Sau khi Luật thuế GTGT có hiệu lực công ty đã nghiên cứu và áp dụng. Do những ưu điểm của thuế GTGT mà công tác kế toán thuế nói chung, kế toán thuế GTGT nói riêng đơn giản, rõ ràng và khoa học hơn. Nhưng do sự vận động không ngừng của thực tiễn trong khi chế độ, chính sách lại áp dụng trong một thời gian nên công tác kế toán có lúc gặp khó khăn, còn có những tồn tại, hạn chế. Kế toán thuế không nằm ngoài quy luật đó. Đặc biệt, thuế GTGT là một luật thuế mới đang trong thời kỳ tìm tòi để tìm ra cách quản lý tối ưu nhất. Vì vậy, kế toán thuế GTGT tại công ty không tránh khỏi được những hạn chế.
Trong thời gian qua hàng loạt các nghị định, thông tư liên tục được ban hành để hướng dẫn thực hiện thuế GTGT. Có thể nói đây là sắc thuế được quan tâm nhiều nhất hiện nay không chỉ vì nó mới mà còn là loại thuế mang lại nguồn thu đáng kể cho NSNN. Với tầm quan trọng đó những hạn chế của kế toán thuế GTGT tại công ty bắt nguồn từ vấn đề này.
Một là, phòng kế toán tại công ty chưa có một kế toán chuyên trách về kế toán thuế GTGT. Số liệu về thuế GTGT cập nhật vào máy không phải chỉ do một người mà do toàn bộ kế toán trong phong cập nhật khi họ nhận được chứng từ có liên quan đến phần hành kế toán của mình về thuế GTGT. Người phụ trách về kế toán thuế GTGT sẽ được tiến hành tổng hợp số liệu vào cuối kỳ. Với cách tiến hành công việc như vậy việc cập nhật sẽ không bị trùng lặp, hoá đơn chứng từ liên quan đến thuế GTGT được cập nhật một lần.
Bên cạnh đó không phải tất cả kế toán viên đều am hiểu sâu về phần hành kế toán này nên việc sai sót là khó tránh khỏi. Việc thực hiện công việc kế toán không
phải là đơn giản trong khi đã có phần mềm hỗ trợ. Công việc này không chỉ đòi hỏi người kế toán phải nắm vững hướng dẫn về kế toán thuế GTGT mà còn phải hiểu sau về Luật thuế GTGT, bởi vì có những nghiệp vụ nếu chỉ căn cứ vào hướng dẫn về kế toán thuế GTGT thì chưa thể xử lý được.
Mặt khác, do nhiều người cùng tiến hành nên xảy ra nhiều sai sót ngay trong việc kiểm tra chứng từ ban đầu, sử lý số liệu cập nhật rất khó phát hiện do bộ phận nào. Mà việc sai sót còn tồn tại là khó tránh khỏi như trên đã nói. Khi sai sót xảy ra việc tìm nguyên nhân sẽ khó khan nên việc khắc phục không dễ dàng. Từ đó ảnh hưởng đến tính chính xác của số liệu kế toán.
Hai là, có những nghiệp vụ kinh tế phát sinh được ghi nhận chưa phù hợp với tính đúng kỳ. Ví dụ trong việc ghi nhận số thuế GTGT đã nộp. Vì công ty luôn thực hiện đầy đủ nghĩa vụ nộp thuế nói chung, thuế GTGT nói riêng nên các tháng thuế GTGT đều được nộp đầy đủ. Kế toán do đó đã hạch toán thuế đã nộp kỳ nào là số thuế phát sinh phải nộp trong kỳ đó. Vì vậy mà số thuế GTGT còn phải nộp đầu kỳ và số thuế GTGT còn phải nộp cuối kỳ đều bằng 0.
Ba là, do thông tư hướng dẫn thuế GTGT thay đổi liên tục và phần mễm hỗ trợ kê khai liên tục cập nhật phiên bản mới nên kế toán chưa cập nhật kịp thời, do vậy có nhiều mẫu biểu vẫn chưa đúng với chế độ.
Nhìn chung, tổ chức công tác kế toán tại công ty là tương đối khoa học, hợp lý và có hiệu quả. Do nguyên nhân khách quan cũng như chủ quan mà công tác kế toán nói chung, kế toán thuế GTGT nói riêng còn tồn tại hạn chế. Mặc dù những hạn chế này là không lớn, ảnh hưởng nghiêm trọng nhưng nếu khắc phục sẽ góp phần hoàn thiện công tác kế toán nói chung và công tác kế toán thuế GTGT nói riêng.