Nguồn vốn là cơ sở đảm bảo cho ngân hàng nói chung và NHCSXH nói riêng có thể hoạt động. Việc thu hút và mức độ đảm bảo nguồn vốn luôn là điều kiện cần thiết quan trọng có tác động trực tiếp tới năng lực hoạt động của NHCSXH. Do tính chất đặc thù về chức năng nhiệm vụ, so với các loại hình ngân hàng khác, nguồn vốn hoạt động của NHCSXH chủ yếu đƣợc hình thành từ nguồn vốn ngân sách nhà nƣớc hoặc thông qua ngân sách nhà nƣớc. Tuy nhiên, để không ngừng nâng cao năng lực tài chính của mình, ngoài nguồn vốn ngân sách vẫn đƣợc xác định là nguồn vốn đang và sẽ tiếp tục đóng vai trò quan trọng đối với hoạt động của NHCSXH, cần tiếp tục bổ sung và hoàn chỉnh chính sách, cơ chế quản lý, đặc biệt là cơ chế huy động nguồn vốn để mở rộng khai huy động thêm các nguồn lực tài chính khác từ các tầng lớp dân cƣ, các tổ chức, cá nhân, các thành phần kinh tế trong và ngoài tỉnh.
Công tác huy động vốn cho hoạt động của NHCSXH cần hƣớng vào tăng cƣờng huy động các nguồn vốn nhƣ là tiền gửi có lãi suất thấp hoặc tiền gửi không lấy lãi của các tổ chức, cá nhân làm từ thiện, tiếp cận với nguồn vốn của
các tổ chức quốc tế, vốn tiền gửi ký quỹ của các nhà đầu tƣ vào tỉnh Hà Giang để có vốn lãi suất thấp bổ sung nguồn vốn cho vay hộ nghèo và các đối tƣợng chính sách.
NHCSXH tỉnh phải phối hợp với các cơ quan ban ngành nhƣ Sở Lao động - Thƣơng binh và Xã hội, Sở Tài chính, Sở Kế hoạch Đầu tƣ để tham mƣu cho UBND tỉnh hàng năm bố trí một phần kinh phí trong dự toán ngân sách địa phƣơng khoảng từ 3-5 tỷ đồng, trình Hội đồng nhân dân tỉnh quyết định. Quỹ này đƣợc sử dụng để cho vay các doanh nghiệp nhỏ và vừa, các cơ sở sản xuất của ngƣời tàn tật…và các đối tƣợng khác theo yêu cầu của UBND tỉnh, trong đó các vấn đề về quy trình cho vay, lãi suất cho vay, xử lý rủi ro…đƣợc thực hiện theo quy định hiện hành của NHCSXH.
Để có bổ sung thêm nguồn vốn cho hoạt động, NHCSXH tỉnh cần tiếp chủ động, tích cực huy động các nguồn vốn khác trên thị trƣờng theo chính sách đƣợc cấp bù lãi suất. Đẩy mạnh việc triển khai cung cấp các hoạt động dịch vụ ngân quỹ, thanh toán, ngân hàng cho khách hàng để huy động thêm nhiều nguồn vốn phục vụ hoạt động cho vay. Thực hiện tốt huy động tiết kiệm dân cƣ đặc biệt là huy động tiết kiệm thông qua tổ vay vốn để tạo nguồn lực thực hiện tốt nhiệm vụ đƣợc Đảng, Nhà nƣớc giao.