Xuất phát từ chức năng, nhiệm vụ, tổ chức biên chế của công ty đã đợc cấp có thẩm quyền phê duyệt, Công ty Công trình Hàng không xây dựng đợc một bộ máy tổ chức quản lý gọn nhẹ bao gồm các bộ phận với những chức năng và quyền hạn đặc trng của nghành xây dựng Việt Nam nói chung và đặc thù của ngành Hàng không dân dụng Việt Nam nói riêng.
3.1 Thẩm quyền của giám đốc
Giám đốc giữ vai trò lãnh đạo chung trong toàn bộ công ty, chỉ đạo trực tiếp đến từng công trình, chịu trách nhiệm trớc Nhà Nớc, Bộ quốc phòng và tổng công ty về mọi mặt hoạt động trong sản xuất, kinh doanh của công ty đồng thời cũng đại diện cho quyền lợi của toàn bộ cán bộ công nhân viên trong toàn công ty.
3.2 Phó giám đốc
Trực tiếp chỉ đạo sản xuất kinh doanh, nghiên cứu các công trình, các tiêu chuẩn kỹ thuật, nắm bắt hiểu biết về thiết bị máy móc để có kế hoạch sử dụng và bảo dỡng. Là ngời chịu trách nhiệm trớc giám đốc về an toàn lao động, tham gia chỉ đạo kiểm tra công tác tài chính, tổ chức đội ngũ lao động của công ty.
3.3 Chức năng, nhiệm vụ của các phòng ban trong bộ máy tổ chức của công ty a. Phòng kế hoạch: có nhiệm vụ tham mu cho giám đốc công ty về các nhiệm vụ: quản trị nhân sự, thanh toán tiếp nhận các chế độ lơng thởng, trợ cấp cho ngời lao động, đảm bảo các chế độ BHXH, BHYTế, tổ chức công tác thi đua khen thởng trong công ty.
b. Phòng tài chính- kế toán: có nhiệm vụ thực hiện các nhiệm vụ có liên quan đến tình hình thu chi của công ty. Phòng gồm có 4 ngời: kế toán trởng, kế toán thanh toán, kế toán tổng hợp, thủ quỹ.
Kế toán trởng kiêm trởng ban tài chính- kế toán là ngời chịu trách nhệm trớc giám đốc và cấp trên về mọi mặt hoạt động kinh tế của công ty, lập kế hoạch tài chính, Phân tích các hoạt động kinh tế, thực hiện phần kế toán tài sản cố định ( theo dõi tình hình tăng, giảmTSLĐ, tình hình sửa chữa và trích khấu hao TSCĐ) c. Các xí nghiệp thành viên: có nhiệm vụ tự tổ chức, phân công việc làm cho ngời lao động trong xí nghiệp mình, có quyền phân phối thu nhập cho ngời lao động dới quyền, chịu trách nhiệm trớc giám đốc công ty về đời sống, việc làm và các chế độ của Nhà Nớc đối với ngời lao động trong xí nghiệp, chịu trách nhiệm về kết quả sản xuất kinh doanh và bảo toàn phát triển vốn công ty giao cho xí nghiệp.
Bộ máy tổ chức và quản lý của công ty là cán bộ khung. T ại các đội thi công cũng chỉ có những cán bộ quản lý, kỹ thuật, cán bộ thống kê,công nhân kỹ thuật cốt cán. Khi thi công tại các công trình cụ thể, Công ty Công trình Hàng không sẽ căn cứ vào nhu cầu thực tế mà có kế hoạch tuyển dụng thêm lao động phổ thông...
Việc tuyển chọn, đào tạo cán bộ là một công việc đợc ban giám đốc thờng xuyên quan tâm. Ngành xây dựng sân bay có những đặc thù riêng do vậy cán bộ có trình độ kỹ s học chuyên nghành về sân bay mới thực sự phù hợp với công việc của công ty. Lực lợng cán bộ này hiện nay trong nớc không đào tạo và cũng không gửi ra nớc ngoài đào tạo. Chỉ có học viện kỹ thuật quân sự- Bộ quốc phòng từ những năm 1984 trở về trớc mới đào tạo do vậy đội ngũ cán bộ kế cận còn nhiều hạn chế. Tuy nhiên trong số cán bộ tuyển chọn,Công ty Công trình Hàng không đã không ngừng trau dồi kiến thức nghành sân bay qua các lớp huấn luyện, tự đào tạo... kết hợp với tích luỹ kinh nghiệm, trởng thành qua thực tế nên dần dần công ty cũng đã đứng vững trong cơ chế thị trờng.
Với quy mô tổ chức sản xuất, tổ chức quản lý nh trên, công ty có điều kiện quản lý chặt chẽ về mặt kinh tế, kỹ thuật tới từng đội, từng công trờng do đó làm tăng hiệu quả sản xuất thi công, tạo ra uy tín nhất định trong ngành xây dựng.