của Chính phủ
Ở Việt Nam hiện nay, cơ chế tài chính trong hoạt động KH&CN chưa hoàn thiện và đang là chủ đề của những cuộc tranh luận chưa phân thắng bại giữa các nhà quản lý và các nhà khoa học. Các nhà quản lý đánh giá đầu tư cho KH&CN ở Việt Nam mang lại hiệu quả không cao; còn các nhà khoa học thì khẳng định rằng, cơ chế quản lý tài chính hiện nay đang làm lãng phí thời gian, thậm chí làm phương hại đến lao động sáng tạo của giới khoa học và biến các nhà khoa học thành những người chỉ lo chạy chứng từ. Làm tốn rất nhiều thời gian công sức. Theo điều tra cuối năm 2008, có ý kiến cho rằng nhiều chủ nhiệm đề tài mất đến 60% thời gian cho việc giải trình về đề tài và thanh toán, quyết toán đề tài, lẽ ra số thời gian đó có thể dành cho nghiên cứu khoa học được nhiều hơn.
Trong các cuộc tranh luận, cả hai bên đều khẳng định, đây là vấn đề ai cũng thấy, ai cũng biết, nhưng chưa bên nào đưa ra được lời giải thỏa đáng. Các nhà quản lý cho rằng, cần phải quản lý chặt đồng vốn do Nhà nước bỏ ra; còn các nhà khoa học cho rằng, họ cần có hành lang thỏa đáng để quyết định việc chi tiêu trong hoạt động của mình một cách chủ động. Ví dụ việc mua mẫu vật phẩm thí nghiệm từ nông dân thì không thể có hóa đơn giá trị gia tăng để giải trình cho thuế giá trị gia tăng (VAT) phải kê khai theo đề tài,… Do vậy ở mức độ nào đó cần có
cách tiếp cận có phân biệt đến các đề tài ở các loại hình nghiên cứu khác nhau.
Các địa phương đã thu hút dự án còn ít có chọn lọc, nhất là giai đoạn đầu. Điều này dẫn đến tình trạng đã cấp phép cho khá nhiều dự án FDI không có công nghệ tốt, tiêu tốn nguyên liệu, sức cạnh tranh sản phẩm chưa cao…
Bên cạnh đó, hơn 60% DN FDI hoạt động ở Việt Nam thuộc ngành sản xuất có giá trị gia tăng thấp. Trung bình trên cả nước, chỉ khoảng 5% nhà đầu tư tham gia vào sản xuất công nghệ hiện đại như: Công nghệ thông tin và truyền thông; 5% nhà đầu tư tham gia các dịch vụ khoa học, kỹ thuật và 3,5% tham gia ngành bảo hiểm, tài chính có kỹ năng quản lý hiện đại, lao động trình độ cao. Do đó, hướng đi mới trong thời gian tiếp theo sẽ là chọn lọc các dự án công nghệ hiện đại, thân thiện môi trường, các ngành, các lĩnh vực có lợi thế cạnh tranh.
Tuy nhiên, thực hiện được chiến lược trên không dễ do Việt Nam đang tồn tại 2 nhóm nhà đầu tư nước ngoài. Một là, nhóm nhà đầu tư mang công nghệ tiên tiến đến. Hai là, nhóm nhà đầu tư muốn lợi dụng lao động giá rẻ của Việt Nam, mang theo những công nghệ lạc hậu hay còn gọi là “rác công nghệ”.