Nếu như phần mềm của hệ thống giao dịch phải lệ thuộc vào trợ giúp kỹ thuật của các chuyên gia nước ngoài thì phần mềm của hệ thống lưu ký và thanh toán lại do các kỹ sư tin học của Công ty FPT viết. Tuy lần đầu tiên một Công ty tin học trong nước tham gia thiết kế các phần mềm điện toán trong lĩnh vực chứng khoán nhưng qua một năm hoạt động, hệ thống này kết nối thông suốt với hệ thống giao dịch, xử lý được các bài toán đăng ký, chuyển nhượng, thanh toán chứng khoán trên cơ sở các dữ liệu giao dịch (kết quả khớp lệnh) do hệ thống giao dịch chuyển đến.
Tuy nhiên, cũng như hệ thống giao dịch, do đã bỏ qua thủ tục đấu thầu lẽ ra phải có vì phải khẩn trương đưa vào hoạt động, hệ thống lưu ký và thanh toán được xây dựng theo mô hình quản lý tài khoản của các thành viên lưu ký hiện nay cũng mới chỉ đáp ứng được yêu cầu giao dịch trong khuôn khổ của một thị trường thử nghiệm dưới hình thức một Phòng Đăng ký - Thanh toán bù trừ - Lưu ký chứng khoán trực thuộc HSTC. Khi quy mô của thị trường mở rộng, khi loại giao dịch và phương thức giao dịch đã được phát triển, hệ thống này cũng cần phải được xây dựng mới hoàn toàn theo mô hình công ty lưu ký chứng khoán độc lập để thích ứng với hệ thống giao dịch đã được xây dựng mới và sử lý được các bài toán quản lý và theo dõi các chứng khoán cầm cố, thực hiện việc đăng ký, lưu ký và thanh toán các giao dịch trái phiếu trên thị trường OTC, lưu ký cho các chứng quyền, kết nối hệ thống đăng ký, lưu ký, thanh toán trong nước với các tổ chức thanh toán và lưu ký tập trung ở nước ngoài để thực hiện các giao dịch xuyên quốc gia.