- Tông Nichiren và tông Jodo
1.3.5. Phật giáo thời kỳ Edo (Giang Hộ) (1600 1868)
Mặc dù thời kỳ Muromachi và Azuchi - Momoyama Phật giáo tiếp tục có những bước phát triển mới nhưng do đấu tranh nội bộ, xung đột bạo lực giữa các tông phái gia tăng cũng như sự lạm dụng Phật giáo để tăng cường thế lực của thế tục mà cuối thời này Phật giáo có sự sa sút. Sự sa sút đó còn được tạo bởi sự lớn mạnh trở lại của tư tưởng Nho giáo, Shinto và sự cạnh tranh của đạo Kytô (được du nhập vào Nhật năm 1549). Thêm vào đó, do chính sách mới của giới tục quyền mà Phật giáo trở nên xơ
cứng, thiếu sinh động và rơi vào trạng thái trì trệ. Tình hình này cũng gây bất lợi cho Phật giáo, nhất là khi quốc gia bị chia cắt, biệt lập bởi sự cạnh tranh giữa các tướng quân.
Trong bối cảnh đó, nhiều hào kiệt khắp nước có tâm nguyện đứng lên thống nhất quốc gia. Người khởi xướng là Chức Điều Tín Trường và sau đó là Phong Thần Tú Cát sau khi Phong Thần Tú Cát bị Mạc Phủ Đức Xuyên diệt (năm 1600), thủ đô được thiên di về Edo (Tokyô ngày nay).
Để thống nhất lại quốc gia bị chia cắt, từ Chức Điều Tín Trường đến Tú Cát và Đức Xuyên đều tìm cảnh thâu tóm thế lực từ tay Phật giáo. Nếu như Tú Cát sử dụng chính sách tịch thu bất động sản của nhà chùa rồi bố thí một phần trở lại để nắm mạch máu kinh tế của nhà chùa, lợi dụng thế lực một số chùa để kiềm chế những chùa khác, thì Đức Xuyên lại dùng chính sách bảo hộ và can dự, đưa Phật giáo dần dần vào hệ thống chính quyền phong kiến. Đức Xuyên đã dùng các Pháp độ để qui định các quan hệ mọi mặt của chùa viện. Năm 1608 ban pháp độ 7 điều qui định tư cách các chùa, cấp bậc tăng tài, y phục và danh hiệu cho sư tăng trong đó thừa nhận chùa nhánh phải chấp hành mệnh lệnh của chùa gốc. Những chính sách này đã có những tác dụng tích cực, làm hạn chế xung đột giữa các chùa, đặt các chùa vào sự quản lý của Mạc Phủ. Ngoài ra còn ra pháp độ năm 1615 tước bỏ quyền can thiệp của tục pha vào các chùa.
Khi Cơ Đốc giáo được du nhập, Chức Điều Tú Trường lại bảo hộ Cơ Đốc giáo để kiềm chế Phật giáo. Tư Cát lấy cớ Cơ Đốc giáo khinh miệt Thần Xã và Phật giáo, lại có dã tâm dòm ngó lãnh thổ nên ra lệnh cấm chỉ (năm 1578). Đến thời Đức Xuyên, lúc đầu cho Cơ Đốc giáo phát triển tự do nhưng sau đó vì hành vi của tín đồ trái chuẩn mực phong kiến truyền thống nên cuối cùng cũng bị cấm. Năm 1637 tín đồ Cơ Đốc giáo gây bạo loạn và Mạc Phủ bắt đầu thi hành chính sách bế quan tỏa cảng. Để tiêu diệt tận gốc Cơ Đốc giáo, Mạc Phủ lợi dụng Phật giáo đưa ra chế độ "Tự đàn". Tự đàn thực chất là bắt người dân phải đăng ký vào một ngôi chùa nào đó và phải cung cấp nuôi sống nhà chùa. Giai đoạn này tăng lữ phật giáo có đặc quyền thi chứng hộ tịch, hộ khẩu. Vì lẽ ấy mặc dù nhà chùa có cuộc sống ổn định nhưng sự phát triển cũng trở nên xơ cứng.
Trong thời kỳ này, Nhật Bản ngoài hai phái Zen đã có từ thời Muromachi là Soto và Rinzai còn xuất hiện thêm một phái thứ ba. Phái này do một cao tăng người Trung Hoa tên là Ingen (ẩn Nguyên) vốn theo dòng Rinzai truyền vào năm 1653. Ingen chịu ảnh hưởng sâu sắc của tư tưởng Thiền Tịnh hợp nhất là chỗ khác biệt với dòng Rinzai truyền thống. Năm 1658 được tướng quân Gia Cương ban cho đất của Sơn Thành Trị Vũ để xây chùa. Năm 1661 chùa xây xong lấy tên là Vạn Phúc núi Hoàng Bá nên dòng thiền này thường được gọi là Hoàng Bá.
Từ năm 1600 kể từ khi Gia Khang Đức Xuyên lập Mạc Phủ Giang Hộ, ông đã từng ban phát cho các chùa những khoản tiền dưới danh nghĩa khuyến khích học vấn. Từ đó các chùa thi nhau lập ra các cơ cấu giáo dục gọi là Đàn Lâm, Học Hiệu, Học Lâm... nhờ việc học phát triển nên các dòng cũng xuất hiện nhiều học giả có uy tín.
Mặc dù việc nghiên cứu kinh điển, giáo lý Phật giáo có những tiến triển song vì thời kỳ này về mặt tư tưởng bị các Mạc Phủ khống chế nên tính chất giáo điều của Phật giáo gia tăng. Lịch sử gọi Phật giáo thời này là Phật giáo đọc kinh.
Trước áp lực ngày càng tăng của giới Nho học lại thêm những hiểm họa từ các quan hệ với Nga, Mỹ cùng hàng loạt các nước phương Tây như Tây Ban Nha, Bồ Đào Nha, Hà Lan... nên chính quyền quân sự Takagawa cộng với nạn đói kém của dân chúng đã làm tăng sự căng thẳng xã hội. Kết quả là năm 1836 đã có cuộc bạo động lớn được đông đảo dân chúng tham gia. Nhân cơ hội ấy, các nho sĩ ở vùng Mito (Thủy Hộ) đã mở đầu cho việc phế Phật, hủy hoại chùa chiền, đào thải tăng ni, phá tượng Phật đúc đại bác... diễn ra năm 1843 năm thứ 14 niên hiệu Thiên Bảo.
Trước tình trạng nguy cấp, lúc này xã hội xuất hiện chủ nghĩa "Tôn vương nhương di". Tư tưởng này chín muồi buộc chính quyền quân sự Takagawa phải đem chính quyền trả lại cho Tenno. Từ đây chiến dịch bãi Phật phát triển, truyền thống Thần - Phật hợp nhất dần dần bị mai một nhường chỗ cho sự khôi phục vị thế quốc đạo của Shinto vào thời kỳ Meiji (Minh Trị duy tân).