- Xây dựng nội dung và phát triển dịch vụ là một công việc phức tạp và khó khăn bởi nó đòi hỏi đội ngũ thực hiện phải có trình độ chuyên môn và hạ tầng công nghệ hiện đại. Hiện nay số lượng cán bộ, nhân viên có trình độ, chuyên môn về thương mại điện tử còn ít. Trung tâm thành lập khi TMĐT tại Việt Nam mới ra đời và phát triển, chưa có nơi giảng dạy về TMĐT một cách chính quy, vì vậy cán bộ tại trung tâm chưa được đào tạo chuyên môn chính quy tại các trường đại học, chủ yếu là tự học và tự nghiên cứu. Cơ sở hạ tầng công nghệ tại Việt Nam chưa được hiện đại hoá đồng bộ với các yêu cầu băng thông rộng, tốc độ cao, vùng bao phủ rộng nên chưa đáp ứng yêu cầu dịch vụ thông tin nhanh chóng chính xác, an toàn an ninh thông tin chưa cao.
- Để đáp ứng được các yêu cầu của khách hàng là việc không đơn giản, Trung tâm cần phải tập trung rất nhiều từ nhân lực đến vật lực như khó khăn đã nói ở trên và đặc biệt là khả năng dự báo thị trường. Nhu cầu chính xác hóa thông tin là một nhu cầu đương nhiên của con người. Đối với các thông tin chữ - số cần phải đảm bảo thu nhận chính xác. Để từ đó đưa ra được các dự báo nhưng để có được dự báo chính xác là công việc không hề đơn giản, đòi hỏi trình độ chuyên môn cao, hiểu biết sâu sắc vấn đề. Nếu dự báo sai sẽ gây hậu quả xấu, thậm chí năng nề, làm mất nhiều công sức, nhân lực, vật lực.