- Quan hệ văn hóa
6 Bà Megumi Yokota bị bắt cóc vào năm 1977 khi mới 13 tuổi Bình Nhưỡng khẳng định rằng bà là một trong số 8 nạn nhân thiệt mạng và đã trao tro của bà vào tháng 11/2004 Nhưng sau đó, kết quả phân tích
kết quả là hầu như đã phá vỡ được những bế tắc trong quan hệ hai nước, tạo ra được đường đi cho việc khôi phục bình thường hóa quan hệ hai nước. Tại đây, Thủ tướng Koizumi đã cam kết với nhà lãnh đạo CHDCND Triều Tiên rằng Nhật Bản sẽ viện trợ cho Bình Nhưỡng 250.000 tấn lương thực và viện trợ y tế trị giá 10 triệu USD, đồng thời cũng cho biết không có ý định trừng phạt kinh tế đối với CHDCND Triều Tiên chừng nào CHDCND Triều Tiên còn tôn trọng "Tuyên bố Bình Nhưỡng Nhật - Triều" mà hai bên đã ký với nhau. Tuy nhiên, Nhật Bản và CHDCND Triều Tiên vẫn bất đồng trong vấn đề điều tra người Nhật Bản bị mất tích ở CHDCND Triều Tiên, quan hệ 2 nước lại rời vào cục diện bế tắc.
Năm 2005 và 2006, tuy Nhật Bản và CHDCND Triều Tiên đã nối lại các cuộc đàm phán về bình thường hoá quan hệ giữa hai nước nhưng các cuộc gặp này vẫn không tạo ra tiến triển nào trong việc giải quyết các vấn đề như bắt cóc, hạt nhân, tên lửa hay các vấn đề khác liên quan đến nền hòa bình và an ninh ở Đông Bắc Á. Những vấn đề gai góc như thiết lập quan hệ ngoại giao và giải quyết vấn đề hạt nhân còn xa vời trong quan hệ hai nước.
Tuy quan hệ chính trị - ngoại giao hai nước chưa được khai thông song trong quan hệ kinh tế, Nhật Bản vẫn là đối tác thương mại lớn thứ hai của CHDCND Triều Tiên, chỉ đứng sau Trung Quốc, một phần là nhờ cộng đồng thiểu số người Triều Tiên tại Nhật Bản. Do những căng thẳng trong quan hệ chính trị những năm đầu thế kỷ XXI, kim ngạch mậu dịch hai chiều đã giảm đáng kể. Nhật Bản đã đứng sau Trung Quốc, Hàn Quốc và Thái Lan trong quan hệ kinh tế với Bình Nhưỡng. Đặc biệt, trước việc CHDNCND Triều Tiên khởi động lại các lò phản ứng hạt nhân, Nhật Bản tăng số lượng mặt hàng hạn chế xuất khẩu sang CHDCND Triều Tiên từ 3 lên 17 mặt hàng, ngừng xuất khẩu sang CHDCND Triều Tiên những sản phẩm có thể bị dùng vào việc chế tạo tên lửa và vũ khí hủy diệt quy mô lớn, tăng cường mức độ
kiểm tra các doanh nghiệp có liên quan đến CHDCND Triều Tiên và ngăn chặn nguy cơ chuyển ma túy, tiền giả từ CHDCND Triều Tiên sang Nhật Bản. Điều này càng ảnh hưởng đến quan hệ thương mại giữa hai nước.
Có thể thấy, trong quan hệ với CHDCND Triều Tiên, phải thừa nhận nỗ lực tìm cách khai thông quan hệ ngoại giao với CHDCND Triều Tiên của Thủ tướng Koizumi. Tuy nhiên, các cuộc thử tên lửa của CHDCND Triều Tiên làm nổi bật nỗi lo ngại của Nhật Bản về ý định quân sự của CHDCND Triều Tiên, và cuộc tranh cãi về việc Bình Nhưỡng bắt cóc công dân Nhật Bản đã làm cứng rắn thêm thái độ của Nhật Bản đối với CHDCND Triều Tiên. Hơn nữa, quan hệ hai nước cũng bị chi phối từ các yếu tố bên ngoài. Đó là tình hình đối đầu quan hệ giữa Mỹ và CHDCND Triều Tiên và áp lực của Mỹ đối với Nhật Bản cũng trói buộc Nhật Bản trong việc phát huy tự do ngoại giao đối với CHDCND Triều Tiên. Do chỉ có thể dựa vào Liên minh Mỹ - Nhật để ngăn chặn khả năng CHDCND Triều Tiên phát động tấn công Nhật Bản, trong chính sách đối với vấn đề hạt nhân của CHDCND Triều Tiên, Nhật Bản buộc phải dựa vào lập trường cứng rắn của Mỹ, đồng tình ủng hộ cấm vận kinh tế đối với CHDCND Triều Tiên. Mặt khác, Nhật Bản lo ngại trước sự lớn mạnh về tiềm lực và vị trí quốc tế của Trung Quốc, cũng như ảnh hưởng ngày càng tăng của Trung Quốc tại bán đảo Triều Tiên. Nhật Bản sẽ tận dụng cơ hội thực hiện bình thường hóa quan hệ với CHDCND Triều Tiên để viện trợ kinh tế quy mô lớn và hợp tác với CHDCND Triều Tiên, đảm bảo chắc chắn có ảnh hưởng lớn đối với CHDCND Triều Tiên, làm chậm lại tiến trình thống nhất bán đảo Triều Tiên, nhằm ngăn chặn một Triều Tiên thống nhất, lớn mạnh tạo thành mối đe dọa đối với Nhật Bản và cuối cùng nghiêng về phía Trung Quốc.
* Vấn đề hạt nhân trên bán đảo Triều Tiên
Lần thứ hai trong 10 năm, bán đảo Triều Tiên lại bị bao trùm bởi một cuộc khủng hoảng nghiêm trọng xuất phát từ sự phát triển hạt nhân của CHDCND Triều Tiên, hậu quả của nó không chỉ ảnh hưởng tới bán đảo, mà còn đến toàn khu vực Đông Á, nhất là các nước Đông Bắc Á, trong đó có Nhật Bản. Cuộc khủng hoảng hạt nhân được đánh giá là nghiêm trọng hơn nhiều so với cuộc khủng hoảng trước vào năm 1993-19947
. Với cuộc khủng hoảng lần này, CHDCND Triều Tiên đã đến gần hơn nhiều việc mở rộng về thực chất những khả năng hạt nhân của mình.
Cuộc khủng hoảng lần này bắt đầu năm 2002, khi Mỹ cáo buộc CHDCND Triều Tiên vẫn tiếp tục theo đuổi chương trình tên lửa đạn đạo và năng lượng hạt nhân. Đáp lại, CHDCND Triều Tiên tuyên bố sẽ cho phép phái đoàn thanh sát viên vũ khí LHQ kiểm tra các cơ sở hạt nhân đã không còn hoạt động. Tuy nhiên trước việc Mỹ tiếp tục cáo buộc CHDCND Triều Tiên có vũ khí hạt nhân và dọa dừng viện trợ, Chính phủ Triều Tiên đã bác bỏ đề nghị mở các cơ sở hạt nhân để phái đoàn thanh sát vũ khí LHQ kiểm tra.
Ngày 10/1/2003, CHDCND Triều Tiên tuyên bố rút khỏi Hiệp ước không phổ biến vũ khí hạt nhân (NPT) và sau đó tái vận hành các cơ sở hạt nhân. Một loạt các cuộc thử nghiệm được tiến hành: phóng tên lửa lần thứ nhất sang vùng hải phận giữa Hàn Quốc và Nhật Bản (24/2/2003) và tiếp tục phóng tên lửa lần thứ hai cũng tại địa điểm đó vào ngày 10/3/2003. Ngày 12/5/2003, CHDCND Triều Tiên tuyên bố phá vỡ Hiệp định 1992 ký kết với Hàn Quốc về việc duy trì bán đảo Triều Tiên thành một khu vực không có vũ