Trong quá trình phát triển của mình những khó khăn và thách thức thị trường TPDN Việt Nam gặp phải sẽ không ít:
Thị trường trái phiếu Việt Nam còn non trẻ, hàng hóa chủ yếu trên thị trường này là TPCP, khung pháp lý cho việc hình thành thị trường chuyên buôn bán loại tài sản này cũng chưa đầy đủ, rõ ràng. Một thực tế thường hay xảy ra ở nước ta là tình trạng: “Mất bò mới lo làm chuồng”. Cụ thể, việc ban hành các chính sách, hướng dẫn còn chậm và thiếu đồng bộ không theo kịp sự phát triển của nền kinh tế. Tầm nhìn chiến lược của các cơ quan làm luật còn hạn chế, dẫn đến lúng túng chưa thể đối phó kịp thời với những biến động bất thường của nền kinh tế. Dẫn đến tình trạng khi thị trường tài chính đã bị ảnh hưởng rồi mới đề ra những giải pháp khắc phục. Việc ban hành luật còn nhiều bất cập, chưa đồng bộ. Cụ thể, luật chứng khoán được ban hành ngày 01/01/2007 nhưng sau ngày có hiệu lực thì DN phải chờ thông tư nghị định hướng dẫn thi hành thì DN mới thực hiện việc phát hành và giao dịch theo luật này. Do đó, DN thường lúng túng khi quyết định hình thức tài trợ vốn trung và dài hạn, phía NĐT thì lo lắng về quyền lợi của mình khi đầu tư vào trái phiếu.
Sự phát triển mạnh của thị trường tài chính sẽ kéo theo hệ thống Ngân hàng ngày càng phát triển. Một thực tế là hiện nay hệ thống NHTM vẫn chủ yếu kinh doanh trên thị trường vốn tín dụng truyền thống và đó cũng là kênh cung ứng vốn chủ yếu cho nền kinh tế. Do đó, các DN thường không mặn mà với kênh huy động vốn bằng phát hành trái phiếu. Điều này làm nguồn cung trái phiếu bị hạn chế, ảnh hưởng đến sự phát triển thị trường TPDN.
Việc cụ thể hóa mô hình, chính sách và giải pháp trong chiến lược phát triển TTCK còn chậm. Cơ chế quản lý DN, chế độ kế toán kiểm toán còn nhiều điểm chưa phù hợp thông lệ quốc tế, chưa có quy định chuẩn về công bố thông tin … TTCK Việt Nam còn hạn chế như vậy chắc chắn sẽ là rào cản cho sự phát triển của thị trường TPDN.
Mặc dù, trong thời gian qua, thu nhập của người dân có tăng lên nhưng so với mặt bằng thế giới vẫn còn thấp. Nguồn tiền nhàn rỗi manh múng, nhỏ lẻ nên người dân thường có thói quen tích luỹ bằng cách mua vàng cất giữ hoặc
gửi tiết kiệm. Với họ, khái niệm đầu tư vào TPDN là khá xa lạ. Hạn chế này khiến cho nguồn tiền nhàn rỗi trong dân cư thường chảy vào Ngân hàng là tất yếu, thị trường TPDN khó lôi kéo nhóm đối tượng này.
Tóm lại, để thị trường TPDN trở thành kênh huy động vốn trung và dài hạn cho nền kinh tế, thì cần phải có những biện pháp thích hợp để phát triển thị trường TPDN.