Quá trình thu nhận chế phẩm CS thô từ sụn có thể được thực hiện bằng phương pháp hoá học hoặc phương pháp sinh học (dùng enzym) để thuỷ phân sụn.
Trong phương pháp hoá học mô sụn được xử lý bằng nước nóng, dung dịch
muối, kiềm (NaOH) hoặc acid (HCl, CH3COOH...) để tách GAG khỏi các phân tử
khác (protein, hyaluronic acid…). Phương pháp này đã áp dụng để thu CS từ sụn gà, sụn bò tuy nhiên, đã xuất hiện việc phá vỡ các liên kết glycoside của CS khi thu nhận CS.
Phương pháp sinh học dùng enzym để thuỷ phân mô sụn là phương pháp có hiệu quả để thu nhận CS không bị biến đổi về cấu trúc, giữ được hoạt tính sinh học của chúng và làm giảm thiểu ô nhiễm môi trường do các hoá chất (muối, kiềm, acid...) gây nên. Nhiều nghiên cứu đã sử dụng các protease (papain, actinase, pronase…) để thuỷ phân sụn giải phóng GAG khỏi các protein liên kết. Sau khi loại bỏ protein thì CS được tách ra và tinh sạch. Phương pháp này đã được dùng để thu nhận GAG từ da cá Labeo rohita , cá mập, cá sấu, cá đuối...
Các chuỗi dài hydrophilic polymers GAG không tan trong ethanol, cetone và methanol, vì vậy có thể sử dụng các dung môi này để thu CS thô. Một số nghiên cứu cho thấy ethanol 60-70% tủa được hàm lượng CS cao nhất và tách CS với một số polysaccharide khác [22].
Chế phẩm CS thô thu được còn chứa một lượng tạp chất nào đó như collagen, cặn protein, hyaluronic acid, muối khoáng... Cho nên cần phải tiến hành các bước tinh sạch tiếp theo để loại các tạp chất trên. Để thu CS có thể sử dụng các muối của ammonium như cetylpyridium chloride (CPC) hoặc cetyltrimethylamnonium bromide (CTAB) để tạo phức tủa với các GAG và các polysacharid khác, các collagen phần lớn sẽ bị loại bỏ trong giai đoạn này . Các GAG gốc sulfate thấp trong phức hợp tủa CPC-GAG và CTAB- GAG đó sẽ bị hòa tan trong một số muối NaCl hoặc KCl nồng độ thấp (0,3-0,4M). Sau khi loại bỏ các GAG gốc sulfate thấp như hyaluronic acid, chỉ còn lại tủa CPC- GAG và CTAB- GAG chứa các GAG gốc sulfate cao, chủ yếu là CS.
CS trong phức tủa CPC-GAG và CTAB-GAG sẽ được hòa tan phần lớn trong
các muối nồng độ cao (0,9-2,0M KCl; 2,0M NaCl; 1N MgCl2 và 0,7N-1,5M
CS tinh khiết. Scott đã mô tả cụ thể về phương pháp này và đây cũng là phương pháp hiệu quả để tách và tinh sạch các loại polysaccharide và nucleic acid [10].
Vì CS là một polyanion có điện tích âm (-) rất cao, nên CS rất dễ liên kết và bám dính trên các cột sắc ký. Vì vậy, còn có thể tinh sạch CS bằng sàng lọc phân tử nhờ các cột sắc ký trao đổi ion (DEAE-Sephacel, DOWEX 50...) hoặc bằng sắc ký lọc gel (Sepharose CL-6B, Sephacryl S-300...) [22].