Khi Trịnh Kiểm chết, vua Lê Anh Tông trao quyền bính cho Trịnh Cối (con vợ cả của Trịnh Kiểm). Nhưng Trịnh Cối ham mê tửu sắc, ngày càng kiêu ngạo, càn rỡ, các tướng lĩnh không phục.
Tháng 4 năm Canh Ngọ - 1570, các tướng như Lê Cập Đệ, Trịnh Vĩnh Thiệu, Trịnh Bách, Phan Công Tích đem quân theo về với Trịnh Tùng. Trịnh Tùng là con thứ của Trịnh Kiểm với Ngọc Bảo (con gái Nguyễn Kim). Tùng khôi ngô tuấn tú, có tài thao lược, trọng nhân tài nên được tướng sĩ yêu mến.
Trịnh Tùng cùng các tướng sĩ phò giá vua Lê Anh Tông vào thành Vạn Lại, chia quân canh giữ đề phòng Trịnh Cối. Trịnh Cối đích thân đem hơn một vạn quân đến bao vây thành Vạn Lại.
Hai bên đánh nhau giằng co bảy ngày, vua Lê Anh Tông đứng ra hoà giải cũng không được. Cuối cùng Trịnh Cối phải rút quân về Biện Thượng.
Được tin anh em họ Trịnh đánh nhau, tháng 8 năm Canh Ngọ - 1570, vua Mạc sai Mạc Kính Điển đem 10 vạn quân và 700 chiến thuyền vào đánh Thanh Hoá. Trịnh Cối lo sợ, vội đem mẹ, vợ con và các thuộc tướng đến hàng nhà Mạc. Mạc Kính Điển phong cho Cối làm Trung Lương hầu.
Vua Lê Anh Tông phong cho Trịnh Tùng làm Trưởng quân công, Tiết chế thuỷ bộ chủ dinh cầm quân đánh Mạc.
Tháng 12 năm đó, sau 4 tháng tấn công vào Thanh Hoá không thắng được. Mạc Kính Điển phải rút quân về Bắc. Trịnh Cối cùng mẹ và vợ con chạy theo quân Mạc.
Năm Nhâm Thân - 1572, Lê Cập Đệ mưu giết Trịnh Tùng bị lộ, Lê Cập Đệ bị Trịnh Tùng giết chết. Vua Lê Anh Tông sợ hãi đang đêm đem 4 hoàng tử chạy vào thành Nghệ An.
Trịnh Tùng đưa hoàng tử thứ 5 của vua Lê là Duy Đàm lên làm vua, hiệu là Lê Thế Tông.
Sau hơn mười năm liên tục mở các cuộc tấn công ra Bắc, cuối cùng Trịnh Tùng đã đánh bại được nhà Mạc. Khôi phục được cố đô Thăng Long vào năm 1592.
Năm Ất Mùi - 1595, Trịnh Tùng đón vua vào Thăng Long và bắt đầu tổ chức bộ máy cai trị theo quy mô của bậc đế vương. Trịnh Tùng sai sứ sang nhà Minh xin sắc phong cho vua Lê là An Nam thống sứ, và buộc vua Lê phong cho mình làm Đô nguyên suý Tổng quân quốc chính thượng phụ, tước Bình An vương.
Trịnh Tùng cho lập phủ liêu riêng gồm đủ cả lục phiên tương đương với lục bộ của triều vua. Phủ chúa toàn quyền đặt quan chức, thu thuế, bắt lính... Vua chỉ có mặt trong những dịp long trọng đặc biệt như tiếp sứ Tàu mà thôi. Từ đấy bắt đầu thời kỳ "vua Lê - chúa Trịnh". Con chúa Trịnh được quyền thế tập gọi là Thế tử. Trước sự hống hách lộng quyền của chúa Trịnh, vua Lê Kính Tông đã cùng với con Trịnh Tùng là Trịnh Xuân mưu giết Trịnh Tùng. Việc bại lộ, Trịnh Tùng bức vua thắt cổ chết, lúc đó mới 32 tuổi. Tùng đưa thái tử Duy Kỳ lên ngôi vua là Lê Thần Tông.
Ngày 20 tháng 6 năm Quý Hợi - 1623, Trịnh Tùng mất, cầm quyền 53 năm, thọ 74 tuổi.