Để bảo đảm cho các kết luận, kiến nghị kiểm toán của Kiểm toán Nhà nước được thực hiện, khoản 3 Điều 16 của Luật quy định Kiểm toán nhà nước có quyền “Kiểm tra đơn vị được kiểm toán trong việc thực hiện, kết luận và kiến nghị của kiểm toán Nhà nước”. Trường hợp đơn vị được kiểm toán không thực hiện các kết luận, kiến nghị kiểm toán thì KTNN kiến nghị với cơ quan nhà nước có thẩm quyền yêu cầu đơn vị được kiểm toán thực hiện các kết luận, kiến nghị kiểm toán theo quy định tại khoản 4 Điều 16 “Kiến nghị với cơ quan nhà nước có thẩm quyền yêu cầu các đơn vị được kiểm toán thực hiện các kết luận, kiến nghị kiểm toán đối với các trường hợp sai phạm trong báo cáo tài chính và các sai phạm trong việc tuân thủ pháp luật; đề nghị xử lý
theo pháp luật những trường hợp không thực hiện hoặc thực hiện không đầy đủ, kịp thời các kết luận, kiến nghị kiểm toán của Kiểm toán Nhà nước”. Tổng Kiểm toán nhà nước có quyền: Kiến nghị bộ trưởng, thủ trưởng cơ quan ngang bộ, thủ trưởng cơ quan thuộc Chính phủ, các cơ quan khác ở trung ương, chủ tịch ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương, thủ trưởng cấp trên trực tiếp của đơn vị được kiểm toán xử lý theo thẩm quyền đối với tổ chức, cá nhân có hành vi cản trở công tác kiểm toán của KTNN; cung cấp thông tin, tài liệu sai sự thật cho KTNN; không thực hiện hoặc thực hiện không đầy đủ kết luận, kiến nghị kiểm toán của KTNN. Trong trường hợp kết luận, kiến nghị của KTNN không được giải quyết hoặc giải quyết không đầy đủ thì Tổng Kiểm toán Nhà nước kiến nghị người có thẩm quyền xem xét xử lý theo quy định của pháp luật (khoản 3 Điều 19)
Kiểm toán kiểm tra thực hiện kiến nghị kiểm toán tại các đơn vị được kiểm toán vào năm sau năm được kiểm toán. KTNN lập kế hoạch và tổ chức kiểm tra đơn vị được kiểm toán trong việc thực hiện đầy đủ, kịp thời kết luận, kiến nghị của KTNN. KTV đối chiếu rất cụ thể việc thực hiện kiến nghị kiểm toán xem thực hiện được bao nhiêu qua hình thức các đơn vị được kiểm toán báo cáo bằng văn bản kết quả thực hiện kết luận, kiến nghị hoặc tổ chức kiểm tra việc thực hiện kết luận, kiến nghị tại đơn vị được kiểm toán và tổ chức, cơ quan, đơn vị có liên quan.
Căn cứ vào nội dung Báo cáo kiểm toán, Kiểm toán trưởng kiểm toán DNNN tổ chức kiểm tra và lập báo cáo gửi lãnh đạo KTNN theo đúng Điều 57 Luật KTNN.
Báo cáo kết quả kiểm tra thực hiện kiến nghị gửi lãnh đạo KTNN gồm các nội dung sau: Tổng hợp tình hình và số liệu đã kiểm tra trên báo cáo và trên thực tế tại đơn vị được kiểm toán; Đưa ra nhận xét, đánh giá về việc thực hiện kiến nghị của KTNN; Nêu những tồn tại mà đơn vị kiểm toán chưa thực
hiện được phân tích nguyên nhân và kiến nghị lãnh đạo KTNN các biên pháp xử lý tiếp theo.
Quá trình kiểm tra việc thực hiện kết luận và kiến nghị kiểm toán của KTNN còn tồn tại 1 số vấn đề sau:
Việc lập kế hoạch kiểm tra thực hiện kết luận và kiến nghị kiểm toán của 1 số đơn vị KTNN còn chậm, việc theo dõi tình hình thực hiện kết luận, kiến nghị kiểm toán của các đơn vị không mang tính thường xuyên, liên tục, chưa thiết lập được cơ chế đôn đốc với từng đối tượng kiểm toán. KTNN chưa yêu cầu các đơn vị cung cấp bằng chứng về việc thực hiện kết luận và kiến nghị kiểm toán, chưa tổng hợp các kiến nghị kiêm toán từng năm thành hệ thống theo dõi, kiểm soát việc thực hiện kiến nghị. Do vậy có những kiến nghị của nhiều năm vẫn chưa được kiểm tra, xác định rõ kết quả thực hiện.
Về thực chất, KTNN chưa thực hiện công khai việc thực hiện kết luận và kiến nghị kiểm toán. Sau khi KTNN thực hiện kiểm tra và tổng hợp báo cáo tình hình thực hiện kết luận và kiến nghị của KTNN, báo cáo này hầu như được sử dụng trong nội bộ KTNN. Các KTNN chuyên ngành, khu vực, các đoàn kiểm toán chưa tổ chức trao dổi về kết quả thực hiện kết luận và kiến nghị kiểm toán. Các kiến nghị chưa được tổng hợp thành kinh nghiệm để hướng dẫn KTV.
Tuy luật KTNN đã có quy định bắt buộc thực hiện kết luận và kiến nghị kiểm toán nhưng chưa có hướng dẫn cụ thể cho vấn đề này, điều này làm ảnh hưởng tới tính hiệu lực của KTNN.
Chương 3