Một trong những yêu cầu của quá trình thực hiện CEPT/AFTA hướng tới hình thành đồng tiền chung là phải điều chỉnh hệ thống thuế, mà quan trọng nhất là thuế xuất khẩu, nhập khẩu. Đồng thời, hệ thống thuế của Việt Nam hiện nay vẫn còn nhiều điểm chưa hợp lý cần phải sửa đổi và hoàn thiện.
Việc điều chỉnh hệ thống thuế phải đáp ứng một số nguyên tắc:
- Điều chỉnh hệ thống thuế của Việt Nam phải thúc đẩy quan hệ thương mại giữa Việt Nam và các nước trong khu vực ASEAN, tăng cường sức cạnh tranh so với các nước trong khu vực để thu hút đầu tư nước ngoài.
- Phát huy nội lực của nền kinh tế và đóng góp nguồn thu cho ngân sách Nhà nước. Việc cắt giảm thuế nhập khẩu theo cam kết phải đi cùng với việc điều chỉnh các loại thuế nội địa hợp lý hơn, chống thất thu thuế để không ảnh hưởng đến nguồn thu ngân sách Nhà nước.
- Thuế xuất khẩu, nhập khẩu phải là công cụ điều tiết xuất nhập khẩu để tiến tới bỏ hạn chế xuất nhập khẩu theo hạn ngạch và định hướng.
Những điều chỉnh về chính sách thuế được xác định theo hai mục tiêu chính: cố gắng hạn chế phần giảm thu ngân sách khi thực hiện các cam kết về giảm thuế nhập khẩu, đồng thời sử dụng hệ thống thuế như một công cụ kinh tế vĩ mô để khuyến khích sản xuất và xuất khẩu, góp phần nâng cao khả năng cạnh tranh của hàng hóa Việt Nam. Hai mục tiêu này cần được thực hiện thông qua toàn bộ hệ thống thuế vì tác động đến các nhà sản xuất và xuất khẩu không chỉ có thuế xuất khẩu, nhập khẩu mà cả các loại thuế khác.
Trước hết, hệ thống thuế cần phải được điều chỉnh một cách toàn diện, khắc phục những bất cập của tất cả các sắc thuế nhằm hạn chế thất thu thuế cho ngân
sách Nhà nước, đồng thời tạo sự công bằng cho các doanh nghiệp, thúc đẩy sản xuất trong nước phát triển.
Trong thời gian qua, chính sách thuế, với vai trò là công cụ quản lý vĩ mô trong nền kinh tế đã thể hiện rất rõ sự ưu đãi, tạo điều kiện thuận lợi cho các doanh nghiệp giảm chi phí sản xuất, kinh doanh hàng xuất khẩu, tăng khả năng cạnh tranh của hàng hoá Việt Nam trên thị trường quốc tế, khuyến khích đầu tư vốn vào sản xuất chế biến hàng xuất khẩu, bước đầu thúc đẩy chuyển dịch cơ cấu xuất khẩu theo hướng: giảm xuất khẩu hàng nguyên liệu thô, tăng xuất khẩu hàng hoá đã qua chế biến có giá trị gia tăng cao, tận dụng nguyên liệu và lao động trong nước. Tuy nhiên, những thành tựu nói trên vẫn còn thấp so với tiềm năng và khả năng phát triển của nước ta. Để tiếp tục khuyến khích đầu tư sản xuất trong nước, khuyến khích xuất khẩu, đón trước quá trình hội nhập và hạn chế tối đa các bất lợi cho sản xuất trong nước khi trở thành thành viên AFTA cũng như WTO, trong thời gian tới chính sách thuế nên điều chỉnh theo hướng sau:
- Tiếp tục mở rộng những ưu đãi về thuế gián thu (cụ thể là áp dụng thuế suất 0% thuế giá trị gia tăng, không thu thuế xuất khẩu và thuế tiêu thụ đặc biệt với hầu hết hàng xuất khẩu, không thu thuế giá trị gia tăng, xử lý hoàn thuế giá trị gia tăng, thuế nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt đối với nguyên liệu và máy móc, thiết bị nhập khẩu dùng để gia công, sản xuất hàng xuất khẩu,...) tạo điều kiện cho các doanh nghiệp giảm giá thành của hàng hoá xuất khẩu, tăng sức cạnh tranh về giá của hàng hoá Việt Nam so với các nước khác trong khu vực. Theo đó, sẽ thu hẹp mặt hàng chịu thuế xuất khẩu, tiến tới chỉ thu thuế xuất khẩu đối với dầu thô, đá quý, kim loại và phế liệu kim loại, da trâu bò sống, một số sản phẩm gỗ sơ chế. Đối những mặt hàng còn tiếp tục thu thuế xuất khẩu sẽ tiếp tục được nghiên cứu xử lý theo hướng giảm bớt mức thuế suất thuế xuất khẩu. Tiếp tục áp dụng thuế giá trị gia tăng 0% và hoàn thuế nhập khẩu nguyên liệu đầu vào
của những hàng hoá và dịch vụ xuất khẩu vào các Khu chế xuất, thúc đẩy việc xuất khẩu sản phẩm nội địa vào Khu chế xuất.
- Duy trì và tăng mức ưu đãi về thuế trực thu đối với các nhà đầu tư sản xuất, chế biến hàng xuất khẩu, đặc biệt là đối với những ngành Việt Nam có lợi thế về nguồn nguyên liệu và lao động. Ví dụ, những doanh nghiệp có tỷ trọng sản phẩm xuất khẩu cao và sử dụng nhiều nguyên liệu trong nước sẽ được áp dụng thuế suất ưu đãi hoặc miễn giảm thuế thu nhập doanh nghiệp, thuế sử dụng đất. Thực hiện bảo hộ có chọn lọc, có hiệu quả để thúc đẩy chuyển dịch cơ cấu đầu tư theo hướng hiệu quả nhằm tận dụng lợi thế so sánh, nâng cao sức cạnh tranh của các doanh nghiệp sản xuất trong nước để tiến tới mở rộng xuất khẩu sản phẩm ra thị trường nước ngoài.
Trước mắt, các cơ quan chức năng sẽ nghiên cứu để tăng thuế suất thuế nhập khẩu những mặt hàng cần khuyến khích đầu tư trong tương lai, giảm thuế suất thuế nhập khẩu một số mặt hàng đã được bảo hộ trong thời gian dài nhưng chưa phát triển nhằm thúc đẩy các doanh nghiệp nâng cao sức cạnh tranh hàng hóa của Việt Nam với các nước trong khu vực, hiện tại là chiếm lĩnh thị trường xuất khẩu đã có, tiến tới mở rộng thị trường xuất khẩu mới và tăng dần tỷ trọng xuất khẩu những thị trường quen thuộc. Việc điều chỉnh thuế suất này phải tính đến các cam kết cắt giảm thuế quan CEPT của Việt Nam, nhưng nói chung khi xây dựng các Danh mục hàng hoá của Việt Nam, các cơ quan chức năng đã tính tới vấn đề bảo hộ cho các ngành sản xuất trong nước.
Biểu thuế nhập khẩu cần được đơn giản hoá các mức thuế tức là giảm dần số lượng các mức thuế suất khác nhau. Việc này sẽ tạo điều kiện quản lý tốt hơn, tránh thất thu thuế. Đồng thời, giảm mức chênh lệch giữa biểu thuế ưu đãi và đặc biệt ưu đãi để hạn chế sự lệch lạc về nguồn nhập khẩu từ những nước được hưởng ưu đãi thuần tuý về thuế nhập khẩu mà ít dựa trên chất lượng và tính năng sử dụng của hàng hóa. Hơn nữa, cần có chính sách miễn giảm thuế hợp lý. Hiện
nay, vẫn còn một số mặt hàng được xét miền giảm thuế theo mục đích sử dụng và những mục tiêu cần ưu tiên hỗ trợ. Các quy định về xét miễn giảm thuế quá phức tạp. Điều này dễ gây ra tình trạng gian lận, khai sai mục đích sử dụng để được hưởng ưu đãi, gây thất thu cho ngân sách. Vì vậy, cần quy định các trường hợp miễn giảm một cách rõ ràng và khoa học hơn. Nên chăng, với những mục tiêu cần ưu tiên, hỗ trợ, Nhà nước nên trợ cấp qua ngân sách, không nên sử dụng công cụ thuế để trợ giá.