Theo Phạm Ngọc Thạch (1996) [14] tiêu chảy là một hiện tượng bệnh lý có liên quan đến nhiều yếu tố, có yếu tố là nguyên nhân nguyên phát, có yếu tố là nguyên nhân thứ phát. Vì vậy việc phân biệt rạch ròi nguyên nhân gây tiêu chảy là rất khó khăn.
Trong hội chứng tiêu chảy, bên cạnh những tác động bất lợi của điều kiện ngoại cảnh, của ký sinh trùng, sự không phù hợp của khẩu phần ăn thì vai trò của các vi khuẩn, virus gây bệnh đường ruột cũng là yếu tố đóng vai trò rất quan trọng trong sự hình thành bệnh.
* Do môi trường ngoại cảnh:
Môi trường ngoại cảnh là một trong 3 yếu tố gây bệnh dịch, mối quan hệ giữa cơ thể - Mầm bênh – Môi trường là nguyên nhân của sự không ổn định sức khỏe, đưa đến phát sinh bệnh (Nguyễn Như Thanh, 2001) [16].
Môi trường ngoại cảnh gồm các yếu tố: Nhiệt độ, ẩm độ, các điều kiện về chăm sóc nuôi dưỡng, vệ sinh chuồng trại, sự di chuyển, thức ăn, nước uống...
Khi gặp điều kiện ngoại cảnh không thuận lợi, thay đổi đột ngột về thức ăn, vitamin, protein, thời tiết, vận chuyển... làm giảm sức đề kháng của con vật, vi khuẩn thường trực sẽ tăng độ độc và gây bệnh (Bùi Quý Huy, 2003) [5].
* Nguyên nhân do vi sinh vật:
Vi sinh vật bao gồm các loại virus, vi khuẩn, nấm mốc... chúng vừa là nguyên nhân nguyên phát, cũng vừa là nguyên nhân thứ phát gây tiêu chảy.
- Tiêu chảy do vi khuẩn:
Theo Radostits O. M et al (1994) [27] rối lọa tiêu hóa dẫn đến tiêu chảy ở động vật do các vi sinh vật gây ra thường có các đặc trưng về biểu hiện bệnh lý riêng của từng loài. E. coli gây bệnh cho gia súc non trong giai đoạn bú sữa, thường là tăng tiết nước ở ruột non, đối với giai đoạn sau cai sữa thường gây chứng viêm ruột thanh dịch hay xuất huyết. Bệnh lý do
Salmonella spp thường gây rối loạn tiêu hóa và tiêu chảy, viêm hồi, manh và kết tràng có màng giả khi ở thể cấp tính và mãn tính. Cl. perfringens gây bệnh lý chủ yếu là viêm ruột cấp tính và kèm theo xuất huyết.
Theo Lê Văn Tạo (1997) [12] cho biết họ vi khuẩn đường ruột gồm những vi khuẩn cộng sinh thường trực trong đường ruột. Những vi khuẩn này muốn từ vi khuẩn cộng sinh trở thành gây bệnh phải có 3 điều kiện:
+ Trên cơ thể vật chủ có cấu trúc giúp cho vi khuẩn thực hiện được chức năng bám dính.
+ Vi khuẩn phải có khả năng sản sinh các yếu tố gây bệnh, đặc biệt là sản sinh độc tố, trong đó quan trọng nhất là độc tố đường ruột Enterotoxin
+ Khả năng xâm nhập vào lớp tế bào biểu mô của niêm mạc ruột, từ đó phát triển nhân lên.
* Nguyên nhân do virus:
Nhiều virus gây bệnh đường tiêu hóa làm tổn thương các niêm mạc ruột, phá hủy quá trình hấp thu và điều tiết dịch dẫn đến tiêu chảy nặng như:
Coronavirus 1, Coronavirus 2, Rotavirus... Bệnh lý xuất hiện chủ yếu là viêm ruột, viêm kết tràng, manh tràng, tiêu chảy cấp hoặc mãn tính, phân lỏng màu vàng, đôi khi lẫn máu, tỷ lệ mắc bệnh và chết trong đàn cao (Radostits, 1994) [27].
Theo Phạm Ngọc Thạch (1996) [14] virus cũng là tác nhân gây bệnh tiêu chảy ở gia súc. Sự xuất hiện của virus cũng làm tổn thương niêm mạc ruột, làm suy giảm sức đề kháng của cơ thể và thường gây tiêu chảy cấp tính với tỷ lệ chết cao.
* Nguyên nhân do nấm:
Trong tự nhiên, các nhà khoa học đã tìm ra khoảng 240 loài nấm mốc có khả năng sản sinh độc tố, trong đó có trên 20 loài có khả năng gây bệnh có tính chất ngiêm trọng cho người và vật nuôi (Dakashinarmuthy A. and Shukla B. D., 1991) [23]
Thức ăn khi ché biến hoặc bảo quản không đúng kỹ thuật dễ bị nấm mốc. Một số loài như Aspergillus, Penicillium, Fusarium ... có khả năng sản sinh nhiều loại độc tố, nhưng quan trọng nhất là nhóm độc tố Aflatoxin (Aflatoxin B1, B2, G1, G2, M1)
* Nguyên nhân di ký sinh trùng:
Ký sinh trùng đương tiêu hóa cũng là một nguyên nhân gây hội chứng tiêu chảy ở gia súc. Chúng cướp chất dinh dưỡng của vật chủ, tiết độc tố đầu độc hệ thần kinh... qua đó làm cho sức đề kháng của vật chủ bị giảm sút nên dễ mắc các bệnh khác. Ngoài ra ký sinh trùng trong các cơ quan nội tạng khác như sán lá gan, sán lá tuyến tụy, ký sinh trùng đường máu... cũng có tác dụng xấu đến sức đề kháng và khả năng tiêu hóa của gia súc gây ra hiện tượng tiêu chảy.
Theo Phạm Văn Khuê và cs (1996) [6] chính phương thức sống ký sinh trong đường tiêu hóa của các loài giun sán đã làm tổn thương niêm mạc ruột, nhờ đó các loại mầm bệnh có thể xâm nhập dễ dàng, gây viêm ruột,
gây rối loạn tiêu hóa hấp thu, kích thích nhu động ruột, gây tiêu chảy và hiện tượng nhiễm trùng.
Đặc điểm chủ yếu của tiêu chảy do ký sinh trùng là con vật mắc bệnh bị tiêu chảy nhưng không liên tục, có sự xen kẽ giữa tiêu chảy và phân bình thường, cơ thể thiếu máu, da nhợt nhạt, gi súc kém ăn, thể trạng sa sút.
Như vậy ta có thể thấy rằng có rất nhiều nguyên nhân gây tiêu chảy, nhưng dù là nguyên nhân nào gây tiêu chảy thì cuối cùng là quá trình nhiễm khuẩn, vi khuẩn kế phát làm viêm ruột, tiêu chảy nặng thêm, có thể dẫn đến chết hoặc viêm ruột tiêu chảy mãn tính.