Như đã trình bày ở phần trước, vào thời Nara có 6 tông phái phát triển, đến thời Heian lại có thêm ba tông phái mới. Điểm lưu ý là, các vị tổ sư của các tông phái trên ít nhiều đều học Zen như Đạo Chiêu, Đạo Duệ, Saicho. Đến đời Đường, có nhà sư Trung Hoa hiệu là Nghĩa Không đến truyền Zen ở Nhật Bản. Theo Đoàn Trung Còn [6], vào
thế kỷ thứ VIII năm 729 có Dôsen (Đạo Tuyên), đại sư người Tàu có truyền Zen vào Nhật nhưng không được hoan nghênh lắm. Đến thế kỷ XII (năm 1168) có đại sư Eisai (Vĩnh Tây) (1141 - 1215) sang Tàu học Zen phái Rinzai và truyền vào Nhật Bản gọi là Rinzai. Eisai đã viết Hưng thiền hộ quốc luận (3 quyển), phân tích nguồn gốc Zen và
chứng minh quốc gia không thể thiếu Zen. Ông còn viết Xuất gia đại cương để nói rõ
thiên chức việc xuất gia. Ông không chỉ truyền bá Zen mà còn làm cho Zen phát triển và thịnh vượng. Ông chú ý phương pháp dưỡng sinh bằng trà và "Trà đạo" được xuất hiện ở Nhật.
Vào năm 1223 có sư Dôgen (Đạo Nguyên) (1200 - 1253) sang Tàu học phái Soto (Tào Động) và trở thành tổ thứ nhất phái Soto ở Nhật. Ông giữ giới luật nghiêm túc và theo lời giáo huấn là "không thân cận quốc vương và đại thần" [25, tr. 577]. Ông khác với Eisai của phái Rinzai là từ chối sự hậu đãi, dung nạp của giới quyền quý. Tác phẩm của ông có Chính pháp nhãn tạng (95 quyền), Vĩnh bình quảng lục (10 quyển),
Vĩnh bình thanh quy (2 quyền), Học đạo dụng tâm tập (1 quyển) [25, tr. 577].
Như vậy, vào thời Kamakura, bên cạnh Jodo tông và Nichiren tông, còn có thêm Zen cũng phát triển rất mạnh. Sự phát triển của Zen giai đoạn này đã đưa đến một sự dung hợp mới giữa Nho, Phật và tư tưởng của tầng lớp võ sĩ đạo. Có thể nói trong thời đại Kamakura, Shin, Nichiren và Zen là ba dòng Phật giáo mới và trở thành đặc sắc của Nhật Bản, cũng như nói Zen là sản phẩm của Phật giáo Trung Hoa.
1.3.4. Phật giáo thời Muromachi (Nam Bắc triều) (1333 - 1568) và Azuchi - Momoyama (Thất Đinh) (1568 - 1600) Momoyama (Thất Đinh) (1568 - 1600)
Trong thời Muromachi và Azuchi - Momoyama, xã hội Nhật Bản có xảy ra nhiều rối loạn. Các quan viên sát phạt lẫn nhau làm cho quyền lực của triều đình có nhiều nguy khốn. Trước tình thế đó, Tenno phải thiên đô tới Cát Dã làm xuất hiện cục diện Muromachi.
Tình hình đó kéo dài mãi cho tới thời Nghĩa Mãn (1368 - 1394) mới kết thúc, khôi phục chế độ Mạc Phủ, gọi là thời kỳ Azuchi - Momoyama.
Đối với Phật giáo thời kỳ này có sự phát triển mạnh mẽ của Zen, Nichiren tông và Jodo tông.