Môi trường nuôi cấy bao gồm:
Môi trƣờng khoáng tối thiểu (MM-Mineral minimal medium) gồm có 870 ml nƣớc khử khoáng đƣợc khử trùng ƣớt ở 121oC trong 20 phút, khi nhiệt độ hạ xuống còn 70oC thêm vào 25 ml dung dịch đệm, 100 ml dung dịch muối khoáng và 5 ml dung dịch vi lƣợng, nuôi cấy vi khuẩn với Butachlor 20 ppm (0,002%). Thành phần của các dung dịch trên đƣợc trích dẫn trong Phụ chƣơng 1.
Môi trƣờng Tryptose Soybean Agar (TSA) gồm 30 g Tryptone Soya Broth (TSB), 15 g Agar pha trong một lít nƣớc khử khoáng để phân lập các dòng vi khuẩn từ các cộng đồng.
Các hóa chất dùng trong thí nghiệm gồm có:
Thuốc Butachlor tinh khiết (99%) của Dr. Ehrenstorfer (Augsburg, Germany).
Chất chuẩn Butachlor của Accustandard làm đƣờng chuẩn phân tích thuốc trên HPLC và xác định peak của Butachlor khi phân tích.
Các loại dung môi có độ tinh khiết cao nhƣ Acetone (99,8%), Toluene (99,9%), trích thuốc BVTV Butachlor từ dung dịch. Acetone (99,8%), đƣợc dùng để pha thuốc Butachlor khi nuôi cấy vi khuẩn của hãng J.T.Baker.
Hóa chất trích DNA vi khuẩn: DNA vi khuẩn đƣợc trích bằng phƣơng pháp CTAB 3% .
Hóa chất thực hiện phản ứng PCR nhận diện vi khuẩn: Sử dụng các hóa chất trong bộ Kit PCR, bao gồm: Hỗn hợp Go Taq Green Master Mix (Promega), mồi xuôi 341F- GC với trình tự mồi là : CGC CCG CCG CGC GC GGC GGG CGG GGC GG GGG CAC GGG GGG C..., mồi ngƣợc 534R với trình tự mồi là: ATT ACC GCG GCT GC TGG, nƣớc tinh sạch enzyme Nuclease.
Hóa chất chuẩn bị chạy gel Agarose kiểm tra sản phẩm PCR: Agarose 1,5% (Merck), TAE buffer 0.5X, Loading buffer (chất chỉ thị màu - LB), Ethidium bromide (chất chỉ thị huỳnh quang-EtBr), thang chuẩn DNA từ 100 - 1000 bp, nấc 100 bp của hãng Fermentas.
Hóa chất chuẩn bị chạy điện di biến tính tăng cấp DGGE: Chất nhuộm 2X, tris base Acetate 50X, dung dịch biến tính gồm có: urea 42%, Acrylamide 40%,
16
Ammonium persulfate 10% ((ASP), TEMED, nƣớc, Butanol). Thành phần của các dung dịch trên đƣợc trích dẫn trong Phụ chƣơng 2.