c bi t. C p primer 426 và 427 cho s n ph m có kích th c 399 bp, c p primer 431 và 432 cho s n ph m PCR có kích th c 1155 bp, c p primer 426 và 432 cho s n ph m PCR dài 1530 bp [65]. Các c p primer này dùng khu ch i ADN t b gen các gi ng lúa khác nhau. S n ph m khu ch i c bi t nh là Sequence Tagged Sites (STS) không có s a hình, tuy nhiên khi phân c t các s n ph m PCR này b ng enzyme c t gi i h n s cho ra các n a hình, và c xem nh m t th a hình c bi t (SAP - Specific Amplicon Polymorphism) gi a gen kháng và nhi m o ôn. K t qu cho th y tính h u d ng a SAP marker nh là công c phân bi t n gi n và chính xác cho vi c s d ng MAS vào trong ch n gi ng lúa [65].
Miyamoto [96] nghiên c u trên b n gen cho th y gen Pi-b, th hi n tính kháng h u h t v i các nòi gây b nh o ôn Nh t, ng phân ly v i RAPD marker b-1 và liên k t RFLP marker RZ123 thu c v trí tâm ng là 0,5 cM trên nhi m s c th s 2.
GenPi-ta2 và Pi-ta liên k t r t ch t, có th xem ó là hai alen khác nhau nh trên cùng m t locus [113], Wu [135], ã thi t l p b n di truy n, nh v nhi m s c th s 12. Nhóm tác gi ã thi t l p b n di truy n và b n v t lý
ng cách s d ng BAC clone, quét r t k khu v c genPi-ta, v i 3 marker phân t liên k t ch t trong kho ng 0,5 cM. T ng t nh v y, Nakamura [100] ã thi t l p
t “contig map” v i qui mô quét 300kb và kho ng cách marker liên k t ch t v i genPi-ta2là 0,3 cM.
n ây ng i ta dùng STS và AFLP marker thi t l p b n liên k t gen
Pi-44(t) nh v trên nhi m s c th s 11, hai marker AF348 và AF349 liên k t gen
Tabien [122] ã nh v c các gen kháng o ôn Pi-tq5, Pi-tq1, Pi-tq6, Pi-lm2 l n l t trên các nhi m s c th 2, 6, 12, và 11.
Trên c s RFLP và marker PCR, Hittalmani [67] ã ch ng 3 gen kháng t các dòng NILs mang m i gen kháng t ng ng: Pi1, Piz-5 và Pita nh v trên các nhi m s c th s 11, 6, 12 thông qua ch n gi ng nh MAS các th h . Nh ng dòng c ch ng gen th hi n tính kháng m nh h n so v i dòng ch có 1 gen và có nh h ng tính ch t b sung c a 3 gen kháng ho t ng v i nhau. K thu t ch ng gen c ng c Vi n Lúa Cuttak, n áp d ng ch ng 2 gen kháng Pi-2 và Pi-9
vào các gi ng lúa s n xu t, các gi ng này ã cho th y hi u l c c a các gen kháng c ph i h p vào [121]
Fukuoka [58] ã tìm ra c gen l n kháng o ôn trên lúa là pi-21(t), nh trên nhi m s c th s 4 và liên k t hai marker G271 và G317 v i kho ng cách di truy n l n l t là 5,0 cM và 8,5 cM.
Zheng [141] ã tìm ra 2 gen kháng b nh o ôn Pi-24(t) và Pi-25(t) nh v n l t trên nhi m s c th s 12 và 6. Gen Pi-24(t) liên quan n tính kháng b nh
o ôn trên lá, có ngu n g c t gi ng lúa Zhong156, c gi i h n b i 2 marker: RAPD marker (N7) và RGA marker (Nlrr-3). Kho ng cách di truy n c a 2 marker này là 0,8 cM. GenPi-25(t) liên quan n tính kháng b nh o ôn trên lá và trên c bông, có ngu n g c t gi ng lúa Gumei2, liên k t RFLP marker (RG456) v i kho ng cách di truy n là 1,5 cM và RAPD (A7) v i kho ng cách di truy n là 1,8 cM.
Conaway [50] ã dùng microsatellite marker phát hi n gen kháng o ôn là Pi-z nhi m s c th s 6, liên k t v i marker MRG5836 v i kho ng cách di truy n là 2,9 cM và marker DP1 là 1,4 cM.
Cho [47] ã dùng các marker liên k t xác nh các gen kháng b nh o ôn t các dòng ng gen c a các gi ng lúa Hàn Qu c mang gen cho (donor). Gi ng donor Chuchueongbyeo mang genPia nh ng tính kháng th c t s n xu t còn th p. Gi ng Bongkwangbyeo mang 2 gen kháng Pia và Pik-m. Gi ng Seolagbyeo mang gen
donor t BL1 (có gen Pib và Pish) và Fuji280 (mang gen Pia và Pita-2). Gi ng Daeseongbyeo mang gen donor t Bongkwangbyeo và Fuji280. Gi ng 54BC-68 mang genPi25(t) trên nhi m s c th s 12. K t qu liên k t v i các marker phân t cho th y các dòng ng gen có mang gen kháng t donor b m .
Gen kháng Pi-5(t) c xác nh trên qu n th c n giao F7 c a t h p Moroberekan/CO39 v i 127 RFLP marker [138]. Inukai [70] phân tích di truy n cho th y Pi-5(t) có ph kháng r ng v i tính kháng b nh o ôn trên lúa, liên k t ch t v i Pi-3(t) và Pii (t). Ngoài ra, Pan [108] báo cáo r ng các gen Pii (t), Pi-3(t),
Pi-5(t) và Pi-15(t) m trên cùng vùng nhi m s c th s 9. Jeon [73] ã nghiên c u gen Pi-5(t) c phân nh 170 kb gi a kho ng 2 marker C1454 và S04G03, n m trên nhi m s c th s 9.
Hayashi [64] ã s d ng SNPs và InDel marker (nh ng n phân t ng n có tính ch t xen n/m t n, phân b kh p b gen cây lúa) xác nh cho 9 gen lúa kháng b nh o ôn Nh t:Pi-z, Pi-zt, Pi-t, Pi-k, Pi-km, Pi-kp, Pi-ta, Pi-ta2 vàPi-b.
Jeung [74] công b ã nghiên c u thành công gen kháng b nh o ôn có ph kháng r ng Pi-40(t) a vào dòng lúa IR65485-4-136-2-2 t b gen EE c a loài lúa hoangO. australiensis (Acc.100882). Gen Pi-40(t) n m phía cánh ng n (short arm) nhi m s c th s 6, n i ó c ng ã xác nh 4 gen kháng Piz, Piz-5, Piz-t và Pi9, liên k t b i các marker S2539 và RM3330.
i vi c ng d ng thành công MAS trong ch n gi ng kháng b nh o ôn, IRRI ã xây d ng b gi ng lúa mang gen kháng b nh o ôn n gen dùng làm gi ng chu n kháng i v i các nòi n m cho nhi u n c trên th gi i. Cho n nay, gi ng lúa chu n c này áp d ng cho t t c các n c xác nh các nòi n m [76].
m 2009, trong ch ng trình h p tác IRRI và Nh t [59] ã xây d ng các dòng NILs mang các gen kháng t p trung trên n n t ng di truy n 3 gi ng CO39 là gi ng lúa tr ng n , nhi m o ôn, Lijianxintuanheigu (LTH), gi ng a Japonica và m t dòng nhi m ph bi n (Universal Susceptible = US-2) là dòng con
lai t gi ng lúa mùa a Indonesia Kencana và Takanari 3. Trong các dòng NILs xác nh c 24 gen n kháng b nh o ôn nh v trên các nhi m s c th khác nhau b ng cách s d ng 163 SSR marker. Phát tri n các dòng LTH NILs tìm th y các dòng mang gen kháng n gen, có c 15 gen kháng o ôn:Pib, Piz-5,Piz-t,
Pi3, Pi9, Pi5(t), Pia, Pik-s, Pik, Pik-h, Pi1, Pi7(t), m t gen ch a xác nh, Pita và
Pita-2. i v i các dòng CO39 NILs tìm th y có 14 gen kháng: Pish, Pib, Piz-5,
Piz-t, Pi5(t), Pik-s,Pik, Pik-h, Pik-m, Pik-p, Pi1, Pi7(t), Pita, Pita-2, Pik* và Pita*. Còn các dòng US-2 NILs có 12 gen kháng o ôn:Pia,Pik,Pik-h,Pik-p,Pik-s,Pi1,
Pi7(t),Pita,Pi12(t),Piz-t,Pi9 vàPi5(t).
a vào các d u chu n RM206, RM224, RM5364, RM7102, Huang [68] tìm th y trên gi ng lúa mùa a ph ng XZ3150 xác nh 2 gen kháng b nh o ôn m i làPi47, Pi48 n m trên nhi m s c th s 11 và 12, 2 gen này có ph kháng r ng v i các nòi n m t nh Hunan, Trung Qu c.