- Tài sản Nhà nước trải qua một thời gian dài được quản lý, sử dụng theo cơ chế bao cấp; quan hệ tài sản giữa Nhà nước với cơ quan, đơn vị sử dụng cơ bản chỉ là cấp và thu hồi tài sản; các cơ chế mới về quản lý sử dụng tài sản Nhà nước mới ban hành chưa gắn quản lý ngân sách với quản lý tài sản, chưa gắn quản lý tài sản về hiện vật với quản lý, bảo vệ giá trị tài sản và hiệu quả sử dụng tài sản cũng như chưa gắn với yêu cầu nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, nhân sự và hoạt động của cơ quan, tổ chức được giao quản lý, sử dụng.
- Nhà nước với tư cách là người đại diện sở hữu toàn dân đối với tài sản Nhà nước, nhưng chưa thực hiện tốt vai trò ban hành chính sách, pháp luật và chưa thực hiện tốt trách nhiệm kiểm tra, giám sát tình hình quản lý tài sản nhà nước tại các các cơ quan, đơn vị được nhà nước giao quản lý, sử dụng tài sản. Chính phủ, các bộ, ngành và chính quyền địa phương chưa theo dõi đầy đủ, kịp thời về số lượng, giá trị và tình hình biến động tài sản nhà nước thuộc phạm vi mình quản lý. Các vi phạm của các cơ quan, đơn vị trực tiếp quản lý sử dụng tài sản nhà nước chưa được phát hiện kịp thời và khi phát hiện được lại chưa xử lý nghiêm minh, dẫn đến các tồn tại này vẫn kéo dài.
- Cơ chế quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước không gắn với cơ chế tổ chức thực hiện dẫn đến hiệu lực của văn bản pháp luật về quản lý tài sản nhà nước không cao đối với công tác quản lý tài sản nhà nước. Ví dụ: nguyên tắc thẩm định đầu tư, mua sắm tài sản nhà nước để quản lý tài sản nhà nước ngay từ khâu hình thành tài sản đến nay vẫn chưa có quy định cụ thể về quy trình thực hiện; tổ chức bộ máy quản lý tài sản nhà nước các cấp là bộ phận giúp chính quyền các cấp, thủ trưởng bộ, ngành thực hiện nhiệm vụ
quản lý nhà nước đối với tài sản nhà nước mặc dù đã được quy định nhưng việc triển khai trên thực tế còn rất chậm.
- Một thời gian dài việc quản lý TSNN trong khu vực HCSN ảnh hưởng bởi cơ chế tập trung bao cấp.Việc lãng phí TSNN trong khu vực HCSN đã là căn bệnh trầm kha. Từ ngày có hợp tác xã, có chế độ sở hữu nhà nước… đã có câu ca dao đại ý là: trống làng ai đánh thì thùng – của chung ai khéo vẫy vùng thành riêng. Khái niệm: tài sản của Nhà nước, của tập thể, chi ngân sách là “của chùa, tiền chùa“ đã mặc nhiên tồn tại. Những chiếc xe công bị sử dụng vào việc riêng và đã trở thành cái “oai“, cái “danh giá” một thời của người có chức, có quyền. Khi chuyển sang nền kinh tế thị trường có sự quản lý của Nhà nước và xu hướng hội nhập quốc tế thì cơ chế quản lý TSNN trong khu vực HCSN chưa bắt nhịp kịp thời. Do vậy, cơ chế chính sách ban hành thiếu tính thực tiễn, việc buông lỏng quản lý, thiếu sự kiểm tra kiểm soát đối với TSNN trải qua thời kỳ dài của nền kinh tế kế hoạch hoá tập trung đã thành thói quen tập quán; do đó việc chuyển biến cả về tư tưởng, nhận thức và tổ chức thực hiện là cả một quá trình lâu dài.
- Chế tài xử lý các sai phạm trong quản lý, sử dụng tài sản nhà nước còn yếu, thiếu và chưa đồng bộ, việc tổ chức xử lý chưa kiên quyết và thiếu kịp thời, dẫn đến hiệu lực và hiệu quả thấp nên chưa đủ sức đẩy lùi các tiêu cực. Tình trạng sai phạm trong quản lý, sử dụng tài sản nhà nước đã và đang diễn ra. Các diễn đàn của Đảng, Quốc hội, Chính phủ và của các cơ quan, tổ chức hữu quan cũng như công luận đã nhiều lần lên tiếng nhưng việc xử lý vi phạm vẫn không được như mong muốn. Một ví dụ điển hình là việc các thành phố lớn (như Hà Nội, TP Hồ Chí Minh) đã có chủ trương thu hồi những diện tích đất công sử dụng lãng phí hoặc sai mục đích từ nhiều năm nay, nhiều địa chỉ đã được nêu ra nhưng cho đến nay không ít trường hợp chưa được xử lý dứt điểm. Và như vậy, đây sẽ lại là những tiền lệ xấu cho những vi phạm trong tương lai.