Thực vật ngoi lên mặt nước tìm hiểu được tại các ô tiêu chuẩn của VQG Xuân Thủy gồm 5 loài thuộc 4 họ. Trong đó có Cyperus pinosus - Cói lông và
Cyperus kimsonensis - Cói dùi thuộc họ Cyperaceae - Cói.
Thực vật ngập nước định kỳ là những loài thực vật sống ở dọc bờ sông, bờ biển, cửa sông và luôn chịu tác động của thủy triều. Hằng ngày bị ngập từ 1 - 2 lần. Hầu hết các loài thực vật ngập nước định kì xuất hiện ở ô tiêu chuẩn 7, 8, 9 và 10. Ở các ô tiêu chuẩn này đều có tần số xuất hiện các cây Bần (Sonneratia caseolaris), Sú (Aegiceras
Comiculata), Đước (Rhizophora apiculata), Vẹt (Bruguiera gymnorrhiza), Mắm biển
(Avicenma marina) nhiều vì nó là thành phần chủ yếu của rừng ngập mặn chiếm tới 99% các loài thực vật ngập nước định kì tại VQG Xuân Thủy. Nhiều cây còn hình thành rễ chống nhưĐước.Đặc biệt có một đặc điểm hiếm thấy ở thực vật là hiên tượng sinh con trên cây mẹ, cây đó được nuôi dưỡng một thời gian và sau khi đã thành cây con thì tự rụng xuống và tiếp tục phát triển.
Tại ô tiêu chuẩn 7 và 8 ở ven bờ sông, rạch các cây thủy sinh như Ô rô, Ráng biển và Cỏ Cáy xuất hiện nhiều hơn so với 2 ô tiêu chuẩn 9 và 10. Vì ở ô tiêu chuẩn 2 do nằm sâu vào trong RNM nên thể nền ởđây ít được bồi tụ chỉ thấy xuất hiện cỏ
cáy nhưng cũng chỉ gặp 1 lần, còn ô tiêu chuẩn 5 do là đầm chế độ nước do con người điều chỉnh để phù hợp cho quá trình nuôi trồng thủy sản nên cũng chỉ thấy có
cỏ cáy ở ven bờ phía ngoài chỗ xả nước và lấy nước vào đầm. Tại ô tiêu chuẩn 10 chỉ thấy xuất hiện Cỏ Cáy là thực vật ngập nước định kì. Ở 2 ô tiêu chuẩn 7 và 8 do nằm cạnh sông nước triều lên xuống hàng ngày phù hợp cho sự sinh sống của Ô rô và Ráng biển nên chúng mọc nhiều và thích hợp với quần xã của các cây Bần
(Sonneratia caseolaris), Mắm biển (Avicenma marina), Sú (Aegiceras Comiculata).
Các cây thực vật ngập nước định kì là thành phần chủ yếu của RNM nhưng hiện nay do chưa hiểu hết giá trị nhiều mặt của hệ sinh thái rừng ngập mặn, hoặc do những lợi ích kinh tế trước mắt, đặc biệt là nguồn lợi từ tôm nuôi xuất khẩu nên rừng ngập mặn Việt Nam đã bị suy thoái nghiêm trọng. Hiện nay tại VQG có những khu rừng bị chặt phá để
lấy đất nuôi trồng thủy hải sản đặc biệt là trên diện tích RNM thuộc địa phận xã Giao Thiện người dân còn sử dụng cả máy xúc ra chặt phá rừng để làm đầm nuôi tôm. Không những thế mà những cây ngập mặn nằm ở phía ngoài cũng bị người dân đi biển chặt lấy củi về sử dụng cũng làm mất đi diện tích rừng không nhỏ.
Thực vật ngoi lên mặt nước là những loài thực vật mà cơ thể có rễ mọc trong bùn đáy và một phần cơ thể vươn lên khỏi mặt nước. Thực vật ngoi lên mặt nước tại các ô tiêu chuẩn 7, 8 và 9 được tìm thấy nhiều hơn với các ô tiêu chuẩn còn lai.. Cây Hếp tìm thấy chủ yếu ở ô tiêu chuẩn 7 và 8 mọc chủ yếu ở ven bờ
sông vào sâu bên trong ở ô tiêu chuẩn 9 thì không thấy sự xuất hiện của cây Hếp. Cóc kèn tìm thấy ở cả ô tiêu chuẩn 7, 8 và 9 bám leo lên các cây ngập mặn. Dây Cóc kèn leo cao tới 2 - 3 m ôm lấy thân các cây và cành của RNM. Tại ô tiêu chuẩn 8 Ngọc Nữ biển chiếm ưu thế và xuất hiện nhiều hơn các ô tiêu chuẩn 7, 9 và 10. Theo sự cho biết của người dân đi biển thì Ngọc Nữ biển sống chung với các cây ngập mặn, xen lẫn các cây ngập mặn, nằm ở tầng dưới của các cây ngập mặn và nằm sâu bên trong của RNM.