Chính sách đầu tư R&D của Nhà nước là chưa hiệu quả. Hàng năm, mặc dù đầu tư ngân sách nhà nước cho khoa học và công nghệ đã có tăng nhưng vẫn chưa đáp ứng đủ với nhu cầu phát triển, đẩy mạnh các hoạt động nghiên cứu, đổi mới khoa học công nghệ như hiện nay. Bên cạnh đó, việc phân bổ ngân sách nhà nước để phát triển khoa học và công nghệ còn phân tán, dàn trải, thiếu tập trung, thiếu mục tiêu ưu tiên, chưa đảm bảo theo những tiêu chí rõ ràng, thiếu cơ chế minh bạch. Hiệu quả sử dụng nguồn lực đầu tư từ ngân sách nhà nước cho khoa học và công nghệ cũng chưa cao, bởi hiện nay chưa xây dựng được một cơ chế thực sự phù hợp, từ đó để gắn kết phân bổ ngân sách nhà nước cho các tổ chức khoa học và công nghệ với các yêu cầu và nhiệm vụ cụ thể về các sản phẩm khoa học và công nghệ mà các đơn vị nghiên cứu cần thực hiện. Sự hỗ trợ chưa đồng bộ và còn thiếu hiệu quả của Nhà nước đã khiến quá trình đổi mới công nghệ của các doanh nghiệp diễn ra khá chậm chạp. Hầu hết doanh nghiệp phải huy động ngoài với lãi suất cao nên khó có điều kiện để thực hiện hoạt động R&D hoặc nhận chuyển giao công nghệ tiên tiến từ nước ngoài.
để chi cho các hoạt động R&D và đổi mới công nghệ, đa phần nguồn vốn này do doanh nghiệp tự bỏ ra. Nguồn vốn huy động từ ngân sách nhà nước thấp và đang có xu hướng giảm xuống. Ngoài hai nguồn vốn này, các doanh nghiệp cũng có thể huy động các nguồn vốn từ nước ngoài để đầu tư cho các hoạt động R&D và đổi mới công nghệ. Tuy nhiên khả năng này còn thấp. Và điều đáng chú ý là không phải các doanh nghiệp FDI tiếp cận được các nguồn vốn này mà chính là các doanh nghiệp nhà nước.
Xét năng lực và sự quan tâm của từng tổ chức, vẫn còn một tỷ lệ lớn doanh nghiệp chưa quan tâm đến các hoạt động R&D, chủ yếu là doanh nghiệp vừa và nhỏ. Dẫu Chính phủ có hỗ trợ, nhưng tư duy của doanh nghiệp cũng quan trọng không kém, nhất là vì tiềm năng của những doanh nghiệp này hoạt động trong ngành phụ trợ trong nước là rất lớn. Nên cần tận dụng, phát triển các doanh nghiệp này để có chiều sâu cũng như sự kết nối, tạo sức mạnh cạnh tranh.
Không chỉ thế, Việt Nam vẫn thiếu quỹ đầu tư mạo hiểm phục vụ cho nghiên cứu đổi mới công nghệ. Dù đã có một vài chương trình, các quỹ của Chính phủ dành cho vấn đề này, nhưng các doanh nghiệp rất hiếm khi tiếp cận được các nguồn vốn từ ngân sách nhà nước đề thực hiện các hoạt động liên quan.
Một điểm yếu khác là đầu tư của xã hội cho KH&CN còn thấp, đặc biệt là đầu tư từ khu vực doanh nghiệp. R&D của các viện nghiên cứu, trường đại học, trang thiết bị nhìn chung thiếu sót, không đồng bộ, lạc hậu so với những cơ sở sản xuất tiên tiến cùng ngành, gây cản trở không nhỏ cho hoạt động nghiên cứu. Cũng bởi các thủ tục đấu thầu, thanh quyết toán vẫn còn phức tạp; việc điều chỉnh các hoạt động nghiên cứu phù hợp thực tế cũng như các quy định để doanh nghiệp đầu tư vào nghiên cứu còn bất cập…