Trong hệ thống sông suối, Trùng Khánh có hai con sông chính: sông Bắc Vọng và sông Quây Sơn.
- Sông Bắc Vọng, bắt nguồn từ Trung Quốc, chạy qua địa phận tỉnh Cao Bằng có độ dài 77 km, chảy ra phía Đông các huyện Trà Lĩnh, vào Trùng Khánh qua các xã Trung Phúc, Thông Huề, Đoài Côn, Thân Giáp và chảy sang huyện Hạ Lang, ra huyện Quảng Uyên, Phục Hoà, hợp lưu với sông Bằng Giang rồi chảy sang Trung Quốc. Độ dốc trung bình của sông Bắc Vọng khoảng 0,0090, lưu lượng nước bình quân 25m3/giây; có nhiều quãng sông hiểm trở, nhiều thác ghềnh.
- Sông Quây Sơn có hai nhánh chính đều bắt nguồn từ Trung Quốc, chiều dài khoảng 76 km. Nhánh lớn nhất chảy qua xã Ngọc Khê; nhánh thứ hai, còn gọi là sông Tà Pè, chảy theo hướng Đông Nam, qua xã Phong Nậm,
27
Ngọc Khê, hợp lưu với nhánh chính tại Khả Mong, xã Ngọc Khê, chảy qua các xã Đình Phong, Chí Viễn, Đàm Thủy qua huyện Hạ Lang rồi chảy sang Trung Quốc. Lòng sông tuy không rộng nhưng sâu, nước chảy xiết, độ dốc bình quân là 0,010, có nhiều thác ghềnh như thác Khoang (Thoong Khoang), xã Ngọc Khê, cao 10 m; thác Gót (Thoong Gót) xã Chí Viễn, cao trên 20 m. Đặc biệt là thác Bản Giốc, xã Đàm Thủy, có độ cao trên 50 m; thác có 2 nhánh: nhánh bên phải dòng nước đổ thẳng xuống vực, nhánh bên trái dòng nước hạ dần thành ba bậc, nối tiếp nhau thành một dòng chảy, có độ dốc lớn. Do điều kiện địa hình thấp dần từ Tây Bắc xuống Đông Nam, nên phần lớn các con sông, con suối bắt nguồn từ phía Tây Bắc chảy theo hướng Đông Nam qua các vùng núi đá vôi, dọc các con sông (Bắc Vọng, Quây Sơn,…) có nhiều thác ghềnh, nước chảy xiết. Lợi dụng sức nước, nhân dân đã làm những “cọn” nước đưa nước từ sông, suối lên độ cao từ 5-10 m cung cấp nước tưới cho hàng trăm ha lúa và các loại cây trồng khác, hoặc dùng giã gạo,…
Các dòng sông lớn như Quây Sơn, Bắc Vọng và nhiều suối, ao, hồ là nguồn lợi thủy sản dồi dào. Diện tích mặt nước toàn huyện là 56,9 ha, chiếm 1,87% diện tích tự nhiên.