• Về cơ sở vật chất và hạ tầng công nghệ thông tin hạn chế.
Việc thiếu thốn về cơ sở vật chất và hạ tầng công nghệ thông tin hạn chế cũng là nguyên nhân ảnh hưởng trực tiếp đến hiệu quả công việc của bộ phận "một cửa" nơi có hàng ngàn hộ kinh doanh cá thể, việc cấp mã số thuế TNCN cũng bị ách tắc do phần mềm kê khai tự động thường xuyên bị nghẽn, mà phần mềm kê khai kế toán thuế, quản lý hộ kinh doanh cá thể cũng chưa ứng dụng được. Để khắc phục, cán bộ thuế phải giải quyết theo cách thủ công. Tuy nhiên việc ghi chép thủ công này sẽ dẫn đến nhiều rủi ro. Việc ách tắc cũng thường xảy ra tại bộ phận "một cửa liên thông".
• Về công tác thực hiện chính sách thuế TNCN
Những khó khăn phải đối mặt khi triển khai Luật Thuế TNCN đối với các cá nhân kinh doanh không phải là nhỏ. Như một đặc điểm mang tính cố hữu, đại bộ phận những cá nhân kinh doanh trên địa bàn tỉnh đều không thực hiện chế độ kế toán hoá đơn chứng từ, mà nếu có thực hiện cũng không đúng quy định, mặc dù thực tế có quy định quyền và nghĩa vụ của cơ quan thuế, NNT và các tổ chức, cá nhân có liên quan, nhưng trên thực tế phát sinh nhiều vấn đề
vượt khỏi tầm kiểm soát của cơ quan thuế, đặc biệt là vấn đề xác định thu nhập, quyền định đoạt tài sản, thu hồi giấy phép kinh doanh trong trường hợp có hành vi vi phạm pháp luật về thuế, các quy định về khiếu nại, tố cáo. Hơn nữa, trong điều kiện thanh toán tiền mặt vẫn là phương thức giao dịch kinh tế chủ yếu, thì việc kiểm soát các khoản thu phát sinh chẳng mấy dễ dàng. Ngoài ra, trên thực tế có bộ phận không nhỏ các hộ kinh doanh không có đăng ký kinh doanh nên căn cứ pháp lý để xác định đối tượng cũng rất khó mà tìm được.
• Công tác thanh tra thuế TNCN
Trên địa bàn tỉnh, công tác thanh tra thuế nói chung và thuế TNCN nói riêng vẫn chưa được thực hiện thường xuyên và hiệu quả còn thấp. Trình độ cán bộ thanh tra còn hạn chế không kịp thời với những hành vi trốn thuế tinh vi như hiện nay.
• Đội ngũ cán bộ nhân viên
Quá trình lãnh đạo vẫn có lúc thiếu những biện pháp sáng tạo, đổi mới, giám sát, kiểm tra việc đôn đốc thực hiện đôi lúc còn thiếu kịp thời, có cán bộ chưa thật sự tận dụng hết quỹ thời gian làm việc, cũng như học tập nâng cao nghiệp vụ chuyên môn; một vài cán bộ, đảng viên chậm có sự chuyển đổi nhận thức về cải cách lề lối làm việc, từ đó làm giảm hiệu quả công tác, chưa ngang tầm với nhiệm vụ công tác thuế hiện nay.