Sau khi đoàn kiểm toán triển khai kiểm toán tại các đơn vị được kiểm toán, Trưởng đoàn kiểm toán quán triệt mục tiêu, nội dung, yêu cầu của cuộc kiểm toán, phổ biến quy chế làm việc của KTV, thực hiện kiểm tra tại các tổ kiểm toán theo kế hoạch kiểm toán đã được phê duyệt, nghe các tổ báo báo tình hình, tiến độ kiểm toán, những vướng mắc phát sinh trong quá trình kiểm toán để kịp thời chấn chỉnh, nhắc nhở các sai sót lệch lạc của kiểm toán viên nhằm đảm bảo uy tín của mỗi cá nhân, tập thể trong đơn vị, thực hiện nghiêm túc quy chế hoạt động của Đoàn kiểm toán. Trưởng đoàn kiểm toán KTNN đã phát huy tốt tính tích cực, chủ động, sáng tạo lãnh đạo, chỉ đạo tốt các đoàn kiểm toán, tổ kiểm toán nâng cao chất lượng kiểm toán và quản lý Đoàn kiểm toán theo Quy chế tổ chức và hoạt động của Đoàn kiểm toán, tăng cường kỷ cương của đoàn kiểm toán, phân công giao nhiệm vụ cho các KTV có năng
lực và kinh nghiệm hướng dẫn và giúp đỡ các KTV dự bị. KTV khi tiến hành kiểm toán đã tuân thủ nguyên tắc, chuẩn mực, quy trình và các quy định khác về kiểm toán của Tổng KTNN như Luật KTNN, Quy trình kiểm toán đối với từng lĩnh vực kiểm toán, các văn bản có liên quan đến hoạt động kiểm toán…
Trong khi thực hiện kiểm toán, các Tổ kiểm toán xây dựng kế hoạch kiểm toán chi tiết (Kế hoạch chi tiết triển khai chương trình kiểm toán thể hiện cụ thể nội dung, thời gian và phạm vi, phương pháp kiểm toán tại đơn vị. Kế hoạch này là sự cụ thể hoá kế hoạch kiểm toán tổng quát, phản ánh các bước công việc được tiến hành cho từng phần hành kiểm toán tại đơn vị thành viên) trình trưởng đoàn kiểm toán phê duyệt và tổ chức, phân công các thành viên trong đoàn thực hiện kế hoạch kiểm toán chi tiết sau khi được phê duyệt, chỉ đạo và kiểm tra việc thu thập bằng chứng kiểm toán, ghi chép nhật ký kiểm toán và tài liệu làm việc của tổ kiểm toán và KTV theo quy định của Tổng KTNN. Việc lập kế hoạch nằm trong giai đoạn thực hiện kiểm toán là chưa phù hợp
Các tổ kiểm toán liên hệ chặt chẽ với lãnh đạo cơ quan, lãnh đạo Đoàn kiểm toán, kịp thời báo cáo và xin ý kiến chỉ đạo khi phát hiện những dấu hiệu có sai phạm nghiêm trọng hoặc có những vấn đề phức tạp nảy sinh trong quá trình kiểm toán. Trưởng đoàn kiểm toán có trách nhiệm soát xét chất lượng của tổ kiểm toán; Kiểm toán trưởng soát xét chất lượng của đoàn kiểm toán...
Trong giai đoạn thực hiện kiểm toán thì tính độc lập của KTV là vô cùng quan trọng quyết định đến chất lượng cuộc kiểm toán. Thực tế những năm qua, KTNN đã thực hiện khá nhiều biện pháp như: Chú trọng xây dựng và hoàn thiện các văn bản pháp lý (Luật Kiểm toán nhà nước, chuẩn mực kiểm toán và các văn bản pháp lý), trong đó đưa ra các quy định bảo vệ tính độc lập của KTVNN, thường xuyên chú trọng kiểm soát chất lượng kiểm
toán... Luật Kiểm toán nhà nước đã đưa ra những quy định cụ thể liên quan đến tính độc lập của KTNN và KTVNN như Điều 7, Điều 30, 31, 47, 48… Các điều này qui định rõ: Khi thực hiện kiểm toán, KTVNN có quyền độc lập, chỉ tuân theo pháp luật trong việc nhận xét, đánh giá, kết luận và kiến nghị về những nội dung đã được kiểm toán, được pháp luật bảo vệ trong quá trình kiểm toán. Tuy nhiên, điều quan trọng là chính bản thân KTVNN cần phải có biện pháp để giữ cho mình luôn độc lập trong khi thực hiện kiểm toán. Đồng thời KTNN cần duy trì thường xuyên và tăng cường những biện pháp để ngăn chặn nguy cơ làm giảm tính độc lập của KTVNN khi thực hiện kiểm toán.Do khách thể của KTNN thường là các đơn vị được Nhà nước giao quản lý và sử dụng số tài sản, nguồn vốn, nguồn kinh phí lớn của Nhà nước nên có thể xảy ra những hiện tượng tham ô, tham nhũng, lãng phí tài sản công với mức độ nghiêm trọng ở những đơn vị này. Nếu KTVNN phát hiện ra sai phạm có thể yêu cầu đơn vị phải hoàn trả Ngân sách Nhà nước số tiền lớn, cán bộ quản lý cấp cao và cán bộ quản lý có liên quan trực tiếp đến sai phạm có thể bị xử lý theo qui định pháp luật. Do vậy, đơn vị mắc sai phạm có thể sẽ dùng lợi ích để mua chuộc những KTVNN đang thực hiện kiểm toán tại những đơn vị này. Nếu KTVNN nhận một khoản lợi ích tài chính hoặc lợi ích khác từ đơn vị được kiểm toán mà bỏ qua hoặc quá giảm nhẹ sai phạm cho đơn vị thì sẽ rất nguy hại vì không những Nhà nước không thu hồi được khoản tiền bị tham ô, biển thủ hoặc chi tiêu sai mục đích mà còn mất thêm một khoản để chi cho KTVNN, bởi khoản chi này thường được lấy từ công quỹ. Điều nguy hại hơn là hiện tượng này sẽ dẫn đến giảm uy tín của KTVNN và cơ quan KTNN, giảm lòng tin của công chúng vào kết quả kiểm toán. Khi những điều đáng tiếc như vậy xảy ra còn gây nên những dư luận trái chiều trong dư luận xã hội, thậm chí có thể xảy ra đối với cả những cán bộ, đảng viên cấp cao, tiêu biểu gần đây là vụ 4 nhân viên kiểm toán nhà nước nhận
hối lộ bị bắt gồm Nguyễn Văn Quyên, Ngô Quang Đăng, Nguyễn Quang Thanh và Ngô Hồng Minh. Theo cơ quan điều tra, do phát hiện các chủ đầu tư và nhà thầu xây dựng tuyến đường Di Lăng - Trà Trung thuộc hai huyện Sơn Hà và Trà Bồng, có một số sai phạm trong việc sử dụng nguồn vốn trái phiếu Chính phủ nên yêu cầu chi khoảng 500 triệu đồng để cho qua.
Hiện nay, KTNN đã cải tiến phương pháp làm việc đi từ tổng hợp đến chi tiết, chú trọng hơn việc đối chiếu giữa số liệu, tài liệu các đơn vị sử dụng ngân sách với số liệu tổng hợp tại các cơ quan có liên quan, tập trung vào vấn đề trọng yếu, nâng cao chất lượng các kết luận và kiến nghị kiểm toán. Tuy vậy, giai đoạ thực hiện kiểm toán vẫn còn tồn tại những hạn chế sau:
Nhiều trường hợp KTV áp dụng phương pháp kiểm toán còn đơn giản, chưa đi đến cùng khi phát hiện dấu hiệu sai phạm, để thu thập BCKT. Các kết luận, đánh giá nhận xét của KTV đưa ra trong quá trình thu thập bằng chứng phụ thuộc nhiều vào xét đoán cá nhân, kinh nghiệm nghề nghiệp. Vì vậy, không tránh khỏi bằng chứng thu thập được không đảm bảo tính đầy đủ, thích hợp dẫn đến chất lượng cuộc kiểm toán chưa cao, chưa tiết kiệm được thời gian, chi phí, hiệu quả hoạt động kiểm toán còn hạn chế. Nguyên nhân cơ bản là do quy trình kiểm toán của KTNN chưa có hướng dẫn cụ thể, chi tiết cho từng nội dung kiểm toán, còn nhiều văn bản hướng dẫn của các ngành còn chưa cụ thể, rõ ràng nên trong quá trình kiểm toán không có sự thống nhất giữa Đoàn Kiểm toán với đơn vị được kiểm toán dẫn đến cần phải trưng cầu ý kiến của các chuyên gia thuộc các Bộ, ngành có liên quan để đưa ra kết luận, kiến nghị cuối cùng. Qua kết quả tổng hợp tiến độ kiểm toán năm 2007 cho thấy thời gian phát hành bình quân 1 cuộc kiểm toán là 68 ngày, quá 23 ngày so với Luật KTNN.
Loại hình kiểm toán hoạt động được sử dụng rất hạn chế trong cuộc kiểm toán đã ảnh hưởng đến mục tiêu đánh giá tính hiệu quả, hiệu năng, tính
kinh tế trong việc quản lý và sử dụng TSNN. Luật KTNN ra đời không những khẳng định vai trò, vị trí pháp lý của KTNN đối với hoạt động quản lý kinh tế mà còn hoàn thiện các chức năng nhiệm vụ cho KTNN bằng việc bổ sung thêm loại hình KTHĐ. Điều 14, luật KTNN quy định “ KTNN có chức năng kiểm toán BCTC, KTTT, KTHĐ đối với cơ quan, tổ chức quản lý và sử dụng NSNN, tiền và tài sản của nhà nước”. Tuy nhiên, KTHĐ là 1 lĩnh vực mới và phức tạp nên việc tổ chức và thực hiện các cuộc KTHĐ mới chỉ đạt kết quả rất hạn chế. KTNN đã lựa chọn hướng tiếp cận KTHĐ thông qua các cuộc kiểm toán chuyên đề bằng việc đan xen các mục tiêu kiểm toán trong 1 cuộc kiểm toán lớn, giải quyết các vấn đề hoặc 1 chương trình cụ thể, đặt nền móng để thực hiện các cuộc kiểm toán chuyên đề với quy mô và phạm vi lớn.
Các phương pháp chuyên môn nghiệp vụ kiểm toán đặc biệt là quy trình, chuẩn mực, quy định về kiểm soát chất lượng kiểm toán của KTNN mặc dù đã được chú trọng xây dựng và ban hành nhưng còn thiếu đồng bộ đã ảnh hưởng nhất định đến chất lượng hoạt động kiểm toán. Chưa triển khai được kiểm toán trong môi trường công nghệ thông tin, việc ứng dụng công nghệ thông tin vào công tác kiểm toán còn hạn chế. Quy trình kiểm toán NSNN đề cập tương đối đầy đủ về các quy định chung nhất, đặc biệt là khi thực hiện kiểm toán NSĐP, tuy nhiên vẫn còn thiếu các nội dung đối với kiểm toán quyết toán ngân sách của đơn vị dự toán cấp 1 thuộc NSTW.
Hoạt động kiểm toán trong thực tế còn hạn chế cả về phạm vi, quy mô và chất lượng. Nhiệm vụ của KTNN rất nặng nề nhưng KTNN chưa đáp ứng được. Hàng năm KTNN mới chỉ kiểm toán được khối lượng hạn chế báo cáo quyết toán ngân sách các Bộ, ngành, địa phương, các dự án chương trình và các tổ chức kinh tế của Nhà nước trong khi nhu cầu đòi hỏi phải được kiểm toán là rất lớn. Thực tế hoạt động của KTNN hiện nay vẫn còn một số hạn chế nhất định bởi quy mô hoạt động kiểm toán của
KTNN còn hạn chế so với yêu cầu phải được kiểm toán hàng năm đối với các cơ quan, đơn vị quản lý và sử dụng NSNN, tiền và tài sản Nhà nước, nhất là lĩnh vực kiểm toán ngân sách. Thực tế các đơn vị được kiểm toán mới chỉ chiếm tỷ lệ khiêm tốn trong tổng số các đối tượng thuộc phạm vi kiểm toán của KTNN. Trung bình hàng năm, KTNN mới chỉ kiểm toán được 40 - 50% báo cáo quyết toán ngân sách địa phương, trong đó mỗi cuộc kiểm toán ngân sách địa phương chỉ kiểm toán được khoảng 30 - 40% số huyện. Đây là khó khăn không thể khắc phục ngay được mà cần phải có thời gian để KTNN xây dựng lực lượng và cơ sở vật chất.
2.2.3. Giai đoạn lập, xét duyệt và gửi BCKT.
Sau 15 ngày kể từ khi kết thúc kiểm toán tại đơn vị, đoàn kiểm toán có trách nhiệm hoàn thành dự thảo báo cáo trình Kiểm toán trưởng xét duyệt. Kiểm toán trưởng có trách nhiệm kiểm tra, xét duyệt về chất lượng của báo cáo cụ thể là: kết cấu của báo cáo, mục tiêu của cuộc kiểm toán phải được phản ánh đày đủ trong báo cáo, nội dung của báo cáo phải đày đủ, súc tích, sự chính xác, đầy đủ, hợp lý của số liệu, tài liệu báo cáo, tính logic, khoa học của nhận xét, phân tích đánh giá, kiến nghị phải hợp pháp, mang tính khả thi cao. Giyps việc cho Kiểm toán trưởng là Hội đồng cấp vụ, trên cơ sở lấy ý kiến từ hội đồng cấp vụ, kiểm toán trưởng kết luận những vấn đề cần hoàn thiện. Sau khi được hoàn thiện, dự thảo báo cáo được gửi cho vụ Tổng hợp, vụ pháp chế thẩm định và trình lãnh đạo KTNN.
Lãnh đạo KTNN tổ chức thông qua dự thảo báo cáo và kết luận về những vấn đề cần hoàn thiện. Dự thoả báo cáo sau khi được hoàn thiện được gửi cho đơn vị kiểm toán tham gia trước khi đoàn kiểm toán tổ chức hội nghị thông qua BCKT.
Luật KTNN đã quy định rất đầy đủ và toàn diện chế định này về định nghĩa, nội dung, giá trị của báo cáo kiểm toán, trách nhiệm của KTNN đối với
báo cáo kiểm toán, và trách nhiệm của đơn vị được kiểm toán tổ chức, cá nhân có liên quan trong việc thực hiện kết luận, kiến nghị của kiểm toán. Báo cáo kiểm toán của Kiểm toán nhà nước là văn bản do Kiểm toán nhà nước lập và công bố để đánh giá, xác nhận, kết luận và kiến nghị về những nội dung đo kiểm toán (khoản 6 Điều 4). Luật KTNN đã có một điều riêng quy định về giá trị của báo cáo kiểm toán (Điều 9). Theo quy định tại khoản 1 Điều 9: “Báo cáo kiểm toán của Kiểm toán Nhà nước xác nhận tính đúng đắn, trung thực của báo cáo tài chính, báo cáo quyết toán ngân sách; đánh giá việc tuân thủ pháp luật, tính kinh tế, hiệu lực và hiệu quả trong quản lý, sử dụng ngân sách, tiền và tài sản nhà nước”.
Nhìn chung, các báo cáo KTNN đã thực hiện đều được xây dựng nghiêm túc theo đúng pháp luật, có phương pháp sáng tỏ và đều được DNNN chấp thuận, được các cơ quan sử dụng đánh giá cao.
Báo cáo kiểm toán của KTNN đã đạt được tính tin cậy cao do địa vị pháp lý của KTNN với tính chất là một cơ quan chuyên môn hoạt động một cách độc lập, khách quan; hoạt động kiểm toán của KTNN không chịu một áp lực nào từ bất kỳ một cơ quan hay cá nhân nào nên kết quả kiểm toán phản ánh trong báo cáo kiểm toán KTNN có cơ sở tin cậy; Do tính chất chuyên nghiệp trong hoạt động kiểm toán của các KTV làm cho kết quả kiểm toán của KTNN tại các cuộc kiểm toán có cơ sở đáng tin cậy; Cơ quan KTNN chịu trách nhiệm về các nhận xét, đánh giá của mình nêu trong báo cáo kiểm toán; các cơ quan, tổ chức khi sử dụng báo cáo kiểm toán của KTNN cho việc ra quyết định của mình thì họ phải chịu trách nhiệm về các quyết định đó.
Để bảo đảm giá trị và hiệu lực của báo cáo kiểm toán, Luật KTNN cũng quy định về công khai kết quả kiểm toán và kết quả thực hiện kết luận, kiến nghị kiểm toán: Báo cáo kiểm toán năm và báo cáo kết quả thực hiện kết luận, kiến nghị kiểm toán của KTNN sau khi trình Quốc hội được công bố
công khai theo quy định của pháp luật. Tổng KTNN công bố công khai báo cáo kiểm toán năm và báo cáo kết quả thực hiện kết luận, kiến nghị kiểm toán theo các hình thức: họp báo; công bố trên Công báo và các phương tiện thông tin đại chúng; đăng tải trên Trang thông tin điện tử và các ấn phẩm của KTNN (Điều 58). Báo cáo kiểm toán của từng cuộc kiểm toán sau khi phát hành được công bố công khai cùng với báo cáo tài chính theo quy định của Luật NSNN và Luật Kế toán (Điều 59). Việc công bố công khai báo cáo kiểm toán thông qua họp báo, đăng trên công báo và các phương tiện thông tin đại chúng sẽ tạo ra áp lực mạnh mẽ của công luận xã hội đối với trách nhiệm của đơn vị được kiểm toán và các nhân liên quan trong việc tuân thủ pháp luật và thực hiện đầy đủ, kịp thời các kết luận, kiến nghị kiểm toán của KTNN. Đồng thời tạo áp lực đối với cơ quan KTNN phải không ngừng nâng cao năng lực hoạt động, nâng cao chất lượng kiểm toán đáp ứng yêu cầu của Luật KTNN và đòi hỏi của xã hội.
Quá trình lập, xét duyệt và gửi BCKT của KTNN còn tồn tại những hạn chế sau:
- Về nội dung báo cáo: các báo cáo kiểm toán chưa đưa ra được ý kiến đánh giá rõ ràng và toàn diện về tính trung thực, hợp lý của các số liệu quyết toán của đơn vị được kiểm toán; Nhiều báo cáo kiểm toán viết còn mang tính liệt kê, mô tả công việc của đơn vị phải làm hoặc mô tả số báo cáo của đơn vị; một số báo cáo còn đưa ra những kết luật thiếu bằng chứng thuyết phục…; Chưa thực sự phát huy được vài trò là công cụ mạnh của Nhà nước trong kiểm tra, giám sát các nguồn lực tài chính nhà nước và trong cuộc đấu tranh