Hiện nay, phòng giao dịch đang sử dụng hai phương pháp thẩm định là Phương pháp so sánh đối chiếu và Phương pháp dự báo. Tuy càng ngày công nghệ sử dụng trong các phương pháp này càng được nâng cao nhưng cũng không tránh khỏi một số hạn chế. Đó là:
- Đối với phương pháp so sánh đối chiếu: Theo như phân tích ở trên, phương pháp này là phương pháp cổ điển, thường được sử dụng trong thẩm định dự án đầu tư. Tuy nhiên, phương pháp này còn có hạn chế đó là chỉ được áp dụng trong một phần nhỏ của quy trình thẩm định. Điều này làm hạn chế đi sự chính xác của phương pháp, chưa nêu ra được kết quả chung của toàn dự án. Vì vậy, để khắc phục thì cần coi so sánh đối chiếu là một phương pháp
thẩm định riêng biệt, ngang hàng với các phương pháp khác. Có thể thời gian đầu sẽ gặp khó khăn vì số lượng cũng như chủng loại dự án đến vay vốn tại Phòng giao dịch chưa nhiều nên sự so sánh đối chiếu còn khập khiễng. Nhưng sau một thời gian, cùng với sự phát triển của Phòng giao dịch, số lượng và chủng loại dự án đến vay vốn cũng tăng theo, làm cho phương pháp này ngày càng chính xác hơn.
Một lưu ý nữa là cán bộ thẩm định cũng cần so sánh đối chiếu một cách linh hoạt. Nguyên nhân vì không dự án nào giống hoàn toàn với dự án nào, vì vậy các chỉ số của chúng cũng khác nhau. Cán bộ thẩm định chỉ được tham khảo các dự án trước để tìm ra phương hướng thẩm định cũng như có được một hình dung chung nhất về dự án đang thẩm định. Không được áp dụng một cách tuyệt đối các chỉ số của dự án này đối với dự án kia.
- Đối với phương pháp dự báo: Phương pháp này sử dụng phần mềm T24 làm cốt lõi. Đây là phần mềm ngân hàng được coi là tiên tiến nhất hiện nay. Vì vậy có ít khuyết điểm đối với phương pháp này. Điều cần thiết nhất trong việc sử dụng phương pháp này là việc thu thập số liệu phục vụ cho dự báo phải đạt được độ chính xác cần thiết. Có như vậy thì kết quả dự báo của phương pháp mới phản ánh đúng thực tế. Đồng thời, cán bộ thẩm định không được coi phương pháp này là phương pháp tốt nhất, thay thế cho toàn bộ các phương pháp khác. Như vậy, kết quả dự báo sẽ có thể có sai lệch mà các cán bộ không thể biết được.
- Cần có thêm một số phương pháp thẩm định khác để tiến hành so sánh kết quả giữa chúng với nhau. Nếu chỉ sử dụng 2 phương pháp thì quyết định đưa ra không thể chính xác và chắc chắn bằng việc sử dụng 3, 4 phương pháp. Một số phương pháp có thể áp dụng thêm đó là Phương pháp phân tích độ nhạy, phương pháp phân tích dựa vào giá trị thời gian của tiền…