Thứ nhất, các địa phương và chủ đầu tư phát triển kết cấu hạ tầng KCN mới chỉ ưu tiên "lấp đầy" KCN, chưa thực sự chú trọng tới cơ cấu ngành nghề, công nghệ, yếu tố môi trường của các dự án đầu tư.
Tính liên kết ngành của các doanh nghiệp, công nghiệp phụ trợ trong các KCN, KKT còn yếu.
• Chính sách ưu đãi đầu tư chưa đủ sức hấp dẫn.
Tuy các chính sách ưu đãi của ta thường xuyên được rà soát sửa đổi, bổ sung nhưng còn dàn trải, chưa tập trung đúng mức vào những ngành, lĩnh vực và địa bàn cần thu hút đầu tư. Ví dụ: chính sách ưu đãi đối với đầu tư trong lĩnh vực Công nghệ cao, công nghiệp hỗ trợ chưa có sự khác biệt, đủ sức hấp dẫn so với các ngành khác; chính sách ưu đãi vào những địa bàn cần thu hút đầu tư còn dàn trải giữa các địa bàn khác trong cả nước hoặc có khác thì cũng chưa nổi trội, chưa có tính đột phá. Bởi lẽ, trong 63 tỉnh/thành phố thì hầu hết tỉnh/thành phố nào cũng có địa bàn kinh tế xã hội khó khăn và đặc biệt khó khăn.
• Sự phát triển của cơ sở hạ tầng chưa đáp ứng nhu cầu
phát triển nền kinh tế và chưa tạo điều kiện tốt để dòng vốn FDI phát huy hiệu quả
Hệ thống cơ sở hạ tầng của Việt Nam, mặc dù đã được đầu tư nhiều trong những năm gần đây, nhưng nhìn chung vẫn còn yếu kém, chưa đáp ứng được nhu cầu của nhà đầu tư, đặc biệt là hệ thống cấp điện, nước, đường giao thông, cảng biển, hệ thống cơ sở hạ tầng ngoài hàng rào KCN.
• Hạn chế về nguồn nhân lực.
Nguồn nhân lực của Việt Nam dồi dào nhưng tỷ lệ lao động qua đào tạo thấp, nguồn nhân lực có trình độ cao còn thiếu, chưa đáp ứng được nhu cầu về lao động của các doanh nghiệp nói chung, trong đó có doanh nghiệp FDI. Đây là hạn chế đã tồn tại từ nhiều năm trước, nhưng trong thời gian gần đây càng trở nên bức xúc hơn khi thu hút FDI các dự án sử dụng Công nghệ cao, hiện đại. Trong một nghiên cứu mới đây do
Cục Đầu tư nước ngoài phối hợp với UNIDO tiến hành, thì 32% các nhà đầu tư nước ngoài cho rằng thiếu công nhân lành nghề là nguyên nhân quan trọng nhất khiến cho họ không sử dụng hết công suất. Vì vậy, lợi thế về nguồn nhân lực dồi dào với chi phí thấp của Việt Nam đang giảm dần.
• Sự phát triển của các ngành CN hỗ trợ còn hạn chế.
Các ngành công nghiệp hỗ trợ của Việt Nam phát triển chậm, chưa đáp ứng được nhu cầu về nguyên liệu đầu vào cho sản xuất của các doanh nghiệp FDI. Do đó, các doanh nghiệp phải nhập khẩu phần lớn các linh phụ kiện đầu vào, làm tăng chi phí, giảm hiệu quả sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp, chưa đáp ứng được yêu cầu về việc hình thành chuỗi giá trị.
Thứ hai, chương trình xúc tiến đầu tư quốc gia vào KCN, KCX chưa được xây dựng đồng bộ, thống nhất với định hướng thu hút các ngành nghề, lĩnh vực đầu tư ưu tiên gắn với lợi thế so sánh và điều kiện phát triển thực tế của các địa phương. Các chương trình xúc tiến đầu tư do địa phương thực hiện còn mang tính cục bộ, chưa đạt hiệu quả cao, chưa thu hút được các dự án đầu tư có ngành nghề, hàm lượng công nghệ phù hợp với lợi thế phát triển; sự thống nhất, đồng bộ trong các chương trình, kế hoạch xúc tiến đầu tư giữa các cơ quan Trung ương và địa phương còn hạn chế.
Thứ ba, vốn FDI đầu tư vào lĩnh vực kết cấu hạ tầng còn gặp khó khăn, vướng mắc do các quy định của pháp luật liên quan tới công tác đền bù, giải phóng mặt bằng hay thay đổi, chưa phản ánh sát với điều kiện thực tế dẫn đến tình trạng chi phí bồi thường, giá thuê đất tăng cao, làm giảm sức hấp dẫn đầu tư vào các KCN, KKT, giảm tính cạnh tranh
quốc gia của KCN. Hệ thống kết cấu hạ tầng trong và ngoài hàng rào của một số KCN, KCX và hạ tầng KKT còn chưa được đầu tư, xây dựng một cách đồng bộ.
Thứ tư, vấn đề bảo vệ môi trường tuy đã được cải thiện, song vẫn còn một số KCN, doanh nghiệp KCN chưa tuân thủ nghiêm túc pháp luật về môi trường. Nhiều doanh nghiệp vẫn đặt lợi ích kinh tế lên trên trách nhiệm bảo vệ môi trường; công tác phối hợp kiểm tra, giám sát bảo vệ môi trường KCN của các cơ quan Nhà nước chưa thật chặt chẽ; công tác giám sát, kiểm tra, thanh tra của các cơ quan quản lý còn hạn chế, thiếu chế tài xử phạt có tính răn đe.
Các địa phương và nhà đầu tư hiện nay vẫn chưa chú ý đúng mức đến việc đầu tư xây dựng nhà ở và các công trình phúc lợi xã hội khác cho người lao động (cơ sở khám chữa bệnh, nhà trẻ, mẫu giáo, trường học, khu vui chơi giải trí...). Thu nhập, đời sống của người lao động còn chưa ổn định. Mâu thuẫn về lương, phụ cấp thêm giờ, bảo hiểm xã hội, hợp đồng lao động, chăm sóc sức khỏe người lao động còn tồn tại nên số lượng các vụ đình công tại các KCN, KCX vẫn diễn ra. Năng lực của các tổ chức công đoàn cơ sở trong thương lượng tập thể còn hạn chế, do thiếu hiểu biết về luật pháp, thiếu kiến thức và kỹ năng đàm phán.
Thứ năm, việc phân cấp, ủy quyền cho Ban quản lý KCN, KKT trong một số lĩnh vực còn chưa được thực hiện đầy đủ, nhất quán trên cả nước do có sự không thống nhất với các quy định của pháp luật chuyên ngành, chưa được các bộ, ngành hướng dẫn cụ thể hoặc chủ trương phân cấp, ủy quyền chưa được địa phương quán triệt và thực hiện, đặc biệt là lĩnh vực thanh tra, môi trường, lao động. Việc thẩm tra, cấp giấy chứng nhận đầu tư trong một số trường hợp còn thiếu chặt chẽ, chưa
thuật, hạ tầng xã hội... Công tác thanh tra, kiểm tra, giám sát việc triển khai dự án ĐTNN thiếu thường xuyên, chưa thực sự hiệu quả.
Chính sách ưu đãi đối với các KCN hay thay đổi, thiếu ổn định, mức ưu đãi đối với dự án đầu tư vào KCN còn nhiều điểm chưa hợp lý, chưa thực sự hấp dẫn đầu tư một cách lâu dài, ổn định.
Phương thức xúc tiến đầu tư chậm được đổi mới, hoạt động xúc tiến đầu tư từ Trung ương tới địa phương chưa có sự điều phối thống nhất, chặt chẽ, kém hiệu quả. Hình thức xúc tiến đầu tư tại chỗ thông qua việc hỗ trợ cho các dự án đã được cấp giấy chứng nhận đầu tư triển khai một cách thuận lợi, nhưng chưa được chú trọng đúng mức. Môi trường đầu tư của Việt Nam đã bộc lộ một số hạn chế, làm cho tính cạnh tranh môi trường đầu tư Việt Nam giảm so với nhiều nước trong khu vực.
Bên cạnh đó, một số lĩnh vực khác cũng sẽ được tập trung thu hút đầu tư, như khuyến khích đầu tư vào các KCN, khu kinh tế đi liền với dịch vụ phụ trợ; công nghiệp nông nghiệp; chế biến, bảo quản sản phẩm nông nghiệp, gồm cả thủy, hải sản; các lĩnh vực phát triển kết cấu hạ tầng, đặc biệt là hạ tầng giao thông, điện, cảng biển, sân bay cũng như các ngành dịch vụ có giá trị cao, tiềm năng lớn như y tế, giáo dục, đào tạo cũng sẽ được ưu tiên, khuyến khích thu hút đầu tư.
Trên tinh thần đó, tại Chỉ thị 1617/CT-TTg, Thủ tướng Chính phủ đã giao Bộ Kế hoạch và Đầu tư tiến hành đánh giá thực trạng hoạt động FDI trong giai đoạn vừa qua và định hướng cho giai đoạn 2011-2020. Việc xây dựng định hướng FDI giai đoạn 2011-2020 được hình thành trên cơ sở đánh giá khách quan thực trạng thu hút FDI thời gian qua,
đặc biệt là thời kỳ 2001-2010 và phải gắn với định hướng, mục tiêu Chiến lược Phát triển kinh tế - xã hội 2011 – 2020.