Khi đất nước đi vào giai đoạn phát triển, Nhà nước thúc đẩy quá trình hội nhập giao lưu với bạn bè năm châu thì dòng du khách quốc tế đến Việt Nam cũng từ đó tăng lên. Trong khi đó theo thống kê, có tới 70-80% khách quốc tế đến Việt Nam bằng đường hàng không, vì vậy đã thiết lập mối quan hệ giữa ngành du lịch và hàng không là điều kiện cần thiết để thúc đẩy sự phát triển của hai ngành cũng như sự tăng trưởng và mở rộng của nền kinh tế đất nước.
Lần đầu tiên có một biên bản ghi nhớ sự hợp tác giữa hai ngành du lịch và hàng không là vào ngày 25-2-1999. Thoả thuận đã tạo hành lang quan
trọng cho các doanh nghiệp du lịch và hàng không hợp tác kinh doanh, thúc đẩy tăng trưởng khách trong hơn mười năm qua. Mối gắn bó này được nhấn mạnh hơn với “Thoả thuận hợp tác xúc tiến và quảng bá du lịch giữa Tổng cục Du lịch Việt Nam và Tổng công ty Hàng không Việt Nam” ký vào ngày 28-5-2007. Theo thoả thuận, một nội dung quan trọng đã được thông qua là vấn đề tài trợ của Hàng không Việt Nam đối với các hoạt động du lich quan trọng của Tổng cục Du lịch với mức giá máy bay giảm ít nhất 50% trên cơ sở giá áp dụng cho một năm.
Rất nhiều dự án hợp tác giữa hai bên đã được triển khai tích cực trong giai đoạn từ năm 2007 đến nay như: Chương trình Việt Nam - Vẻ đẹp tiềm ẩn
dưới dạng video clip phát sóng đều đặn trong hai năm 2007 – 2008 trên Đài truyền hình Việt Nam vào giờ vàng; hơn 30 hội chợ du lịch quốc tế tại nước ngoài và 10 hội chợ triển lãm quy mô lớn trong nước; hàng chục đoàn Famtrip quốc tế khảo sát các điểm đến và sản phẩm du lịch mới…Các chương trình phát động thị trường cũng được hai ngành phối hợp tổ chức thành công ngoài mong muốn, điển hình như: chương trình Visit World Campaign, Du lịch Biển tại Pháp, và các chương trình phát động thị trường tại Hàn Quốc, tại Đài Loan, Pháp, các thành phố Osaka, Nagoya,Tokyo của Nhật Bản…
Đặc biệt trong năm 2009, năm suy thoái kinh tế toàn cầu, du lịch Việt Nam đã tìm cách thoát khỏi khủng hoảng bằng chương trình Ấn tượng Việt Nam nhằm kích cầu du lịch nội địa. Sự sát cánh hợp tác của ngành hàng không với hàng loạt chính sách khuyến mãi, giảm giá các tuyến bay nội địa đã góp phần quan trọng cho các doanh nghiệp du lịch thiết kế tour và bán tour giá rẻ. Nhờ đó mà ngành du lịch chặn được đà suy giảm khách quốc tế, đẩy tăng trưởng du lịch nội địa lên tới 20%. Còn ngành hàng không – dù mức tăng trưởng bị giảm so với các năm trước, nhưng mức lãi suất vẫn duy trì được con
Trong khi đó, thái độ chủ động tích cực phối hợp của các doanh nghiệp du lịch với các hãng hàng không trong nước và nước ngoài đang khai thác thị trường Việt Nam cũng đã nâng cao rõ rệt hiệu quả quảng bá du lịch Việt Nam ra ngoài thế giới. Hiệu ứng được nâng cao khi có sự tham gia ngày càng nhiều các hãng hàng không giá rẻ vào Việt Nam mà mở màn là hãng Viva Macau vào năm 2007, khiến thị trường hàng không trở nên sôi động đặc biệt. Từ đó, dẫn đến những cái bắt tay đầy lợi nhuận giữa các hãng hành không nước ngoài với các công ty du lịch Việt Nam làm đại lý, đại diện cho hãng. Sự hợp tác đó không chỉ phát triển mạng lưới bán vé mà còn thúc đẩy mạnh mạng lưới kinh doanh du lịch khắp cả nước và đưa chân rết sang các thị trường du lịch trọng điểm thế giới.
Tuy nhiên, mối quan hệ này cũng gặp nhiều khó khăn mà cơ quản quản lý hai ngành đang phải tìm hướng giải quyết. Sự phối hợp chặt chẽ giữa hai ngành chỉ dễ dàng trong những năm 90, khi đất nước mới mở cửa, cả hàng không lẫn du lịch đang có những bước phát triển đầu tiên. Còn càng về sau này càng thiếu sự nhịp nhàng, ăn ý. Không chỉ thiếu sự nhịp nhàng hài hoà trong vấn đề phối hợp tổ chức các sự kiện xúc tiến chung, ngành du lịch còn vấp phải tình trạng thường xuyên thiếu thông tin về hàng không như lịch trình bay, khả năng cung ứng chỗ, giá vé…
Rất nhiều doanh nghiệp cho rằng họ quá bị động và gặp nhiều khó khăn trong việc đặt vé máy bay cho khách vào mùa cao điểm. Các chương trình khuyến mãi giá vé thì lại buộc phải đặt chỗ sớm trước 6 tháng khiến các công ty du lịch khó gom được khách lẻ. Chưa kể việc hàng không áp dụng hình thức phạt khi đổi tên khách hàng hay ghi vé sai tên cùng yêu cầu các công ty du lịch khẳng định số lượng khách trước 1 tháng không phù hợp với thực tiễn của ngành du lịch. Trong khi đó, nguồn vé giá rẻ dành cho du lịch trên thực tế
ty du lịch nhỏ hầu như không tiếp cận được. Gần đây, việc Bộ Tài chính cho phép hai hãng hàng không trong nước nâng trần giá vé từ 1,5 triệu đồng lên 1,7 triệu đồng đã tác động xấu đến du lịch trong nước, khiến giá tour bị đẩy lên cao. Nhiều doanh nghiệp lữ hành đã phải vất vả đàm phán lại với đối tác nước ngoài về giá cả bởi hầu hết các hợp đồng lớn đều đã ký kết từ trước. Du lịch trong nước sau một thời gian “lấy lòng” được khách hàng trong năm 2009 giờ lại trở nên thiếu hấp dẫn khi những thị trường cùng khu vực như Singapore, Thái Lan vẫn giữ được mức giá tour (trong đó có giá vé máy bay) hợp lý.
Một điểm khá bức xúc nữa là các hãng hàng không nước ngoài tại Việt