1. 2 Thời kỳ từ năm 1945 đến 1975
3.3.1. Phân bố theo hệ sinh thái thủy vực
Hạ lưu sông Đồng Nai có 02 dạng thuỷ vực chiếm ứu thế:
Thuỷ vực nước chảy: đó là các thuỷ vực dạng sông, kênh rạch nối liền giữa chúng. Đây là loại thuỷ vực chiếm ưu thế ở hạ lưu sông Đồng Nai. Do đó, đa số các loài cá thuộc bộ cá nheo thu được ở hạ lưu sông Đồng Nai đều sống ở sông và kênh rạch. Các sông, kênh rạch ở vùng hạ lưu sông Đồng Nai phụ thuộc chặt chẽ vào chề độ thuỷ triều và dòng chảy từ thượng nguồn đổ về. Lưu lượng dòng chảy trên sông cũng phụ thuộc vào thuỷ triều và dòng chảy thượng nguồn.
Trước khi chưa xây dựng hồ Dầu Tiếng và hồ Trị An, dòng chảy ở vùng HTSĐN phụ thuộc vào mùa rõ rệt. Vào mùa mưa, do lượng mưa lớn ở thượng nguồn, tạo nên dòng chảy mạnh từ thượng nguồn đổ về và đẩy dòng chảy thuỷ triều ra xa vùng hạ lưu, và các loài cá vùng thượng nguồn có điều kiện di cư xuống hạ lưu. Và ngược lại trong mùa khô, lượng nước ở thượng nguồn hạn chế nên thuỷ triều có xu hướng xâm nhập sau vào trong đất liên. Theo các nghiên cứu trước khi hình thành hồ Dâu Tiếng cho rằng, khi chưa có hồ Dầu Tiếng, tại khu vực Dầu Tiếng (Bình Dương) có thể quan sát được dòng chảy của thuỷ triều trong mùa khô [14].
Từ khi hình thành hồ Dầu Tiếng và hồ Trị An tới nay, dòng chảy ở vùng hạ lưu sông Đồng Nai có những biến đổi nhất định. Quy luật dòng chảy phụ thuộc mùa trước đây đã bị biến đổi và thay vào đó là dòng chảy có điều tiết. Trong mùa mưa, nguồn nước một phần bị giữ lại trong hai hồ chứa này nên làm cho nguồn nước ở hạ lưu trong mùa mưa ít lại, ngược lại trong mùa khô, sự xả nước của các hồ chứa đã làm tăng dòng chảy ở hạ lưu. Chính sự điều tiết này đã làm thay đổi hệ sinh thái hạ lưu. Nhiều loài cá có xu hướng di cư theo dòng chảy từ thượng nguồn về trong mùa khô đã không còn xuất hiện, hoặc có xu hướng giảm. Ngược lại một số loài cá di cư từ biển vào trong mùa khô hiện nay có xu hướng xuất hiện quanh năm trong khu vực hạ lưu sông này.
Trong 38 loài thuộc bộ cá nheo ghi nhận được ở HLSDN , phần lớn là các loài có đời sống thích nghi với điều kiện sông kênh, rạch, chỉ có 02 loài có thể sống trong điều kiện ao hồ nước tĩnh là cá trê vàng (Clarias macrocephalus) và cá trê trắng (Clarias batrachus).