Căn cứ vào mục tiêu chung của quan trắc, đánh giá chất lượng môi trường có thể chia làm hai dạng chính như sau:
− Đánh giá các thành phần vốn có trong tự nhiên (chưa bị tác động bởi các hoạt động sống của con người). Đây là công việc khó thực hiện bởi khả năng phân tích và kỹ thuật phân tích khó có thể xác định được hàng chục nghìn thông số môi trường. Việc đánh giá này sẽ giúp ích cho việc xác định các “giá trị nền” của các thông số môi trường và phân biệt giới hạn “sạch - nhiễm bẩn - ô nhiễm”.
− Đánh giá mức độ ảnh hưởng tới môi trường điểm tiếp nhận chất thải từ các hoạt động sống của con người. Ở loại đánh giá này thường được chia nhỏ theo các mục đích đánh giá, so sánh với loại đánh giá trên đây là công việc dễ thực hiện hơn. Tuy nhiên điểm quan trọng trong loại đánh giá này là xác định được đúng đặc trưng và tính chất nguồn thải từ đó mới có thể chọn lựa được vị trí lấy mẫu và thông số đánh giá phù hợp nhất.
Đối với những quan trắc nhằm mục tiêu xác định vấn đề như xác định nguồn ô nhiễm, xác định sự cố, xác định sự có mặt hay vắng mặt của một thành phần môi trường số lượng mẫu lấy thường ít, mẫu không cần lấy theo chu kỳ lặp đi lặp lại, vị trí lấy mẫu đảm bảo tính đại diện cho mục tiêu nghiên cứu. Đối với những quan trắc nhằm mục tiêu xác định xu hướng biến động phải lấy mẫu theo thời gian và không gian, số lượng mẫu lấy lớn và một số quan trắc phải thực hiện lặp đi lặp lại, vị trí lấy mẫu phải đại diện cho biến động các yếu tố trong môi trường.