Đa hình giữa hai giống lúa có thể được phát hiện bằng chiều dài khác nhau của các đoạn lặp lại được khuyếch đại bởi phản ứng PCR khi sử dụng cùng một cặp mồi SSR. Việc nhận dạng đa hình ADN giữa các giống cho gen và nhận gen với chỉ thị liên kết chặt là điều kiện tiên quyết để có thể sử dụng chỉ thị phân tử nhằm phát hiện sự có mặt của gen kháng trong các cá thể con lai.
Để lựa chọn gen đích (Saltol) chúng tôi tiến hành khảo sát một nhóm chỉ thị nằm ở vị trí của gen và về hai phía của gen Saltol trên nhiễm sắc thể số 1. Vị trí xác định của các chỉ thị trên nhiễm sắc thể số 1 được thể hiện trên hình.
Hình 5. Các chỉ thị liên kết gen Saltol trên nhiễm sắc thể số 1(IRRI, 2012) [24] Giống FL478 có mang gen chịu mặn Saltol. Nhằm mục đích tìm kiếm chỉ thị có thể sử dụng để phát hiện gen chịu mặn trong các cá thể con lai chúng tôi tiến hành phản ứng PCR với ADN của các giống lúa FL478 và AS996. Tổng số 500 chỉ thị SSR trên 12 NST của lúa đã được sàng lọc để xác định các chỉ thị cho đa hình giữa các cây bố mẹ cho và nhận gen kháng. Trong số đó, có 52 chỉ thị nằm ở vùng gen Saltol đã được phân tích. Kết quả có 63 chỉ thị cho băng đa hình giữa giống
39
FL478 và AS996 (phụ lục 1). Kết quả này cho thấy tần số cho đa hình của các chỉ thị SSR đã phân tích với 2 giống AS996/FL478 là khá thấp (12,6%). Tất cả các chỉ thị này đã được sử dụng để phân tích sàng lọc các cá thể con lai ở những thế hệ BC1F1, BC2F1 và BC3F1.
Hình 6 cho thấy, hai giống FL478 và AS996 (giếng thứ tư và thứ sáu ở mỗi phần gel đối với từng chỉ thị) cho đa hình với các chỉ thị SO7053, G11, AP3206, S12055.
Hình 3.4 đánh giá đa hình các giống bố mẹ trên gel polyacrylamide cho thấy hai giống FL478 và AS996 cho đa hình với các chỉ thị RM18 và RM152.
Hình 6. Đánh giá đa hình các giống bố mẹ trên gel polyacrylamide 6% Thứ tự giếng theo chỉ thị: 1.Q5; 2.Q5; 3.OM5472; 4.FL478; 5.IR64SUB1;
6.AS996; 7.KDDB; 8.BT
Chỉ thị: 1-8 SO7053; 9-16 G11; 17-24 AP3206; 25-32 S12055; 34-41 RM228; M: 42 25bp ladder
Hình 7. Đánh giá đa hình các giống bố mẹ trên gel polyacrylamide 4.5% Thứ tự giếng theo chỉ thị:1.Q5; 2.Q5; 3.OM5472; 4. IR64SUB1; 5. FL478; 6.KDDB; 7.AS996; Chỉ thị: RM18; RM118; RM152; RM223; RM284
1 4 8 12 16 17 20 24 28 32 34 38 41
40
Hình 8. Bản đồ di truyền các chỉ thị SSR được sử dụng cho phân tích các cá thể quần thể AS996/FL478
41