Dạng trao đổi chất trên được nghiên cứu chủ yếu dựa trên các hệ thống bùn hoạt tính nhân tạo với acetate là nguồn carbon duy nhất. Tuy nhiên, trong hệ thống bùn hoạt tính trong tự nhiên, bên cạnh acetate thì còn có nhiều hợp chất carbon mạch ngắn khác. Sự trao đổi chất kết hợp giữa các nguồn carbon khác nhau thì chưa được nghiên cứu nhiều. Có báo cáo cho rằng, khi thí nghiệm với glucose là nguồn carbon duy nhất thì quá trình EBPR sẽ thất bại. Tuy nhiên, dạng trao đổi sinh hóa cho quá trình EBPR với glucose cũng được báo cáo và cho rằng khi bổ sung glucose sẽ có tác dụng hỗ trợ cho sự ổn định quá trình EBPR. Đầu tiên glucose sẽ được chuyển hóa thành acid lactic bởi vi khuẩn lên men lactic. Chúng có vai trò đồng hóa glucose dưới điều kiện kỵ khí và tạo ra acid lactic và cuối cùng là tồn trữ glycogen. Một số giống có khả năng sử dụng amino acid như là nguồn hoạt chất.
Các dạng trao đổi chất sinh hóa hiện nay vẫn chưa giải thích hết các thông tin nhận được từ các sự quan sát cho quá trình EBPR như sự đồng hóa hoạt chất dưới điều kiện kỵ khí cùng với sự thủy phân poly-P và sự chuyển hóa glycogen tới PHA, EBPR cũng có thể hoạt động với nguồn carbon là glucose nhưng không có sự tích lũy PHAs. Điều này thể hiện thiếu các cơ sở để giải thích một cách hoàn toàn và đầy đủ về quá trình EBPR, cũng như thiếu các nghiên cứu về cấu trúc và chức năng của quần thể vi khuẩn này. Có lẽ các dạng trao đổi chất này chỉ có thể giải thích một cách thích đáng khi nghiên cứu quá trình trao đổi chất dưới điều kiện nuôi cấy thuần các dòng vi khuẩn phân lập được với các dạng khác nhau của PAOs để xác định lại các quá trình trao đổi chất được tìm thấy trong các hệ thống có sự tăng cường loại bỏ phosphate.