Thƣờng thì các chất chuyển hóa thứ cấp trong cây có độ phân cực khác nhau. Đôi khi để tạo ra độ phân cực của dung môi thích hợp ngƣời ta không chỉ dùng đơn thuần một loại dung môi mà phải phối hợp một tỉ lệ nhất định để tạo ra một hệ dung môi mới. Tuy nhiên những thành phần tan trong nƣớc ít khi đƣợc quan tâm. Dung môi dùng cho quá trình chiết cần phải đƣợc lựa chọn hết sức cẩn thận. Nó cần hòa tan những chất chuyển hóa thứ cấp đang nghiên cứu, dễ dàng đƣợc loại bỏ, có tính trơ (không phản ứng với chất nghiên cứu) không độc, không dễ bốc cháy. Những dung môi này nên đƣợc chƣng cất để thu đƣợc dạng sạch trƣớc khi sử dụng nếu chúng có lẫn các chất khác có thể ảnh hƣởng tới hiệu quả và chất lƣợng của quá trình chiết. Thƣờng có một số chất dẻo lẫn trong dung môi nhƣ các diankyl phtalat, tri-n-butyl- axetynitat và tributylphotphat. Những chất này có thể lẫn với dung môi trong quá trình sản xuất dung môi hoặc khâu bảo quản nhƣ các thùng chứa bằng nhựa hoặc các nút nhựa
Methanol và clorofooc thƣờng chứa dioctylphotphtalat [di-(2- etylhexyl) phtalat hoặc bis-2-etylhexyl-phtalat]. Chất này làm sai lệch kết quả phân lập trong quá trình nghiên cứu hóa thực vật. Chất này còn thể hiện hoạt tính trong quá trình thử nghiệm sinh học và có thể làm bẩn dịch chiết của cây. Clorofooc, metylen clorit và methanol là những dung môi thƣờng đƣợc lựa chọn trong quá trình chiết sơ bộ một phần của cây (nhƣ lá, rễ, thân, củ)
Hà Thị Tuyết 27 K34B-Hóa học
Những tạp chất của clorofooc nhƣ CH2Cl2, CH2ClBr có thể phản ứng với một vài hợp chất nhƣ các ankanoit tạo ra muối bậc bốn và các sản phẩm khác tƣơng tự nhƣ vậy có một lƣợng nhỏ axit HCl cũng có thể gây ra sự phân hủy, sự khử nƣớc hay sự đồng phân hóa với các hợp chất khác. Bởi clorofooc có thể gây tổn thƣơng cho gan và thận nên nó cần đƣợc thao tác khéo léo cẩn thận ở nơi thông thoáng và phải đeo mặt nạ phòng độc. Metylen clorit độc hơn và dễ bay hơi hơn clorofooc.
Methanol và etanol 80% là những dung môi phân cực hơn các hidrocacbon thế clo. Ngƣời ta cho rằng các dung môi thuộc nhóm rƣợu sẽ thấm tốt hơn qua màng tế bào nên quá trình chiết với các dung môi này sẽ thu đƣợc lƣợng lớn các thành phần trong tế bào.
Trái lại clorofooc khả năng phân cực thấp hơn có thể rửa giải các chất nằm ngoài tế bào. Các ancol phần lớn là các chất chuyển hóa phân cực cùng với các hợp chất phân cực trung bình và thấp vì vậy khi chiết bằng ancol thì các chất này cũng bị hòa tan đồng thời. Thông thƣờng dung môi cồn trong nƣớc dƣờng nhƣ là dung môi tốt nhất cho quá trình chiết sơ bộ.
Tuy nhiên thì cũng có một vài sản phẩm mới đƣợc tạo thành khi dùng methanol trong suốt quá trình chiết. Ví dụ nhƣ trechlonolide A thu đƣợc từ Trechonaetes laciniata đƣợc chuyển hóa thành trechlonolide B bằng quá trình metyl hóa khi đun nóng với methanol chứa một ít axit và quá trình phân hủy 1-hidroxytropacocain cũng xảy ra khi erythoxy novogranatense đƣợc chiết trong methanol nóng.
Ngƣời ta thƣờng ít sử dụng nƣớc để thu đƣợc dịch chiết thô từ lá cây mà thả vào đó là dung dịch nƣớc của methanol.
Đietyl ete hiếm khi đƣợc sử dụng cho quá trình chiết thực vật vì nó rất dễ bay hơi, dễ bốc cháy và độc đồng thời nó có xu hƣớng tạo ra peroit dễ nổ, peroxit của đietyl ete dễ gây ra phản ứng oxi hóa với những hợp chất không
Hà Thị Tuyết 28 K34B-Hóa học
có khả năng tạo cholesterol nhƣ các carotenoid. Tiếp đến là axeton cũng có thể tạo thành exetonit nếu 1,2-cis-diol có mặt trong môi trƣờng axit. Quá trình chiết dƣới điều kiện axit hoặc bazơ thƣờng đƣợc sử dụng đối với quá trình phân tách đặc trƣng, cũng có khi sử dụng các dịch chiết bằng axit, bazơ có thể tạo ra các sản phẩm mong muốn.
Sự hiểu biết về những đặc tính của những chất chuyển hóa thứ cấp trong cây đƣợc chiết sẽ rất quan trọng để từ đó lựa chọn dung môi thích hợp cho quá trình chiết tránh đƣợc sự phân hủy chất bởi dung môi và quá trình tạo thành chất mong muốn.
Sau khi chiết thành dung môi đƣợc cất ra bằng máy cất quay ở nhiệt độ không quá 300C – 400C, với một vài hóa chất có thể thực hiện ở nhiệt độ cao hơn.