KCN Khánh Phú có diện tích 351 ha nằm trên địa phận các xã phường sau: xã Khánh Phú, Khánh Hòa - huyện Yên Khánh; xã Ninh Phúc và phường Bích Đào – thành phố Ninh Bình. Nằm ở phía Đông Nam thành phố Ninh Bình.
Phía Tây Nam giáp Quốc lộ 10, cách thành phố Ninh Bình 5km về Đông Nam, cách Hà Nội 95km.
Vị trí KCN tiếp giáp với sông Đáy và Quốc lộ 10, tạo điều kiện thuận lợi về đường bộ, đường sông.
KCN tiếp giáp với khu dân cư bên dọc đường Quốc lộ 10, phía khu vực cổng vào.
Phía Đông Bắc KCN giáp với các hộ dân thôn Phú Hào và có 01 nhà thờ đạo (ngăn cách với KCN bằng hệ thống mương điều hòa).
* Khí hậu
Nhiệt độ trung bình năm 2014:
- Trung bình cả năm: 27,60C
- Tháng cao nhất: 38,80C (tháng 7)
- Tháng thấp nhất: 13,70C (tháng 2)
Số giờ nắng trung bình năm 2014:
- Trung bình cả năm: 1.408.3 giờ
- Tháng cao nhất: 187,4 giờ (tháng 6)
- Tháng thấp nhất: 24,3 giờ (tháng 2)
Lượng mưa trung bình năm 2014: - Hàng năm: 1628,8mm/năm
- Tháng nhiều nhất: 270mm/tháng 8 - Tháng ít nhất: 41,35mm/tháng 12
- Số ngày mưa trong năm: 146 (87,9% vào mùa mưa tháng 4 - tháng 10) - Tháng mưa nhiều nhất: tháng 8/20 ngày
- Tháng nhiều nhất: 90%/tháng 4 - Tháng ít nhất: 80%/tháng 12 Hướng gió thịnh hành:
- Mùa Hè: Đông Nam - Mùa Đông: Đông Bắc - Tốc độ gió: 2,4m/giây
Thời tiết bất thường tại tỉnh Ninh Bình:
- Mùa mưa bão năm 2007, KCN đang trong giai đoạn xây dựng đã chịu ảnh hưởng nặng nề của cơn bão số 1, số 4 và số 5. Đặc biệt là đầu tháng 10/2007, chịu ảnh hưởng của bão số 5.
- Năm 2010 khu vực chịu ảnh hưởng trực tiếp của bão số 1 và ảnh hưởng của hoàn lưu của 2 cơn bão (bão số 2 và bão số 3).
- Năm 2012 chịu ảnh hưởng trực tiếp của cơn bão số 8, gây mưa lớn và ngập úng nhiều nơi, trong đó KCN Khánh Phú có ảnh hưởng.
* Địa hình:
Khu công nghiệp Khánh Phú nằm trên địa bàn xã Yên Khánh – tỉnh Ninh Bình có địa hình đồng bằng thấp ven biển, bằng phẳng và hơi nghiêng theo hướng bắc – nam, bề mặt bị chia cắt mạnh bởi các con sông và đào nhân tạo. Đặc điểm này ảnh hưởng trực tiếp đến sự bố trí rãnh thoát nước và vị trí điểm xả nước thải, nước mưa chảy tràn ra sông của KCN.
* Tài nguyên nước:
+ Nguồn nước mặt: Khá dồi dào thuận lợi cho việc cung cấp nước cấp cho sản xuất nông nghiệp, công nghiệp và giao thông vận chuyển hàng hóa. KCN có 3 mặt tiếp giáp với sông Đáy ở các hướng Bắc, hướng Đông và hướng Nam. Ngoài ra còn tiếp giáp với sông Vạc – là chi lưu của sông Đáy.
+ Nguồn nước ngầm: Theo kết quả nghiên cứu của liên đoàn II – Cục địa chất Việt Nam năm 1993, nguồn nước của toàn tỉnh Ninh Bình tương đối dồi dào và đa dạng, đảm bảo cung cấp nước cho phát triển công nghiệp, nông nghiệp và sinh hoạt của dân.