Bƣớc 1: Hệ thống TINTC tiếp nhận thông tin đăng ký doanh nghiệp Phòng ĐKKD - Sở KH-ĐT hƣớng dẫn các tổ chức, cá nhân đăng ký thành lập doanh nghiệp, hoạt động theo Luật Doanh nghiệp lập hoàn chỉnh và nộp hồ sơ Đăng ký thành lập doanh nghiệp. Hồ sơ bao gồm: Giấy đề nghị Đăng ký doanh nghiệp, danh sách thành viên, cổ đông sáng lập, ngƣời đại diện theo ủy quyền …
Hồ sơ hợp lệ đƣợc kiểm tra, tiếp nhận. Cán bộ nhận hồ sơ có trách nhiệm nhập thông tin vào hệ thống dữ liệu thông tin doanh nghiệp. Bộ KH-ĐT nhận thông tin, xử lý thông qua hệ thống dữ liệu ĐKKDQG. Hệ thống ĐKKDQG truyền sang Hệ thống ĐKT của Tổng cục Thuế (TINTC) với yêu cầu cấp mới mã số doanh nghiệp.
Bƣớc 2: Hệ thống TINTC tiến hành kiểm tra sơ bộ thông tin xem có đủ dữ liệu để cấp MST hay không. Rồi truyền thông tin về Hệ thống TINC của Cục thuế.
Bƣớc 3: Hệ thống TINC chấp nhận cấp MST hoặc từ chối cấp MST.
Bộ phận MST tại Cục thuế kiểm tra lại thông tin đăng ký. Thực hiện thao tác “chấp nhận” để Hệ thống TINC phát sinh MST hoặc “từ chối” đối với các trƣờng hợp không đủ điều kiện cấp MST, kèm theo lý do từ chối.
Bƣớc 4: Chuyển trả kết quả cho cơ quan ĐKKD.
Chậm nhất trong thời gian 02 ngày làm việc kể từ thời điểm nhận đƣợc thông tin yêu cầu cấp mới mã số doanh nghiệp, Hệ thống ĐKT sẽ truyền dữ liệu mã số doanh nghiệp sang hệ thống ĐKKDQG hoặc thông báo lý do không đủ điều kiện cấp mã số doanh nghiệp. Thông tin từ Hệ thống ĐKKDQG sẽ đƣợc chuyển đến hệ thống ĐKKD cấp Sở.
Với kết quả là mã số doanh nghiệp đƣợc cấp mới thì mã số này sẽ đƣợc cơ quan thuế sử dụng để quản lý các nghĩa vụ về thuế của doanh nghiệp.
Sở KH-ĐT nhận kết quả là MST, sử dụng mã số này ghi trên Giấy chứng nhận Đăng ký doanh nghiệp và trả kết quả cho doanh nghiệp đối với trƣờng hợp đủ điều kiện cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp.
Với các trƣờng hợp bị cơ quan thuế từ chối cấp MST hoặc không đủ điều kiện cấp Giấy chứng nhận ĐKKD và ĐKT, thì Sở KH-ĐT trả kết quả từ chối cùng với nguyên nhân về cho doanh nghiệp.
Bƣớc 5: Hệ thống TinC nhận thông tin phản hồi (lần 2) từ hệ thống ĐKKDQG
Hệ thống ĐKT cập nhật ngày xác nhận cấp “ Giấy chứng nhận Đăng ký doanh nghiệp” thay thế ngày cấp mã số thuế trong hệ thống ĐKT (TIN), truyền dữ liệu ĐKDN lên hệ thống Trang thông tin điện tử của ngành Thuế (bao gồm cả thông tin về Cơ quan thuế quản lý, cán bộ quản lý trực tiếp và mục lục ngân sách …) và truyền dữ liệu cho các hệ thống quản lý của các cơ quan liên quan đến mã số thuế.
Trƣờng hợp thông tin phản hồi từ hệ thống ĐKKDQG truyền sang hệ thống ĐKT là không đủ điều kiện cấp “Giấy chứng nhận Đăng ký doanh nghiệp” (không đủ điều kiện thành lập doanh nghiệp), hệ thống ĐKT của cơ quan Thuế cập nhật thông tin hủy mã số thuế đã cấp trong hệ thống ĐKT của ngành Thuế (cả cấp Cục và Tổng cục).
Bƣớc 6: In thông báo.
Danh sách các doanh nghiệp mới thành lập đƣợc cấp MST sẽ tổng hợp và cập nhật theo ngày. Cán bộ phụ trách in Thông báo tại Tổ Đăng ký và cấp MST thực hiện in “Thông báo Cơ quan thuế quản lý và Mục lục ngân sách”. Thông báo này đƣợc in làm 02 bản, một bản đƣợc gửi đến doanh nghiệp qua đƣờng bƣu điện, một bản lƣu tại Cục thuế hoặc gửi cho các Chi cục thuế trực tiếp quản lý doanh nghiệp.