Cùng với những kết quả đạt được của chi nhánh vẫn còn có những tồn tại trong chi nhánh của ngân hàng.
- Nguồn tiền gửi không kì hạn còn chiếm tỷ trọng lớn trong tổng nguồn vốn huy động (năm 2006 chiếm 34,7%, năm 2007 chiếm 29%,năm 2008 chiếm 31,65%, năm 2009 chiếm 28,9 %) và tập trung chủ yếu vào một số khách hàng có tài khoản tiền gửi ngoại tệ do đó nếu nguồn vốn huy động này chuyển đi một lúc sẽ ảnh hưởng rất lớn đến số dư nguồn vốn huy động của chi nhánh, chi nhánh sẽ phải nhận điều chuyển vốn ngoại tệ từ ngân hàng TMCPCTVN do vậy ảnh hưởng không nhỏ đến thu nhập từ điều chuyển vốn, cân đối vốn trong hoạt động kinh doanh và thực hiện kế hoạch huy động nguồn mà NHTMCPCTVN giao.
- Lãi suất huy động tiền gửi VNĐ đối với một số khách hàng là doanh nghiệp còn cao, trong điều kiện hiện nay tại chi nhánh nguồn huy động này sẽ chỉ điều chuyển về NHTPCPCTVN hưởng lãi nộp vốn do đó chưa tối đa được hiệu quả do nguồn vốn mang lại. Ngoài ra mức lãi suất còn chưa linh hoạt, chưa nắm bắt kịp thời thông tin của các đối thủ cạnh tranh dẫn đến việc điều chỉnh lãi suất chưa kịp thời với thị trường khiến cho nhiều khách hàng quan tâm đặc biệt đến lãi suất đã chọn ngân hàng khác có lãi suất tiền gửi cao hơn để gửi tiền. Việc chậm chạp trong điều chỉnh lãi suất huy động vốn này đã vô tình khiến ngân hàng bị mất đi nguồn huy động tối đa.
- Chất lượng dịch vụ trong huy động vốn chưa thực sự đáp ứng yêu cầu của khách hàng. Sự phát triển của thị trường đòi hỏi các ngân hàng phải cung cấp một danh mục đa dạng các dịch vụ liên quan đến hoạt động huy động vốn đồng thời phải am hiểu sâu sắc các dịch vụ của mình để tư vấn cho khách hàng, tuy nhiên đây lại là một điểm còn hạn
chế không chỉ riêng đối với chi nhánh Nam Thăng Long mà còn là hạn chế với các NHTMCP nói chung.
- Mạng lưới của chi nhánh chưa nhiều mới chỉ dừng lại ở 10 phòng giao dịch, chưa đáp ứng được nhu cầu giao dịch của khách hàng trên khắp địa bàn mà chi nhánh phụ trách.
- Còn một hạn chế nữa của chi nhánh là vấn đề maketing. Mặc dù chi nhánh là một trong số những chi nhánh lớn của NHTMCPCTVN một trong những ngân hàng có quy mô lớn và là ngân hàng của nhà nước mới cổ phần hóa cách đây không lâu nên có nhiều khách hàng truyền thống và những khách hàng lâu năm biết đến nhưng hiện nay có rất nhiều công ty mới mở và hoạt động của họ cũng hiệu quả nhưng họ cũng chưa biết đến ngân hàng như một đối tác hiệu quả trong việc kinh doanh của họ. Nhìn chung chủ yếu khách hàng của chi nhánh là những khách hàng truyền thống.