K t sau khi đ c tách kh i ngành Tài chính, thành l p ngành thu nhà n c th ng nh t t ngày 07/8/1990 đ n nay, ngành Thu Vi t Nam đã tr i qua hai giai đo n khác bi t v c ch qu n lý thu : c ch chuyên qu n và c ch t khai, t n p thu .
Cùng v i s gia t ng m nh m c a các doanh nghi p thu c m i thành ph n kinh t , c ch chuyên qu n thu v i đ c tr ng là c quan thu tr c ti p ki m tra, giám sát, l p b , tính toán, thông báo s thu ph i n p đ nh k (tháng, quý, n m) đ n t ng TNT đã không còn phù h p do tính ch t qu n lý quá th công, b đ ng, không g n trách nhi m c a NNT trong xác đ nh ngh a v thu c a mình, không chuyên môn hóa trong khi giao quy n quá l n vào tay cán b chuyên qu n thu .
Vi c chuy n đ i sang c ch m i - c ch t khai, t n p thu là m t t t y u khách quan, đây là c ch đã đ c áp d ng hi u qu nhi u n c trên th gi i. Ngày 23/9/2003, Th t ng Chính ph ký Quy t đ nh s 197/2003/Q -TTg thí đi m th c hi n c ch c s s n xu t, kinh doanh t kê khai, t n p thu , đ c áp d ng đ u tiên t i Vi t Nam đ i v i m t s c s s n xu t, kinh doanh đ c l a ch n đóng trên đa bàn thành ph H Chí Minh và t nh Qu ng Ninh t ngày 01/01/2004 v i 2 lo i thu GTGT và TNDN, kh i ngu n cho vi c th c hi n c ch NNT t khai, t n p thu trên toàn qu c. Lu t Qu n lý thu s 78/2006/QH11 ngày 29/11/2006 ra đ i đánh d u c ch này đ c chính th c áp d ng trên toàn qu c t ngày 01/7/2007.