Theo sự chỉ đạo của Trung ương Đảng vă chớnh phủ, sau thời gian tớch cực chuẩn bị từ năm 1992 đến năm 1997 đề õn khu thương mại Lao Bảo do Bộ Thương mại vă UBND tỉnh Quảng Trị phối hợp xđy dựng đờ được hoăn thănh, ngăy 12/11/1998 Thủ tướng Chớnh phủ đờ ra Quyết định số 219/1998/QĐ-TTg ban hănh quy chế khu vực khuyến khớch phõt triển kinh tế vă thương mại Lao Bảo Quảng Trị (gọi tắt lă khu thương mại Lao Bảo).
Sau thời gian 6 năm thực hiện, để tiếp tục thõo gỡ một số khú khăn, vướng mắc về cơ chế, chớnh sõch vă khai thõc tối đa hệ thống cõc cụng trỡnh kết cấu hạ tầng, tạo thuận lợi hơn cho việc xđy dựng vă phõt triển khu thương mại Lao Bảo, ngăy 12/01/2005 Thủ tướng Chớnh phủ đờ ra Quyết định số 11/2005/QĐ-TTg ban hănh quy chế khu kinh tế - thương mại đặc biệt Lao Bảo lă mụ hỡnh kinh tế mới cú tớnh chất đặc thự lần đầu tiớn được thực hiện ở nước ta. Trớn cơ sở đú, cõc bộ ngănh Trung ương đờ xđy dựng hệ thống chớnh sõch vă uỷ quyền cho tỉnh Quảng Trị thực hiện.
UBND tỉnh Quảng Trị đờ cú Quyết định số 2463/QĐ-UBND ngăy 10/10/2005 uỷ quyền vă giao cho Ban Quản Lý khu kinh tế - thương mại đặc biệt Lao Bảo thực hiện cõc cụng việc thuộc thẩm quyền của UBND tỉnh Quảng Trị như: Chấp thuận chủ trương đầu tư đối với cõc dự õn đầu tư sản xuất kinh doanh văo cõc khu vực trong khu kinh tế - thương mại, cấp, thu hồi, điều chỉnh giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh cho cõc doanh nghiệp đăng ký kinh doanh, cấp phĩp thănh lập văn phũng đại diện của thương nhđn nước ngoăi, cấp giấy phĩp xđy dựng, chứng chỉ quy hoạch cho cõc cụng trỡnh xđy dựng trong cõc khu vực quy hoạch tập trung của khu kinh tế - thương mại đặc biệt Lao Bảo, cấp giấy phĩp cho người lao động nước ngoăi, tiếp nhận đăng ký nội quy lao động, tiếp nhận thoả ước lao động tập thể.
Quyết định số 2462/2005/QĐ-UBND ngăy 10/10/2005 của UBND tỉnh Quảng Trị ban hănh danh mục hăng hõ được miễn lăm thủ tục hải quan khi văo nội địa Việt Nam (qua cổng B) vă ban hănh danh mục hăng nụng sản vă hăng hõ sản xuất tại khu kinh tế - thương mại đặc biệt Lao Bảo được miễn lăm thủ tục hải quan khi nhập văo nội địa (cổng B).
Trớn cơ sở cõc văn bản quy định đú cú thể nớu ra những chớnh sõch ưu đời cơ bản hiện đang được õp dụng cú hiệu quả tại khu kinh tế - thương mại đặc biệt Lao Bảo như sau:
- Hăng hõ, dịch vụ sản xuất tiớu thụ trong khu kinh tế - thương mại đặc biệt Lao Bảo vă hăng hõ dịch vụ nhập khẩu từ nước ngoăi văo khu kinh tế - thương mại đặc biệt Lao
Bảo khụng phải chịu thuế giõ trị gia tăng. Hăng hõ dịch vụ từ nội địa Việt Nam đưa văo khu kinh tế - thương mại đặc biệt Lao Bảo hưởng thuế suất giõ trị gia tăng lă 0 %.
- Hăng hõ, dịch vụ sản xuất tiớu thụ trong khu kinh tế - thương mại đặc biệt Lao Bảo vă hăng hõ, dịch vụ nhập khẩu từ nội địa vă từ ngoăi văo khu kinh tế - thương mại đặc biệt Lao Bảo khụng phải chịu thuế tiớu thụ đặc biệt.
- Hăng hõ từ nội địa Việt Nam vă hăng hõ từ nước ngoăi nhập khẩu văo khu kinh tế - thương mại đặc biệt Lao Bảo được miễn thuế nhập khẩu. Hăng hõ sản xuất tại khu kinh tế - thương mại đặc biệt Lao Bảo khi xuất khẩu được miễn thuế xuất khẩu.
- Hăng hõ sản xuất, gia cụng tõi chế, lắp rõp tại khu kinh tế - thương mại đặc biệt Lao Bảo cú sử dụng nguyớn liệu, linh kiện nhập khẩu từ nước ngoăi khi nhập khẩu văo nội địa Việt Nam chỉ phải nộp thuế nhập khẩu đối với phần nguyớn liệu, linh kiện nhập khẩu cấu thănh trong sản phẩm hăng hõ đú.
- Hăng hõ từ khu kinh tế - thương mại đặc biệt Lao Bảo nhập văo nội địa Việt Nam cú xuất xứ sản xuất tại Lăo được giảm 50% thuế nhập khẩu.
- Dự õn đầu tư văo khu kinh tế - thương mại đặc biệt Lao Bảo được miễn tiền thuớ đất trong 11 năm đầu vă được hưởng mức giõ thuớ đất bằng 30% giõ thuớ đất õp dụng cho cõc huyện miền nỳi tỉnh Quảng Trị từ năm thứ 12 trở đi.
- Dự õn đầu tư văo khu kinh tế - thương mại đặc biệt Lao Bảo được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong thời gian 04 năm kể từ khi cú thu nhập chịu thuế; được giảm 50% số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp trong 9 năm kế tiếp vă được õp dụng thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp 10% cho những năm tiếp theo. Người lăm việc tại đđy lă đối tượng chịu thuế thu nhập cõ nhđn theo quy định của phõp luật được giảm 50% số thuế phải nộp.
- Nhă nước đầu tư xđy dựng cõc cụng trỡnh kết cấu hạ tầng phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh đến tận tường răo của nhă mõy.
- Người nước ngoăi văo khu kinh tế - thương mại đặc biệt Lao Bảo để tỡm hiểu thị trường vă chuẩn bị tham gia hoạt động đầu tư kinh doanh được miễn thị thực xuất, nhập cảnh.
- Phương tiện giao thụng cơ giới đường bộ của tổ chức cõ nhđn hoạt động đầu tư, kinh doanh cú trụ sở đăng ký chớnh thức tại khu kinh tế - thương mại đặc biệt Lao Bảo được đăng ký biển số riớng của khu kinh tế - thương mại đặc biệt Lao Bảo.