Thứ nhất, hành lang pháp lý cho hoạt động TTQT của NHTM còn thiếu. Thực tế,
vẫn chưa có văn bản pháp qui nào điều chỉnh hoặc hướng dẫn thi hành hoạt động TTQT một cách cụ thể tại Việt Nam. Khi tham gia cỏc bờn vận dụng một số văn bản quốc tế như Incoterms 2000, UCP 600, URC 522... làm căn cứ qui định trách nhiệm quyền hạn cỏc bờn liên quan, nhưng thực tế những văn bản trên chỉ là thông lệ quốc tế được áp dụng một cách tùy chọn nếu có tham chiếu đến. Trong khi đó, các quốc gia trên thế giới đều có những luật hoặc văn bản dưới luật qui định cụ thể về các loại hình nghiệp vụ TTQT dựa trên thông lệ quốc tế nhưng có tính đến đặc thù của nước họ.
Thứ hai, Việt Nam chưa có thị thường ngoại hối phát triển, tỷ giá lại không ổn
định và luôn có chiều hướng tăng, cán cân thương mại còn thâm hụt. Hiện nay, Việt Nam chưa có một thị trường hối đoái hoàn chỉnh theo đúng dạng của nó mà mới ở dạng sơ khai là thị trường ngoại tệ liên ngân hàng, mặc dù thị trường này đã thu
được nhiều kết quả đáng khích lệ song lại kém sôi động, nghiệp vụ đơn giản, đối tượng mua bán chủ yếu là USD; do đó có ảnh hưởng lớn đến nguồn ngoại tệ cung cấp cho thanh toán nhập khẩu. Mặt khác, chủ yếu là giao dịch giao ngay, còn giao dịch kỳ hạn là rất ít tạo khó khăn cho việc tính toán hiệu quả kinh doanh và giảm bớt những rủi ro tỷ giá cho các doanh nghiệp khi tham gia TTQT. Ngoài ra hoạt động trên thị trường liên ngân hàng diễn ra một chiều, khi ngoại tệ dư thừa thì ngân hàng nào cũng chào bán, đến khi khan hiếm thỡ cỏc ngân hàng lại chào mua, có ngân hàng dư thừa cũng không bán. Điều này ảnh hưởng đến chất lượng ngoại tệ cung cấp cho thanh toán quốc tế của các ngân hàng khi có biến động tỷ giá hoặc vào thời điểm tập trung nhiều nghĩa vụ thanh toán đối với nước ngoài.
Thứ ba, mức độ cạnh tranh giữa các ngân hàng ngày càng gay gắt. Hiện nay ở
nước ta có khoảng trên 80 ngân hàng thương mại tiến hành cung cấp dịch vụ thanh toán quốc tế, trong đó có những ngân hàng rất có kinh nghiệm chuyên môn, uy tín và tiềm lực trong loại hình dịch vụ nhày như: Ngân hàng Ngoại thương, ngân hàng xuất nhập khẩu,... Thêm vào nữa ngày càng có nhiều ngân hàng nước ngoài với nhiều sản phẩm dịch vụ, công nghệ hiện đại hơn gia nhập vào nước ta; điều đó khiến cho các NHTM Việt Nam nói chung và chi nhánh nói riêng phải đối mặt với nhiều thử thách đòi hỏi sự nỗ lực cố gắng rất lớn của toàn thể ban giám đốc, cán bộ nhân viên của toàn chi nhánh.
Thứ tư, chính sách quản lý vĩ mô của nhà nước và môi trường kinh tế chưa tạo
điều kiện cho hoạt động ngoại thương phát triển. Chính sách mở cửa Nhà nước đã tạo điều kiện thuận lợi cho các đơn vị tham gia hoạt động ngoại thương. Nhưng bên cạnh đú, cỏc chính sách quản lý nhập khẩu như chính sách thuế nhập khẩu, thuế xuất khẩu, VAT, danh sách các mặt hàng cấm hoặc hạn chế xuất nhập khẩu... thay đổi liên tục trong thời gian ngắn và chưa hoàn chỉnh đã ảnh hưởng không nhỏ đến các doanh nghiệp tham gia kinh doanh xuất nhập khẩu và từ đó ảnh hưởng đến dịch vụ TTQT của ngân hàng.
Thứ năm, những hạn chế xuất phát từ phía khách hàng. Bên cạnh những khách
hàng có kiến thức và biết giữ chữ tín với bạn hàng của họ có tinh thần hợp tác, tôn trọng cam kết với ngân hàng phục vụ mình, đáng tiếc còn một số khách hàng có thể
chưa am hiểu về buôn bán ngoại thương không có đủ kiến thức về TTQT, kinh doanh theo thời vụ, bỏ qua thông lệ quốc tế biến ngân hàng thành nơi gánh chịu các trang chấp kể cả tranh chấp thươgn mại (tranh chấp hàng hóa), làm mất uy tín của ngân hàng. Trong việc làm ăn với nước ngoài, các doanh nghiệp Việt Nam nhiều khi ký kết hợp đồng không chặt chẽ dẫn đến doanh nghiệp bị lừa, thua lỗ sẽ liên quan trực tiếp đến chất lượng thanh toán TDCT và việc thu hồi nợ của ngân hàng...