Tuy có đóng góp không nhỏ đối với sự phát triển kinh tế, xã hội của quốc gia song trên thực tế, quá trình phát triển của các KCN đã làm phát sinh một số vấn đề xã hội đáng quan tâm:
- Chuyển đổi đất nông nghiệp và những ảnh hưởng đến người dân. Tại nhiều địa phương nước ta, đặc biệt là vùng đồng bằng sông Hồng và đồng bằng sông Cửu Long, nhiều đất phục vụ sản xuất nông nghiệp đã được sử dụng cho phát triển KCN. Theo thống kê sơ bộ, có đến 20% diện tích đất thu hồi xây dựng KCN là đất nông nghiệp (khoảng trên 10.000 ha). Tổng diện tích đất trồng lúa được chuyển đổi để phát triển các KCN đến năm 2015 từ 18.000 đến 20.000 ha, chiếm 0,5% tổng diện tích đất trồng lúa trên cả nước. Việc thu hồi đất nông nghiệp để xây dựng các KCN đã làm ảnh hưởng không nhỏ đến đời sống của các hộ nông nghiệp.
- Đời sống vật chất của người dân lao động còn nhiều khó khăn: Sự phát triển các KCN đã hình thành dòng di chuyển lao động khá mạnh từ khu vực nông thôn ra thành thị và từ miền Bắc, miền Trung vào miền Nam (nơi có nhiều KCN). Năm 2006, có đến 70% lao động trong các KCN là lao động nhập cư và 60% là lao động nữ. Chính vì vậy nhu cầu về nhà ở của người lao động rất lớn. Trong khi đó, hầu hết KCN đều chưa chú ý đến vấn đề nhà ở cho người lao động. Tại các KCN mới có khoảng 30% số lao động có chỗ ở ổn định, còn lại phải tự thu
xếp, thuê nhà trọ rải rác trong các khu dân cư xung quanh KCN với điều kiện sống tạm bợ, khó khăn.
- Quyền lợi của người lao động chưa được tôn trọng và bảo đảm: Nhìn chung, còn nhiều doanh nghiệp chưa tuân thủ nghiêm túc các quy định của pháp luật về lao động, không đảm bảo quyền lợi của người lao động. Điển hình như vi phạm thời gian ký kết hợp đồng, vi phạm về thẩm quyền và nội dung hợp đồng, cố tình không đóng hoặc chậm đóng bảo hiểm xã hội của người lao động. Công tác an toàn vệ sinh môi trường và phòng chống cháy nổ trong doanh nghiệp chưa được quan tâm và chú ý đúng mức.
- Các vấn đề xã hội khác: Dịch vụ y tế, chăm sóc sức khỏe và ăn uống của công nhân cũng chưa được doanh nghiệp quan tâm chu đáo. Điều kiện sinh hoạt, môi trường sống không đảm bảo, thiếu các hoạt động sinh hoạt văn hóa, tinh thần là nguyên nhân phát sinh nhiều tệ nạn xã hội như trộm cắp, trấn lột, đánh lộn, mại dâm, nghiện hút…
Bên cạnh những một số tác động về mặt xã hội, KCN khi được xây dựng và đi vào hoạt động đã bộc lộ những thách thức không nhỏ đối với môi trường. Nguồn thải từ KCN mặc dù tập trung nhưng lượng thải rất lớn, trong khi đó công tác quản lý cũng như xử lý chất thải KCN còn nhiều hạn chế, do đó phạm vi ảnh hưởng tiêu cực của nguồn thải từ KCN là rất lớn. Quá trình đẩy nhanh sự nghiệp công nghiệp hóa, hiện đại hóa, phát triển các KCN, ô nhiễm môi trường sẽ ngày càng trầm trọng nếu không được kiểm soát một cách chặt chẽ. Bảo vệ môi trường ở các KCN vừa là điều kiện vừa là mục tiêu phát triển sản xuất, kinh doanh, nâng cao hiệu quả kinh tế và khả năng cạnh tranh. Bởi vậy, bảo vệ môi trường và giảm thiểu các tác động tiêu cực về mặt xã hội là điều kiện tiên quyết bảo đảm cho sự thắng lợi của công cuộc công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước (Bộ Kế hoạch và Đầu tư, 2014).