Sự thay đổi độ chua và năng lực đệm: trong giai đoạn lên men chính có sự thay đổi lớn về độ chua định phân. Sở dĩ có sự tăng đó là do sự tạo thành CO2 và một số các axit hữu cơ trong quá trình lên men.
Tuy nhiên sự giảm mạnh về pH (từ trên 5,5 giảm xuống còn dưới 4,5) không thể giải thích bằng sự tạo thành các axit hữu cơ vì chúng được sinh ra với hàm lượng ít và khả năng phân li yếu. Hiện tượng này chỉ giải thích bằng sự phá vỡ hệ thống đệm trong dung dịch đường. Khả năng đệm của dịch đường được hình thành và ổn định là nhờ các muối photphat bậc 1 và bậc 2 (chúng ổn định pH trong khoảng 5,67-7,07). Trong thời kì lên men, một phần muối photphat bị nấm men hấp thụ, do đó năng lực đệm của hệ thống này giảm đi một cách nhanh chóng. Thay thế vào đó là hệ thống “photphat bậc 1, bicacbonat, axit cacbonic tự do”. Song song với nó, trong bia lon lại được hình thành hệ thống đệm thứ hai “axit hữu cơ, muối của axit hữu cơ”. Cả hai hệ thống này đều tạo ra lực đệm ở khoảng pH từ 4,27-5,67 và trong quá trình lên men khả năng đó khả năng của chúng được gia tăng.
Sự thay đổi thể oxi hóa – khử và cường độ màu: trong giai đoạn lên men chính, thể oxi hóa – khử của hệ thống cũng bị biến dạng đáng kể. Sở dĩ như vậy vì trong quá trình lên men chính hàm lượng oxi chứa trong dịch lên men giảm dần và có sự tạo thành các chất có tính khử.
Cường độ màu của dịch đường trong những ngày lên men cũng bị giảm đáng kể. Nguyên nhân là do các hợp chất polyphenol dễ bị oxi hóa khử và sau đó bị kết lắng.
Sự hòa tan CO2 và tạo bọt: CO2 sinh ra trong quá trình lên men sẽ được hòa tan vào bia. Trong bia non chứa 0.2% CO2. Trong quá trình lên men phụ nó sẽ được bổ sung và bảo đảm cho hàm lượng CO2 có trong bia thành phần không nhỏ hơn 0.3%.
Ở giai đoạn đầu của quá trình lên men, lượng CO2 tạo ra chưa nhiều, lại ở nhiệt độ thấp cho nên chúng hòa tan hết vào dịch lên men. Ở giai đoạn sau của quá trình lượng CO2 tạo ra nhiều hơn và trong dịch lên men đã tạo ra một lượng đáng kể. Cho nên CO2 tạo thành lúc này sẽ thoát ra ngoài dưới dạng những bong bóng nhỏ li ti. Trên bề mặt của những bong bóng này hình thành một lớp có sức căng bề mặt của các chất như protein, polyphenol. Chính do có lớp sức căng bề mặt này mà bong bóng khí CO2
không thể giải thoát mà chúng bị liên kết hấp thụ với nhau để thành bọt.
Sự kết màng của tế bào nấm men: hiện tượng này xảy ra suốt thời kì lên men chính, nhưng đặc biệt nhiều là ở những ngày cuối cùng, khi mà lượng CO2 tạo ra đã ít đi và một phần khá lớn các loại cặn đã kết tủa xuống đáy thùng lên men. Khi kết tủa, các tế bào nấm men sẽ kéo theo sự kết tủa của một số các chất khác nên làm cho bia trở nên trong hơn.