Jodo tông là tông phái Phật giáo đã có từ thời Heian, tuy vậy nó chỉ là tông phái yếu về thế lực và phụ thuộc vào các tông khác. Sang thời Kamakura, dưới sự nỗ lực của sư Genko (Nguyên Không) mà nó trở thành một tông phái độc lập. Genko {còn gọi là Hozen (Pháp Nhiêu Thượng)} (1133 - 1212) là người vốn đã học Tendai tông. Sau đó nghiên cứu cả "Vững sanh yếu tập" của Nguyên Tín dòng Jodo và "Quá vô lượng thọ kinh" mà quyết tâm theo Jodo tông (1175).
Jodo tông là đạo đi cứu rỗi tất cả mọi người, tạo đường sống lại cho cả những kẻ nghèo khó, không có tiền tài dựng đền đắp tượng hoặc những người không được học hành tu luyện cho nên từ tầng lớp quý tộc cho đến loại đầu trộm đuôi cướp đều có thể tham gia. Vì vậy, sự phát triển của Jodo tông đã bị các tông phái khác kịch liệt phản đối vì cho rằng Genko đã nhạo báng các tông khác, coi nhẹ pháp giới và họ đã dâng biểu tâu trình lên triều đình để phản đối. Vào năm 1207 niên hiệu Kiến Vĩnh thứ hai, triều đình ra lệnh bắt giữ và xử thầy trò Genko vào trọng tội (có 4 người tử hình, 8 người đi đày trong đó có Genko). Năm 1211 ông được ân xá và tịch năm 1212. Mặc dù bị bức hại nhưng Jodo tông vẫn phát triển. Vào các năm 1244, 1688, 1712 Genko liên tục được các Tenno truy phong tên hiệu. Về sau các đệ tử của Genko đã sáng lập ra tông Shin và một số tông phái khác.
Cùng với Genko Shinran (Thân Loan) (1173 - 1262) chuyên tu pháp môn niệm Phật, cùng bị tù đày với Genko. Ông đã lấy vợ trong thời gian bị đày, sau được tha và tiếp tục hoằng thông niệm Phật suốt hai mươi năm. Tác phẩm tiêu biểu của ông là Tịnh
độ chân thực giáo hành chứng văn loại gồm 6 quyển. Tư tưởng tôn giáo của Shin hết sức bình dị về mặt thực hành, là đạo dễ hành nhưng hệ thống tư tưởng tôn giáo là sản phẩm của quá trình đi từ tìm hiểu đến hành chứng. Ông vượt qua việc nhấn mạnh lòng tin tuyệt đối vào quyền lực cứu vớt của Adiđà và hệ quả tất yếu của điều đó là gạt bỏ hoàn toàn lòng tin vào bất cứ cái gì khác trên thế giới, kể cả bản thân. Ông cho rằng, chỉ cần tin vào Adiđà là có thể đạt tới sự giác ngộ. Ông bác bỏ tổ chức tự viện truyền thống,
tán thành việc môn đồ có thể lấy vợ và có cuộc sống bình thường, từ đó việc tăng lữ được kết hôn lan dần sang các tông phái khác và trở thành một điều phổ biến, bình thường ở Nhật.
Dốc lòng tôn thờ Adiđà, bình đẳng trước Phật pháp, thành thực trong cuộc sống là chủ trương của Shin.
Sau khi pháp môn Jodo tông của Genko ra đời khoảng 80 năm thì ở Nhật xuất hiện thêm dòng Nichiren. Lấy tín ngưỡng Pháp hoa làm căn bản. Theo Đoàn Trung Còn trong cuốn Các tông phái đạo Phật [6] thì Nichiren sinh vào năm 1222 và mất năm
1282. Ngài đã từng thọ giáo Shingon tông, sau đó Tendai tông và tin vào kinh Diệu pháp liên hoa. Theo giáo nghĩa, Nichiren tin rằng, các tông phái khác sai lầm chỉ tin vào Tam Thừa mà không thấy rằng chính Nhất Thừa mới là rốt ráo của Phật tổ. Vì thế ngài kịch liệt phải đối Jodo tông, Ritsu tông... và cho rằng đó là những tà phái. Thái độ của Nichiren đã làm xúc phạm đến các tông phái khác và ngay cả niềm tin của giới cầm quyền ở Mạc Phủ. Vì vậy ông bị truy bức, bị đi đày. Ông đã soạn ra bộ Đối tự sao để
bàn về việc bảo vệ quốc gia và bộ " bày tỏ thái độ phản đối các tông khác và ủng hộ Pháp hoa. Theo ông "Niệm Phật là nghiệp địa ngục vô gián, Zen là của Thiên ma, Shingon là tội mất nước, Ritsu tông là giặc nước nói xằng". Trong cuốn Lịch sử Phật giáo thế giới có chép rằng:
Cả cuộc đời, Nichiren vì tín ngưỡng của mình mà không ngại xông pha nguy hiểm, tỏa ra một thứ ánh sáng đặc biệt của cuộc đời một nhà tôn giáo. Tinh thần đó bắt nguồn từ tinh thần dân tộc Nhật Bản và hoàn cảnh địa lý của Nhật Bản. Tính kiên cường của Phật giáo Nhật Bản được gắn liền với tinh thần đó. Nhưng cũng vì tinh thần đó, cho nên sự ngăn cách giữa các tông phái rất vững chắc [6].