Nguyên nhân của ỉa chảy rất phức tạp, ñã có rất nhiều tác giả dày công nghiên cứu nguyên nhân của hội chứng tiêu chảy. Tuy nhiên tiêu chảy là một hiện tượng bệnh lý, có liên quan ñến rất nhiều yếu tố, có yếu tố là nguyên nhân tiên phát, có yếu tố là nguyên nhân thứ phát. Vì vậy, việc xác ñịnh ñâu
là nguyên nhân gây tiêu chảy chỉ mang tính chất tương ñối. Song dù bất cứ
nguyên nhân nào gây tiêu chảy cũng dẫn ñến hậu quả là gây viêm nhiễm, tổn thương thực thểñường tiêu hoá, và cuối cùng là một quá trình nhiễm trùng.
Theo Trịnh Văn Thịnh (1964) [21], Vũ Văn Ngữ (1979) [14], do một tác nhân nào ñó, trạng thái cân bằng của khu hệ vi sinh vật ñường ruột bị phá vỡ, tất cả hoặc chỉ một loài nào ñó sinh sản lên quá nhiều sẽ gây ra hiện tượng loạn khuẩn. Nguyễn Vĩnh Phước và cs (1970) [15] cho biết: khi sức ñề kháng của cơ thể giảm sút, vi khuẩn gây thối là nguồn gây bệnh ñường ruột.
Các nguyên nhân chủ yếu dẫn ñến tiêu chảy ở chó bao gồm nguyên nhân do vi khuẩn, nguyên nhân do virus, do ký sinh trùng hay ñơn giản do thời tiết khí hậu, chếñộ chăm sóc nuôi dưỡng. Chiocco D và cs (1990) [26],
ðoàn Băng Tâm (1987) [17], cho biết: mầm bệnh trong tự nhiên xâm nhập vào cơ thểñộng vật chủ yếu thông qua thức ăn, nước uống bị nhiễm khuẩn.
Các loài virus thường gây tiêu chảy cho chó là Parvovirus, Carre virus. Hai loại virus này gây tiêu chảy cấp tính, phân nhiều nước, chó sốt cao, nhanh chết.
Theo ðỗ Hiệp (1994) [8] các loại ký sinh trùng ñường ruột gây tổn thương niêm mạc ruột cũng là một nguyên nhân dẫn ñến tiêu chảy.
Những con chó ñã ñược tiêm vaccine phòng bệnh do virus hay ñựợc
ñịnh kỳ tẩy ký sinh trùng thì khi bị tiêu chảy có thể kết luận chó bị viêm ruột tiêu chảy do vi khuẩn.