Bên cạnh những ưu điểm trong hệ thống thông tin kế toán, công ty vẫn còn tồn tại một số hạn chế sau:
- Công tác kế toán quản trị tại công ty chưa được chú trọng và chưa có một hệ thống kế toán quản trị riêng biệt. Công tác kế toán chỉ gồm tập hợp, thống kê, báo cáo, chưa đi sâu phân tích đánh giá hiệu quả cụ thể.
- Lượng NVL,CCDC, thành phẩm nhập xuất và số lần nhập, xuất trong kỳ khá nhiều. Bên cạnh đó, tại bộ phận kho, việc quản lý xuất nhập hàng còn mang tính thủ công chưa có phần mềm hỗ trợ. Thủ kho quản lý hàng trên các file excel nên khi xuất, nhập kho dễ gặp sai sót.
- Do phần mềm kế toán MISA2010 chỉ hỗ trợ việc chấm công theo buổi hoặc ngày không phù hợp với việc theo dõi, quản lý, chấm công, tính và thanh toán lương như yêu cầu của công ty nên việc quản lý và tính lương nhân công do phòng tổ chức quản lý và lập bảng thanh toán lương trên các file excel nên khi nhập liệu dễ bị sai sót.
- Công ty sử dụng phương pháp khấu hao TSCĐ chưa tối ưu, xử dụng phương pháp khấu hao TSCĐ theo phương pháp đường thẳng cho mọi TSCĐ
làm chậm thời gian thu hồi vốn, không phản ánh được thực trạng của TSCĐ. - Công tác lập kế hoạch và tiến hành sản xuất, bộ phận sản xuất chưa có
công việc của phòng kinh doanh khá nặng, không phù hợp chuyên môn và làm quy trình luân chuyển chứng từ thêm phức tạp.
- Do chi phí nguyên vật liệu chiếm tỷ trọng lớn nhất trong tổng chi phí nên công ty luôn có thủ tục kiểm soát chặt chẽ quá trình tiêu hao nguyên liệu. Tuy nhiên ở các khoản chi phí sản xuất chung, công ty vẫn chưa có định mức cụ
thể cho từng khoản mục chi phí dễ xảy ra thất thoát làm tăng chi phí sản xuất.