a. Thí nghiệm 1: Khảo sát tính đặc hiệu của cặp mồi pmi trên các loại cây trồng
4.1.2.Thiết kế cặp mồi pmi
Dựa trên cơ sở dữ liệu từ ngân hàng gen của NCBI, trình tự của pmi với
Accession number: M15380 có nguồn gốc từ gen phosphomannose-isomerase của vi
khuẩn E.coli với toàn bộ trình tự là 1176 bp. Từ trình tự đã sử dụng phần mềm DNAMAN version 4.0 để thiết kế 2 cặp mồi. Kết quả thiết kế cho thấy ở cặp mồi pmi1 đọan mồi xuôi với 19 nucleotide bắt đầu tại vị trí 421 và đoạn mồi ngược với 19
nucleotide bắt đầu tại vị trí 821, theo tính toán lý thuyết thì đoạn mồi này sẽ khuếch
Mồi xuôi
đại một đoạn DNA có kích thước 400bp. Đối với cặp mồi pmi2 đọan mồi xuôi với 20
nucleotide bắt đầu tại vị trí 131 và đoạn mồi ngược với 20 nucleotide bắt đầu tại vị trí
984, theo tính toán lý thuyết thì đoạn mồi này sẽ khuếch đại một đoạn DNA có kích
thước 853bp.
1 ATGCAAAAAC TCATTAACTC AGTGCAAAAC TATGCCTGGG GCAGCAAAAC GGCGTTGACT
61 GAACTTTATG GTATGGAAAA TCCGTCCAGC CAGCCGATGG CCGAGCTGTG GATGGGCGCA
121 CATCCGAAAA GCAGTTCACG AGTGCAGAAT GCCGCCGGAG ATATCGTTTC ACTGCGTGAT
181 GTGATTGAGA GTGATAAATC GACTCTGCTC GGAGAGGCCG TTGCCAAACG CTTTGGCGAA
241 CTGCCTTTCC TGTTCAAAGT ATTATGCGCA GCACAGCCAC TCTCCATTCA GGTTCATCCA
301 AACAAACACA ATTCTGAAAT CGGTTTTGCC AAAGAAAATG CCGCAGGTAT CCCGATGGAT
361 GCCGCCGAGC GTAACTATAA AGATCCTAAC CACAAGCCGG AGCTGGTTTT TGCGCTGACG
421 CCTTTCCTTG CGATGAACGC GTTTCGTGAA TTTTCCGAGA TTGTCTCCCT ACTCCAGCCG
481 GTCGCAGGTG CACATCCGGC GATTGCTCAC TTTTTACAAC AGCCTGATGC CGAACGTTTA
541 AGCGAACTGT TCGCCAGCCT GTTGAATATG CAGGGTGAAG AAAAATCCCG CGCGCTGGCG
601 ATTTTAAAAT CGGCCCTCGA TAGCCAGCAG GGTGAACCGT GGCAAACGAT TCGTTTAATT
661 TCTGAATTTT ACCCGGAAGA CAGCGGTCTG TTCTCCCCGC TATTGCTGAA TGTGGTGAAA
721 TTGAACCCTG GCGAAGCGAT GTTCCTGTTC GCTGAAACAC CGCACGCTTA CCTGCAAGGC
781 GTGGCGCTGG AAGTGATGGC AAACTCCGAT AACGTGCTGC GTGCGGGTCT GACGCCTAAA
841 TACATTGATA TTCCGGAACT GGTTGCCAAT GTGAAATTCG AAGCCAAACC GGCTAACCAG
901 TTGTTGACCC AGCCGGTGAA ACAAGGTGCA GAACTGGACT TCCCGATTCC AGTGGATGAT
961 TTTGCCTTCT CGCTGCATGA CCTTAGTGAT AAAGAAACCA CCATTAGCCA GCAGAGTGCC
1021 GCCATTTTGT TCTGCGTCGA AGGCGATGCA ACGTTGTGGA AAGGTTCTCA GCAGTTACAG
1081 CTTAAACCGG GTGAATCAGC GTTTATTGCC GCCAACGAAT CACCGGTGAC TGTCAAAGGC
1141 CACGGCCGTT TAGCGCGTGT TTACAACAAG CTGTAA