Kinh tế của huyện An Phú có tốc độ tăng trưởng hằng năm khá, ổn định, năm 2007 tốc độ tăng trưởng kinh tế đạt 12 % trong đó dịch vụ thương mại đạt 19,49% chiếm 47,21% cơ cấu GDP, năm 2008 tốc độ tăng trưởng kinh tế tăng lên 12,32%, trong đó thương mại dịch vụ tăng 20%, chiếm 48,02% cơ cấu GDP. 6 tháng đầu năm 2009 do ảnh hưởng suy thoái kinh tế toàn cầu, làm ảnh hưởng đến giá cá và năng suất lúa đông xuân bị giảm làm cho tốc độ tăng trưởng chậm lại, 9 tháng đầu năm đạt 8,17% ( trong đó khu vực III chiếm 50,41%, tăng 2,80% ), tuy nhiên tốc độ tăng trưởng 3 tháng cuối năm có khởi sắc hơn, là một dấu hiệu tốt cho kinh tế vùng phát triển, nhất là kinh tế biên giới, cửa khẩu.
Các cơ chế, chính sách tiếp tục thông thoáng thu hút các doanh nghiệp, hàng hóa đi về cửa khẩu và chợ biên giới theo quyết định 254/2006 QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ; quyết định 65/2007/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ về
qui chế hoạt động khu kinh tế cửa khẩu An Giang; quyết định 31/2006/QĐ-BTM của Bộ Thương Mại về 40 mặt hàng nông sản của Campchia được hưởng thuế
suất ưu đãi 0% khi nhập khẩu vào Việt Nam; trong thanh toán thông thoáng hơn trước, sử dụng bản tệ, ngoại tệ tự do chuyển đổi và tiền đồng .
Cơ sở hạ tầng - Công trình xây dựng cả hai bên đang tiến hành đầu tư song hành (cầu đường, vận tải, hạ tầng cửa khẩu), có cải tiến thủ tục hành chính, tạo thuận tiện cho doanh nghiệp đưa hàng về cửa khẩu. Về thủ tục hành chánh cũng
được cải tiến, giảm phiền hà, nhanh gọn hơn, tạo thuận lợi cho các doanh nghiệp trong việc xuất nhập khẩu hàng hóa tại các cửa khẩu.
Hệ thống chợ trung tâm, chợ biên giới và chợ cửa khẩu của huyện được đầu tư xây dựng ngày càng hoàn chỉnh, khang trang hơn, đảm bảo phục vụ cho nhu cầu hoạt động và phát triển kinh tế của huyện như: Long Bình, Khánh An, Bắc
Đai, Vĩnh Hội Đông, An Phú, Quốc Thái…
Huyện ủy và UBND huyện rất quan tâm và thường xuyên quan hệ ngoại giao tốt với các ngành địa phương trong và ngoài tỉnh, tăng cường xúc tiến hợp tác với bạn trên nhiều lĩnh vực từ kinh tế đến hoạt động văn hóa xã hội và an ninh
quốc phòng, tạo thuận lợi giao thương, buôn bán và các điều kiện cho hoạt động thương mại - dịch vụ khu kinh tế cửa khẩu phát triển tốt.
Sau khi Việt Nam gia nhập WTO - mở cửa thị trường đã hối thúc các doanh nghiệp cả hai bên nhanh chân mở đường kinh doanh xuất nhập khẩu hàng hóa dịch vụ qua các cửa khẩu, nơi tiện lợi và hiệu quả nhất trong giao thương.