Quan hệ chính trị Nhật - Trung xấu đi đã có những ảnh hưởng tiêu cực tới quan hệ kinh tế giữa hai nước. Trước năm 2003, Nhật Bản liên tục 11 năm là đối tác thương mại hàng đầu của Trung Quốc, nhưng năm 2004, vị trí này đã thay đổi, kim ngạch thương mại giữa Trung Quốc với EU và Mỹ đều vượt trên Nhật Bản. Năm 2005 thương mại giữa 2 nước chỉ tăng 9,9% so với năm 2004, thấp hơn cả Trung Âu, trong khi tăng trưởng thương mại giữa Trung Quốc và Mỹ tăng 15,8% so với năm 2004; vị trí của Nhật trong thương mại đối ngoại của Trung Quốc có phần giảm sút. Năm 1994, tỷ trọng thương mại Nhật - Trung chiếm 20% trong ngoại thương Trung Quốc, trong khi đó năm 2005 giảm xuống còn 13%.[45, Tr.22]
Đầu tư của Nhật Bản vào Trung Quốc cũng giảm sút đáng kể. Năm 2004, mặc dù các doanh nghiệp Nhật Bản đầu tư trực tiếp vào Trung Quốc tới 5,45 tỷ USD, tăng 9,1 so với năm 2003, nhưng đầu tư trực tiếp của Hàn Quốc vào Trung Quốc cùng kỳ tăng 39,2%, đạt 6,25 tỷ USD, lần đầu tiên vượt qua Nhật Bản. Tuy năm 2005, Nhật Bản đầu tư vào Trung Quốc 6,572 tỷ USD, tăng 12% so với cùng kỳ, nhưng điều đáng chú ý là chiến lược đầu tư ra nước ngoài của một số doanh nghiệp lớn của Nhật Bản đã thay đổi, nhiều người cho rằng đầu tư vào Trung Quốc dễ gặp rủi ro về chính trị, đây hiển nhiên cũng là những ảnh hưởng tiêu cực tới quan hệ kinh tế do quan hệ chính trị ngày càng xấu đi[45, Tr.22].
Viện trợ phát triển (ODA) của Nhật Bản cho Trung Quốc cũng bị chững lại trong giai đoạn này. Các khoản viện trợ ODA của Nhật Bản dành cho Trung Quốc thực sự đã phát huy tác dụng quan trọng trong việc thúc đẩy sự phát triển kinh tế của Trung Quốc. Trước sự "trỗi dậy" của Trung Quốc, phía Nhật Bản có ý kiến lo ngại cho rằng "Nhật Bản cung cấp vốn đã gián tiếp tăng cường sức mạnh quân sự của Trung Quốc". Và có người cho rằng việc Trung Quốc "xâm phạm nhân quyền ở Tây Tạng" đã vi phạm nguyên tắc viện trợ ODA của Nhật Bản. Vụ Trung Quốc phóng thành công tên lửa Thần Châu cũng làm cho người Nhật nghi ngại…Chủ trương cắt giảm ODA với Trung Quốc được đưa ra. Thực tế cho thấy từ năm 2003, viện trợ ODA của Nhật Bản ở Trung Quốc đã giảm khoảng 20%/năm. Năm 2003, số tiền Nhật Bản cho Trung Quốc vay chỉ bằng 45,1% của năm 2000, đứng sau Ấn Độ và Indonesia[4, Tr.273]. Đặc biệt trong Sách Trắng viện trợ ODA của Chính phủ Nhật Bản năm 2004 có ghi rõ: căn cứ vào tình hình trong nước tồn tại sự phê bình nghiêm khắc đối với động thái quân sự của Trung Quốc, đang đẩy nhanh việc sửa đổi chính sách ODA đối với Trung Quốc. Bản thân Thủ tướng Koizumi cũng đã biểu thị ý định sẽ ngừng các khoản viện trợ ODA cho Trung Quốc.
Có thể thấy rằng, quan hệ kinh tế giữa Nhật Bản - Trung Quốc trong những năm 2001 - 2006 bị ảnh hưởng không nhỏ bởi bầu không khí chính trị - ngoại giao giữa hai nước.