Bƣớc 1: Hệ thống TINTC tiếp nhận thông tin đăng ký đơn vị trực thuộc từ hệ thống ĐKKDQG truyền sang.
Các doanh nghiệp đang hoạt động gửi Thông báo về việc thành lập chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh tại Phòng ĐKKD, Sở KH-ĐT TPHCM để đăng ký thành lập đơn vị trực thuộc.
Hồ sơ hợp lệ đƣợc tiếp nhận. Cán bộ nhận hồ sơ nhập thông tin vào hệ thống dữ liệu thông tin doanh nghiệp - Hệ thống ĐKKDQG. Hệ thống ĐKKDQG truyền sang Hệ thống ĐKT của Tổng cục Thuế với yêu cầu cấp mã số 13 số cho đơn vị trực thuộc.
Bƣớc 2: Hệ thống TINTC tiến hành kiểm tra địa bàn hành chính của đơn vị chủ quản và chuyển dữ liệu về Cục thuế.
Nếu đơn vị trực thuộc cùng địa bàn tỉnh với đơn vị chủ quản, truyền thông
tin về Cục Thuế. Nếu đơn vị trực thuộc khác địa bàn với đơn vị chủ quản, Hệ thống ĐKT của Tổng cục truyền thông tin yêu cầu cấp mã số ĐVTT về Cục Thuế quản lý đơn vị chủ quản
Bƣớc 3: Hệ thống TINC cấp MST hoặc từ chối cấp MST
- Nếu đơn vị trực thuộc cùng địa bàn tỉnh với đơn vị chủ quản Hệ thống ĐKT của Cục Thuế tạo mã số và truyền trả kết quả cho cơ quan ĐKKD giống nhƣ đăng ký doanh nghiệp
Hệ thống ĐKT của Cục Thuế quản lý đơn vị chủ quản thực hiện cấp mã số thuế cho ĐVTT, sau đó truyền mã số thuế này cho Cục Thuế nơi ĐVTT đặt trụ sở. Hệ thống ĐKT của Cục Thuế nơi ĐVTT đặt trụ sở nhận dữ liệu mã số ĐVTT, Bộ phận ĐKT kiểm tra thông tin ĐVTT, thực hiện đăng ký thuế theo đúng quy trình ĐKT hiện hành của ngành Thuế, truyền kết quả đăng ký mã số ĐVTT cho hệ thống ĐKKDQG.
Đối với các trƣờng hợp từ chối cấp mã số 13 số cho ĐVTT, kết quả từ chối kèm theo lý do từ chối cấp mã đƣợc truyền đến cho hệ thống ĐKKDQG.
Bƣớc 4: Chuyển trả kết quả cho cơ quan ĐKKD.
Cơ quan ĐKKD nhận kết quả từ cơ quan thuế, xử lý và trả kết quả về cho doanh nghiệp theo đúng ngày hẹn quy định.
Bƣớc 5: Hệ thống TinC nhận thông tin phản hồi (lần 2) từ hệ thống ĐKKDQG.
Hệ thống ĐKT nhận thông tin xác nhận cấp “Giấy chứng nhận Đăng ký hoạt động và Đăng ký thuế” cho đơn vị trực thuộc từ hệ thống ĐKKDQG truyền sang, cập nhật dữ liệu vào hệ thống ĐKT của ngành Thuế, lấy ngày cấp “Giấy chứng nhận Đăng ký hoạt động và Đăng ký thuế” thay cho ngày cấp mã số thuế ĐVTT, đƣa thông tin ĐVTT lên hệ thống Trang thông tin điện tử của ngành Thuế.
Trƣờng hợp thông tin phản hồi từ hệ thống ĐKKDQG là không đủ điều kiện cấp “Giấy chứng nhận Đăng ký hoạt động và Đăng ký thuế” cho đơn vị trực thuộc, hệ thống ĐKT của Tổng cục Thuế cập nhật thông tin hủy mã số đã cấp đồng thời tại 3 hệ thống: Hệ thống ĐKT cấp Tổng cục, hệ thống ĐKT cấp Cục Thuế nơi quản lý doanh nghiệp chủ quản, hệ thống ĐKT cấp Cục Thuế nơi ĐVTT đặt trụ sở. Không đƣa thông tin của ĐVTT lên hệ thống Trang thông tin điện tử của ngành Thuế.
Bƣớc 6: In thông báo.
In “Thông báo Mã số đơn vị trực thuộc” cho doanh nghiệp và gửi thông tin đến các Chi cục thuế trực tiếp quản lý đơn vị.